PDB-6tcn: Crystal structure of the omalizumab Fab - crystal form II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tcn

タイトル

Crystal structure of the omalizumab Fab - crystal form II

要素

(Omalizumab Fab) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

Fab /

Antibody (抗体) /

immunoglobulin (抗体)

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Engineering the Fab fragment of the anti-IgE omalizumab to prevent Fab crystallization and permit IgE-Fc complex crystallization.
著者: Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Heads, J.T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M.

履歴

登録	2019年11月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tcn.cif.gz	346.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tcn.ent.gz	282 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tcn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/6tcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/6tcn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6tcmSC 6tcoC 6tcpC 6tcqC 6tcrC 6tcsC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t6p-2 5i1a-1 6d9g-1 4s1d-2 3p0v-2 6tcm-d 5i15-d 2uyl-4 4s1d-3 6z3k-7 6tcp-3 1uz6-1 1uwe-2 4f33-4 4yhn-1 6ayn-1 5vsh-2 4hix-d 1u6a-d 6u3z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Omalizumab Fab

H: Omalizumab Fab

A: Omalizumab Fab

B: Omalizumab Fab

ヘテロ分子

98.2 kDa, 4 ポリマー
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1

L: Omalizumab Fab

H: Omalizumab Fab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Omalizumab Fab

B: Omalizumab Fab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.295, 73.569, 87.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.580, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
抗体 , 2種, 4分子 LAHB

#1: 抗体	Omalizumab Fab 分子量: 23922.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Omalizumab Fab light chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Omalizumab Fab 分子量: 24672.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Omalizumab Fab heavy chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 259分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1M phosphate-citrate pH4.2, 20% PEG 1000 and 0.2M lithium sulphate. Cryoprotected with 0.1M sodium acetate pH4.6, 25% PEG 4000 and 18% ethylene glycol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→77.893 Å / Num. obs: 42827 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 44 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / R_merge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6015 / R_pim(I) all: 0.454 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TCM

6tcm

解像度: 2.3→77.893 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2258	2151	5.03 %
R_work	0.1878	-	-
obs	0.1897	42804	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.53 Å² / B_iso mean: 47.449 Å² / B_iso min: 16.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→77.893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6458	0	62	246	6766
B_iso mean	-	-	62.02	41.26	-
残基数	-	-	-	-	863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6689
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.535	9116
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1014
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1164
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2	3925

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.3-2.3535	0.328	126	0.286	2514	94
2.3535-2.4124	0.298	149	0.2633	2654	99
2.4124-2.4776	0.2961	140	0.2516	2744	100
2.4776-2.5505	0.2745	148	0.2416	2690	100
2.5505-2.6329	0.2875	134	0.2356	2718	100
2.6329-2.727	0.2349	150	0.233	2721	100
2.727-2.8362	0.2727	139	0.2273	2725	100
2.8362-2.9652	0.2863	140	0.2218	2696	100
2.9652-3.1216	0.2683	142	0.2171	2720	100
3.1216-3.3172	0.2654	136	0.2099	2742	100
3.3172-3.5733	0.2581	142	0.1833	2714	100
3.5733-3.9329	0.1885	150	0.1621	2732	100
3.9329-4.5019	0.1802	160	0.1435	2729	100
4.5019-5.6717	0.1615	147	0.1334	2751	100
5.6717-77.893	0.1918	148	0.168	2803	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8764	1.48	-0.826	3.466	-1.0741	1.3652	0.1164	0.0685	-0.0282	0.5046	0.0006	-0.1854	-0.1922	0.0423	-0.1011	0.2513	-0.0238	-0.026	0.242	0.0475	0.2703	39.7169	-2.6859	17.0585
2	1.8014	1.1517	0.3052	0.8903	0.3251	2.1761	-0.0733	0.0211	-0.3285	-0.0356	-0.0975	-0.2017	0.1908	0.1375	0.1339	0.2025	0.0369	0.0573	0.208	0.0405	0.3009	38.9786	-12.3403	9.2214
3	1.4109	0.3051	-0.5003	1.6716	-0.0424	0.8623	-0.0604	0.1354	-0.093	-0.1254	-0.092	-0.3754	0.0793	0.1098	0.1276	0.2441	-0.0083	-0.0007	0.2318	0.0632	0.2585	41.1387	-8.0888	9.4763
4	1.1647	-1.1537	0.1783	2.7891	0.0593	2.3744	-0.4185	0.2882	1.3652	-0.1936	-0.3855	0.5593	0.1323	-0.6669	-0.9389	0.0267	0.1557	-0.3113	0.1126	0.2569	0.8049	35.9335	13.8428	10.0856
5	2.7512	-0.1747	0.2112	2.0732	0.2886	1.1387	-0.1062	0.054	0.801	0.0384	-0.2502	-0.0649	-0.3516	-0.2005	0.2369	0.3865	0.1496	-0.0574	0.4806	0.0602	0.6282	15.4393	21.0476	4.6666
6	3.3703	-0.8712	-0.0155	1.7109	0.2733	1.6454	-0.2643	-0.0065	0.02	0.3728	-0.1872	-0.0329	-0.2182	-0.1609	0.3516	0.3909	0.0246	0.0098	0.4468	0.0562	0.3858	21.2263	16.9019	8.7606
7	0.5986	-0.4072	-0.6692	1.0541	0.0906	0.7582	-0.5792	-0.6987	0.9705	0.4472	0.1982	-0.0572	-0.2415	-0.4739	0.1217	0.5125	0.2311	-0.1726	0.5024	-0.0871	0.8439	12.507	26.8426	7.4289
8	1.0705	-1.047	0.1047	1.8634	0.3974	0.8691	0.2735	0.3645	-0.1947	-0.2507	-0.3427	0.2814	0.0701	-0.2939	0.0487	0.2992	0.0286	-0.0169	0.4245	-0.1332	0.3928	21.558	-16.6701	-3.8635
9	1.422	0.5224	0.3978	0.9533	-1.108	1.895	0.0155	0.0616	-0.3755	0.2288	-0.1999	0.3111	0.0426	-0.2841	0.1603	0.2192	0.0234	0.0539	0.2689	-0.0598	0.3478	26.1346	-19.7461	5.7713
10	2.265	0.1678	0.4236	1.8672	-0.1777	1.9883	0.0287	0.0624	-0.417	0.0324	-0.3324	0.3659	0.537	-0.1957	0.1834	0.3225	-0.0447	0.0337	0.3771	-0.1866	0.5019	19.9718	-23.1871	1.2219
11	2.1336	-0.2967	-0.8481	1.2436	0.5371	0.8595	-0.0126	-0.0365	-0.3365	0.0325	-0.076	0.2529	0.4461	-0.078	0.1288	0.2753	0.0029	0.0504	0.3299	-0.0997	0.37	18.5392	-13.9398	6.829
12	0.9838	-0.6477	-0.2008	1.4033	0.5023	0.3959	0.0955	0.2633	-0.0602	-0.2109	-0.1563	0.0882	0.0275	-0.215	0.0823	0.2388	0.0763	0.0224	0.3725	-0.0391	0.2866	22.1675	-5.3844	0.3876
13	1.0805	0.5566	-0.3747	2.9958	-0.7657	1.3543	0.1817	0.1372	0.1773	-0.6304	-0.4854	0.0182	-0.0489	0.0759	0.1691	0.368	0.1484	0.0417	0.5705	0.135	0.4624	15.137	8.9335	-3.7328
14	1.0139	0.2902	0.7425	2.3366	0.5687	1.2619	0.2047	0.3787	0.197	-0.3581	-0.3442	-0.0389	-0.2545	-0.0187	0.125	0.3423	0.1765	0.0938	0.4987	0.1961	0.3934	17.3331	11.3646	-4.1917
15	1.8531	0.3301	0.1443	0.5368	0.941	1.819	0.0305	0.3556	0.1907	-0.7026	-0.2299	0.2606	0.0408	-0.1739	0.1161	0.5898	0.18	0.0296	0.5702	0.069	0.4537	11.0231	12.1645	-11.6746
16	1.1783	0.394	0.2104	2.874	-0.5572	1.6981	0.0726	0.3473	0.0242	-0.5523	-0.169	-0.0368	-0.1502	-0.398	0.0951	0.5217	0.0969	0.0388	0.3955	-0.013	0.2385	21.2322	-2.5048	21.6694
17	3.0899	-0.3979	-0.3622	1.5788	0.0757	2.5433	0.2421	-0.1001	0.5167	-0.3416	-0.4894	0.1515	-0.3202	0.0164	0.1867	0.4576	0.0248	0.0166	0.2139	-0.0134	0.3083	20.1224	6.7449	30.0648
18	1.4364	-0.6888	0.5849	2.231	0.8501	0.7371	0.1818	-0.0857	0.0981	0.0054	-0.2875	-0.236	-0.0908	-0.0729	0.0788	0.4441	-0.0102	0.0717	0.29	0.0277	0.2696	24.3722	-0.2442	30.8703
19	0.465	0.796	0.0594	2.0177	0.5784	1.3809	-0.0304	-0.1242	0.0488	0.0756	-0.0951	0.2181	0.0565	-0.606	0.0798	0.3798	-0.0201	-0.0032	0.4779	-0.0409	0.3245	4.0332	-15.9717	29.1423
20	1.8959	-0.0824	1.2549	0.01	0.22	1.0291	-0.0931	-0.074	-0.0606	-0.0364	-0.0495	-0.0056	0.4449	-0.4559	0.1651	0.4664	-0.1998	0.052	0.4525	-0.032	0.3214	2.461	-23.6793	24.2219
21	1.0513	0.6925	1.01	1.1874	0.5321	0.841	-0.0533	-0.0574	-0.4285	0.0563	0.0657	0.0637	0.4946	-0.5505	-0.0858	0.5755	-0.3123	0.0513	0.6165	-0.09	0.4404	-5.27	-31.2866	25.0886
22	1.0496	0.6936	0.1932	1.605	0.3014	1.4601	0.2921	0.225	-0.1442	0.0452	-0.4268	0.5376	0.1461	-0.5881	0.141	0.4554	0.0717	-0.0783	0.5462	-0.2786	0.4837	1.6551	10.7891	41.4768
23	1.3499	-0.5126	-0.1849	1.6888	0.5266	1.4233	-0.0484	0.1559	-0.0158	-0.3387	-0.3715	0.5359	-0.3566	-0.6208	0.2895	0.4543	0.1114	-0.1262	0.4107	-0.193	0.4199	5.1016	12.8128	34.3428
24	1.8372	0.5522	0.2604	1.2948	0.2411	1.4372	0.0414	-1.0406	0.2948	0.5191	-0.2367	0.3	0.3156	-0.66	0.1679	0.5449	-0.1773	0.0958	1.0053	-0.2379	0.4223	-6.0517	-17.6514	39.3157

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 25 )	L	1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 26 through 52 )	L	26 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 53 through 105 )	L	53 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 106 through 117 )	L	106 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 118 through 154 )	L	118 - 154
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 155 through 178 )	L	155 - 178
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 179 through 217 )	L	179 - 217
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 1 through 33 )	H	1 - 33
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 34 through 60 )	H	34 - 60
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 61 through 83 )	H	61 - 83
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 84 through 98 )	H	84 - 98
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 99 through 142 )	H	99 - 142
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 143 through 165 )	H	143 - 165
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 166 through 211 )	H	166 - 211
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 212 through 222 )	H	212 - 222
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 1 through 25 )	A	1 - 25
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 26 through 52 )	A	26 - 52
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 53 through 94 )	A	53 - 94
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 95 through 143 )	A	95 - 143
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 144 through 176 )	A	144 - 176
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 177 through 217 )	A	177 - 217
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 1 through 33 )	B	1 - 33
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 34 through 119 )	B	34 - 119
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 120 through 221 )	B	120 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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