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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p5k | ||||||
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タイトル | Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 3) | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / Israeli Acute Paralysis Virus (腐蛆病) / Internal Ribosome Entry Site (IRES) / IRES / Small Ribosomal Subunit / 40S / Large Ribosomal Subunit / 60S / 80S / ribosomes (リボソーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal subunit / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cytosolic ribosome / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / 核小体 ...ribosomal subunit / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cytosolic ribosome / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / 核小体 / RNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Israeli acute paralysis virus (腐蛆病) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Acosta-Reyes, F.J. / Neupane, R. / Frank, J. / Fernandez, I.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2019 タイトル: The Israeli acute paralysis virus IRES captures host ribosomes by mimicking a ribosomal state with hybrid tRNAs. 著者: Francisco Acosta-Reyes / Ritam Neupane / Joachim Frank / Israel S Fernández / 要旨: Colony collapse disorder (CCD) is a multi-faceted syndrome decimating bee populations worldwide, and a group of viruses of the widely distributed Dicistroviridae family have been identified as a ...Colony collapse disorder (CCD) is a multi-faceted syndrome decimating bee populations worldwide, and a group of viruses of the widely distributed Dicistroviridae family have been identified as a causing agent of CCD. This family of viruses employs non-coding RNA sequences, called internal ribosomal entry sites (IRESs), to precisely exploit the host machinery for viral protein production. Using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), we have characterized how the IRES of Israeli acute paralysis virus (IAPV) intergenic region captures and redirects translating ribosomes toward viral RNA messages. We reconstituted two in vitro reactions targeting a pre-translocation and a post-translocation state of the IAPV-IRES in the ribosome, allowing us to identify six structures using image processing classification methods. From these, we reconstructed the trajectory of IAPV-IRES from the early small subunit recruitment to the final post-translocated state in the ribosome. An early commitment of IRES/ribosome complexes for global pre-translocation mimicry explains the high efficiency observed for this IRES. Efforts directed toward fighting CCD by targeting the IAPV-IRES using RNA-interference technology are underway, and the structural framework presented here may assist in further refining these approaches. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6p5k.cif.gz | 5.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6p5k.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6p5k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/6p5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/6p5k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 57821
#1: RNA鎖 | 分子量: 1164741.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38385.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#47: RNA鎖 | 分子量: 602776.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#81: RNA鎖 | 分子量: 81572.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Cell Free Synthesis. The RNA molecule was made in vitro 由来: (組換発現) Israeli acute paralysis virus (腐蛆病) 発現宿主: Synthetic construct |
+タンパク質 , 75種, 75分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAdAe...
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 An
#42: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 3) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Ribosomal complexes for the pre-translocated state were assembled at 240-390 nM concentration and applied to plasma treated holey carbon or holey gold grids. | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Plasma cleaning for both holey carbon and holey gold grids was done on a Gatan Solarus with Hydrogen (6.4 sccm gas flow) and Oxygen (27.5 sccm gas flow) and 10 W cleaning power. グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Blot force = 3s Wait time = 15s Drain time = 0s Blot time = 2.5 to 3 s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 31000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.26 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 42.09 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3838 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1240275 | |||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68697 / 対称性のタイプ: POINT |