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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6prw | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE CARBOXYLTRANSFERASE SUBUNIT OF ACC (ACCD6) IN COMPLEX WITH INHIBITOR QUIZALOFOP-P DERIVATIVE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS | ||||||
要素 | Propionyl-CoA carboxylase subunit betaプロピオニルCoAカルボキシラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CROTONASE SUPER FAMILY / CARBOXYLTRANSFERASE / TRANSFERASE-HERBICIDE / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / PSI-2 / Protein Structure Initiative | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetyl-CoA carboxytransferase / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの / プロピオニルCoAカルボキシラーゼ / propionyl-CoA carboxylase activity / fatty acid elongation, saturated fatty acid / acetyl-CoA carboxylase complex / acetyl-CoA carboxylase activity / peptidoglycan-based cell wall / transferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.609 Å | ||||||
データ登録者 | Reddy, M.C.M. / Nian, Z. / Michele, S.T.C. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CARBOXYLTRANSFERASE SUBUNIT OF ACC (ACCD6) IN COMPLEX WITH INHIBITOR QUIZALOFOP-P DEVERIVATIVE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS 著者: Reddy, M.C.M. / Nian, Z. / Sacchettini, J.C. #1: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014 タイトル: Structure, Activity, and Inhibition of the Carboxyltransferase beta-Subunit of Acetyl Coenzyme A Carboxylase (AccD6) from Mycobacterium tuberculosis 著者: Reddy, M.C.M. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6prw.cif.gz | 623.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6prw.ent.gz | 510.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6prw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/6prw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/6prw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50198.934 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: accD6, DSI35_30190, ERS023446_01401, ERS024213_00063, ERS027644_00734, ERS027646_00895, ERS027651_00104, ERS027653_02606, ERS027656_00219, ERS027666_02199, ERS031537_00601, ERS124361_ ...遺伝子: accD6, DSI35_30190, ERS023446_01401, ERS024213_00063, ERS027644_00734, ERS027646_00895, ERS027651_00104, ERS027653_02606, ERS027656_00219, ERS027666_02199, ERS031537_00601, ERS124361_03148, SAMEA2682864_00423, SAMEA2683035_01247 プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0E7XNZ4, UniProt: P9WQH5*PLUS, プロピオニルCoAカルボキシラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-OWD / { #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.13 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1000 mM Potassium sodium tartrate 100 mM Tris base/ Hydrochloric acid pH 7.0 200 mM Lithium sulfate PH範囲: 7.5-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→42.536 Å / Num. obs: 133806 / % possible obs: 94.96 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 1.33 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.8 Å / Num. unique obs: 2770 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.609→42.536 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.8
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 126.4 Å2 / Biso mean: 45.4501 Å2 / Biso min: 14.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.609→42.536 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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