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- PDB-6mtp: Crystal structure of VRC42.04 Fab in complex with gp41 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mtp
タイトルCrystal structure of VRC42.04 Fab in complex with gp41 peptide
要素
  • Antibody VRC42.04 Fab heavy chain
  • Antibody VRC42.04 Fab light chain
  • RV217 founder virus gp41 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Anti-HIV-1 human antibody / MPER / gp41
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.036 Å
データ登録者Kwon, Y.D. / Druz, A. / Law, W.H. / Peng, D. / Zhang, B. / Doria-Rose, N.A. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-Eng-38 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2019
タイトル: Longitudinal Analysis Reveals Early Development of Three MPER-Directed Neutralizing Antibody Lineages from an HIV-1-Infected Individual.
著者: Krebs, S.J. / Kwon, Y.D. / Schramm, C.A. / Law, W.H. / Donofrio, G. / Zhou, K.H. / Gift, S. / Dussupt, V. / Georgiev, I.S. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lai, Y.T. / Sastry, M. / Zhang, B. ...著者: Krebs, S.J. / Kwon, Y.D. / Schramm, C.A. / Law, W.H. / Donofrio, G. / Zhou, K.H. / Gift, S. / Dussupt, V. / Georgiev, I.S. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lai, Y.T. / Sastry, M. / Zhang, B. / Jarosinski, M.C. / Ransier, A. / Chenine, A.L. / Asokan, M. / Bailer, R.T. / Bose, M. / Cagigi, A. / Cale, E.M. / Chuang, G.Y. / Darko, S. / Driscoll, J.I. / Druz, A. / Gorman, J. / Laboune, F. / Louder, M.K. / McKee, K. / Mendez, L. / Moody, M.A. / O'Sullivan, A.M. / Owen, C. / Peng, D. / Rawi, R. / Sanders-Buell, E. / Shen, C.H. / Shiakolas, A.R. / Stephens, T. / Tsybovsky, Y. / Tucker, C. / Verardi, R. / Wang, K. / Zhou, J. / Zhou, T. / Georgiou, G. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. / Rolland, M. / Matyas, G.R. / Polonis, V.R. / McDermott, A.B. / Douek, D.C. / Shapiro, L. / Tovanabutra, S. / Michael, N.L. / Mascola, J.R. / Robb, M.L. / Kwong, P.D. / Doria-Rose, N.A.
履歴
登録2018年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Antibody VRC42.04 Fab light chain
H: Antibody VRC42.04 Fab heavy chain
B: Antibody VRC42.04 Fab light chain
A: Antibody VRC42.04 Fab heavy chain
P: RV217 founder virus gp41 peptide
Q: RV217 founder virus gp41 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9226
ポリマ－101,9226
非ポリマー00
水7,566420
1
L: Antibody VRC42.04 Fab light chain
H: Antibody VRC42.04 Fab heavy chain
P: RV217 founder virus gp41 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9613
ポリマ－50,9613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21550 Å2
手法PISA
2
B: Antibody VRC42.04 Fab light chain
A: Antibody VRC42.04 Fab heavy chain
Q: RV217 founder virus gp41 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9613
ポリマ－50,9613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.013, 149.796, 160.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: 抗体 Antibody VRC42.04 Fab light chain


分子量: 23487.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody VRC42.04 Fab heavy chain


分子量: 23670.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド RV217 founder virus gp41 peptide / Env polyprotein / Envelope glycoprotein gp160


分子量: 3802.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: A7L302
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 14% PEG 3350, 10% iso-propanol, 0.1M Tris, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.036→50 Å / Num. obs: 61621 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.869 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.036→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.808 / Num. unique all: 2562 / CC1/2: 0.584 / Rpim(I) all: 0.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model of VRC42.04

解像度: 2.036→36.467 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2228 1994 3.24 %
Rwork0.1991 --
obs0.1999 61569 93.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.036→36.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6844 0 0 420 7264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5999831
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1714331
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041252
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0364-2.08740.31281070.27583322X-RAY DIFFRACTION74
2.0874-2.14380.3411200.2723810X-RAY DIFFRACTION85
2.1438-2.20690.27971330.25894056X-RAY DIFFRACTION90
2.2069-2.27810.28531470.24884093X-RAY DIFFRACTION92
2.2781-2.35950.26331470.24444294X-RAY DIFFRACTION95
2.3595-2.4540.27111390.24064403X-RAY DIFFRACTION98
2.454-2.56560.25981580.23624389X-RAY DIFFRACTION98
2.5656-2.70080.27821450.23114469X-RAY DIFFRACTION98
2.7008-2.870.26291390.22124456X-RAY DIFFRACTION98
2.87-3.09150.25631560.21434436X-RAY DIFFRACTION98
3.0915-3.40240.25621480.19744451X-RAY DIFFRACTION97
3.4024-3.89420.20051540.18144452X-RAY DIFFRACTION97
3.8942-4.90440.16151510.15584423X-RAY DIFFRACTION95
4.9044-36.47260.18441500.17724521X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1124-0.73630.57911.5450.32060.1928-0.12360.1863-0.1787-0.06410.01650.16580.0197-0.1176-0.00810.2065-0.04530.03950.317-0.07090.244510.8404158.667150.8764
26.61322.73393.76254.90652.41154.5752-0.26260.32830.2008-0.22420.2017-0.3659-0.4640.58390.06770.3292-0.02490.00650.3755-0.01850.254219.5988189.20865.367
31.6294-1.22150.91861.82431.2431.8223-0.1917-0.0214-0.20920.20530.08250.09870.04220.0986-0.0380.2502-0.01670.07350.17880.01230.257724.3676150.283965.6704
42.9584-2.04980.55576.05441.29873.42460.024-0.1155-0.10080.24730.13010.04440.0974-0.1788-0.11040.25810.0115-0.02810.3154-0.01460.240114.9034182.274880.1129
51.90520.3914-0.99531.79930.26241.1703-0.101-0.12260.18330.21090.00630.22430.07660.1151-0.05350.23050.02890.00920.25150.00350.2175-3.2589181.841235.8299
65.0536-1.2534-2.57945.03831.59423.7451-0.4613-0.1196-0.76130.22510.0731-0.35870.76720.20530.3430.48120.00810.12540.32460.00030.4061.244147.108825.8406
71.97630.4263-1.36811.75260.85092.1128-0.04630.11040.2535-0.13460.103-0.02090.0679-0.03040.00080.1952-0.00720.00230.2350.04470.225410.479186.378119.2647
81.74750.74720.63984.19761.13162.1668-0.1640.5587-0.2618-0.50550.0904-0.0142-0.0391-0.24520.06260.3976-0.04890.09420.4333-0.0940.303-0.8738153.847910.4954
98.57417.49062.28948.7782-1.38085.50510.23861.1772-0.9692-1.6506-0.0422-0.08411.05330.227-0.09780.5640.0219-0.10240.4169-0.17790.656623.5169135.908450.5408
105.3234-5.9709-0.40779.2451-2.49523.62070.6715-0.68912.02331.02770.277-0.1456-1.81180.0725-0.22530.71890.02440.37270.2568-0.00291.10648.6119204.325329.1429
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN L AND RESID 1:108 )L1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN L AND RESID 109:213 )L109 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 1:112 )H1 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 114:227 )H114 - 227
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 1:108 )B1 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 109:213 )B109 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 1:112 )A1 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 114:222 )A114 - 222
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN P AND RESID 667:684 )P667 - 684
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN Q AND RESID 670:684 )Q670 - 684

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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