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- PDB-6hix: Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hix
タイトルCryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the large mitoribosomal subunit
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 3
  • (Peptidyl-prolyl cis-trans ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • (UNK) x 13
  • (bL12m) x 3
  • 12S rRNAMT-RNR1
  • Chaperone protein DNAj, putativeシャペロン
  • bl19m
  • bl20m
  • bl21m
  • bl27m
  • bl28m
  • bl31m
  • bl32m
  • bl33m
  • bl35m
  • bl36m
  • bl9m
  • mL70
  • ml100
  • ml38
  • ml40
  • ml41
  • ml42
  • ml43
  • ml46
  • ml49
  • ml52
  • ml53
  • ml63
  • ml64Microsoft Macro Assembler
  • ml67
  • ml68
  • ml69
  • ml71
  • ml72
  • ml73
  • ml74
  • ml75
  • ml76
  • ml78
  • ml79
  • ml80
  • ml81
  • ml82
  • ml84
  • ml85
  • ml86
  • ml87
  • ml88
  • ml89
  • ml90
  • ml91
  • ml93
  • ml94
  • ml95
  • ml96
  • ml97
  • ml98
  • ml99
  • ul10m
  • ul15m
  • ul22m
  • ul23m
  • ul24m
  • ul29m
  • ul30m
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / mitoribosome / translation (翻訳 (生物学)) / Trypanosoma (トリパノソーマ) / large ribosomal subunit / 12S rRNA / ribosomal protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / organellar large ribosomal subunit / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / キネトプラスト / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / mitochondrial ribosome / cyclosporin A binding ...: / organellar large ribosomal subunit / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / キネトプラスト / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / mitochondrial ribosome / cyclosporin A binding / mitochondrial translation / post-transcriptional regulation of gene expression / ciliary basal body / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / フォールディング / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ミトコンドリア / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / LIM domain / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / DnaJ domain ...Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / LIM domain / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / DnaJ domain / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / Rhodanese-like domain superfamily / PEBP-like superfamily / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / ANL, N-terminal domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Cyclophilin-like domain superfamily / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Alpha/Beta hydrolase fold / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL4m / Replication restart DNA helicase PriA / 39S ribosomal protein L55, mitochondrial / KOW domain-containing protein ...NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL4m / Replication restart DNA helicase PriA / 39S ribosomal protein L55, mitochondrial / KOW domain-containing protein / 39S ribosomal protein L32, mitochondrial / LETM1 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Chaperone protein DNAj, putative / TPR_REGION domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL22c / Large ribosomal subunit protein bL21m / MRP-L46 domain-containing protein / T. brucei spp.-specific protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L30 ferredoxin-like fold domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / T. brucei spp.-specific protein / T. brucei spp.-specific protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial RNA binding protein / T. brucei spp.-specific protein / T. brucei spp.-specific protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S24/S35 mitochondrial conserved domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein bL20c / Uncharacterized protein / プロリルイソメラーゼ / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL23m / Zn_Tnp_IS91 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit / Large ribosomal subunit protein uL29m / Rhodanese domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Ribosomal protein L9 domain-containing protein / 50S ribosomal protein L16, putative / プロリルイソメラーゼ / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / AB hydrolase-1 domain-containing protein / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L17, putative / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L13, putative / Ribosomal protein L3 mitochondrial, putative / C2H2-type domain-containing protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein mL43 / Uncharacterized protein / AMP-binding domain-containing protein / Uncharacterized protein / LIM zinc-binding domain-containing protein / 39S ribosomal protein L28, mitochondrial / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL11m / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Ramrath, D.J.F. / Niemann, M. / Leibundgut, M. / Bieri, P. / Prange, C. / Horn, K. / Leitner, A. / Boehringer, D. / Schneider, A. / Ban, N.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Evolutionary shift toward protein-based architecture in trypanosomal mitochondrial ribosomes.
著者: David J F Ramrath / Moritz Niemann / Marc Leibundgut / Philipp Bieri / Céline Prange / Elke K Horn / Alexander Leitner / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban /
要旨: Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , ...Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , a unicellular parasite that causes sleeping sickness in humans. The trypanosomal mitoribosome features the smallest rRNAs and contains more proteins than all known ribosomes. The structure shows how the proteins have taken over the role of architectural scaffold from the rRNA: They form an autonomous outer shell that surrounds the entire particle and stabilizes and positions the functionally important regions of the rRNA. Our results also reveal the "minimal" set of conserved rRNA and protein components shared by all ribosomes that help us define the most essential functional elements.
履歴
登録2018年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 2.02019年2月6日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / ndb_struct_na_base_pair ...atom_site / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0231
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A0: bl27m
A1: bl28m
A2: ul29m
A3: ul30m
A4: bl31m
A5: bl32m
A6: bl33m
A8: bl35m
A9: bl36m
AE: Ribosomal protein L3 mitochondrial, putative
AF: Ribosomal protein L4/L1 family, putative
AI: bl9m
AJ: ul10m
AK: Ribosomal protein L11, putative
AN: 50S ribosomal protein L13, putative
AP: ul15m
AQ: 50S ribosomal protein L16, putative
AR: 50S ribosomal protein L17, putative
AT: bl19m
AU: bl20m
AV: bl21m
AW: ul22m
AX: ul23m
AY: ul24m
Ab: ml38
Ad: ml40
Ae: ml41
Af: ml42
Ag: ml43
Aj: ml46
Al: ml49
Ao: ml52
Ap: ml53
At: ml63
Av: ml64
AB: bL12m
AC: bL12m
AD: bL12m
AG: bL12m
AA: 12S rRNA
BA: ml67
BB: ml68
BC: ml69
BD: mL70
BE: ml71
BF: ml72
BG: ml73
BH: ml74
BI: ml75
BJ: ml76
BK: Chaperone protein DNAj, putative
BL: ml78
BM: ml79
BN: ml80
BO: ml81
BP: ml82
BQ: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
BR: ml84
BS: ml85
BT: ml86
BU: ml87
BV: ml88
BW: ml89
BX: ml90
BY: ml91
BZ: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
Ba: ml93
Bb: ml94
Bc: ml95
Bd: ml96
Be: ml97
Bf: ml98
Bg: ml99
Bh: ml100
UA: UNK
UB: UNK
UC: UNK
UD: UNK
UE: UNK
UF: UNK
UG: UNK
UH: UNK
UI: UNK
UK: UNK
UL: UNK
UM: UNK
UN: UNK
UU: UNK
UV: UNK
UW: UNK
UX: UNK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,560,420105
ポリマ－2,559,19491
非ポリマー1,22614
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 63種, 63分子 A0A1A2A3A4A5A6A8A9AIAJAPATAUAVAWAXAYAbAdAeAfAgAjAlAoApAtAvAB...

#1: タンパク質 bl27m


分子量: 21793.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TEOVI_000532300
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A1G4I8T3
#2: タンパク質 bl28m


分子量: 28051.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.6.4040
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q586A2
#3: タンパク質 ul29m


分子量: 54045.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb09.160.5240
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q38EM7
#4: タンパク質 ul30m


分子量: 25204.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_IX4520
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: C9ZY77
#5: タンパク質 bl31m


分子量: 21083.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb10.6k15.1920
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q38AB0
#6: タンパク質 bl32m


分子量: 9745.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.4.2330
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q584F4
#7: タンパク質 bl33m


分子量: 13042.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.4.1810
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q581Q0
#8: タンパク質 bl35m


分子量: 21661.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_X2260
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: D0A1K1
#9: タンパク質 bl36m


分子量: 21795.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_IV4820
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: C9ZMA9
#12: タンパク質 bl9m


分子量: 31032.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.5.3410
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57UC5
#13: タンパク質 ul10m


分子量: 20283.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 106-129 built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_V3970
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: C9ZPD1
#16: タンパク質 ul15m


分子量: 43780.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.5.3980
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57U68
#19: タンパク質 bl19m


分子量: 16931.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TB927.1.1210
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q4GZ98
#20: タンパク質 bl20m


分子量: 24393.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb11.01.1930
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q383R2
#21: タンパク質 bl21m


分子量: 20895.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_VII4650
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: C9ZT11
#22: タンパク質 ul22m


分子量: 32083.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_VII3160
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: C9ZSI8
#23: タンパク質 ul23m


分子量: 28822.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb11.03.0260
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q387G3
#24: タンパク質 ul24m


分子量: 43999.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 313-340 built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_III1550
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: C9ZK52
#25: タンパク質 ml38


分子量: 58437.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 41-53 and 294-311 built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb11.01.6620
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q381T7
#26: タンパク質 ml40


分子量: 33646.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_X14530
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: D0A511
#27: タンパク質 ml41


分子量: 22556.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_XI11060
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: D0A8I6
#28: タンパク質 ml42


分子量: 21602.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb11.01.1840
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q383S1
#29: タンパク質 ml43


分子量: 31300.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.4.4600
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q583E5
#30: タンパク質 ml46


分子量: 33984.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 149-159 built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_VII5370
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: C9ZT91
#31: タンパク質 ml49


分子量: 24501.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 102-109 built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.5.3110
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57Z82
#32: タンパク質 ml52


分子量: 29175.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb11.02.2250
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q385V2
#33: タンパク質 ml53


分子量: 35656.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.7.2990, Tb927.7.3030
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57YA9
#34: タンパク質 ml63


分子量: 18213.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 64-73 built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_VII8230
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: C9ZU82
#35: タンパク質 ml64 / Microsoft Macro Assembler


分子量: 28545.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb11.01.3500
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q383B7
#36: タンパク質 bL12m


分子量: 3998.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#40: タンパク質 ml67


分子量: 93569.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_XI1730
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: D0A5V6
#41: タンパク質 ml68


分子量: 62806.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 264-343 built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_X580
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: D0A135
#42: タンパク質 ml69


分子量: 59010.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.6.2010
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q584V5
#43: タンパク質 mL70


分子量: 62442.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#44: タンパク質 ml71


分子量: 50313.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.7.3460
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57WG1
#45: タンパク質 ml72


分子量: 49407.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_VI3710
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: C9ZR63
#46: タンパク質 ml73


分子量: 41857.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.7.6800
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57Y49
#47: タンパク質 ml74


分子量: 39765.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb10.6k15.3290
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q38AM5
#48: タンパク質 ml75


分子量: 39841.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb10.70.7960
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q38CK0
#49: タンパク質 ml76


分子量: 39638.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 168-176 built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb11.01.2340
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q383M2
#50: タンパク質 Chaperone protein DNAj, putative / シャペロン


分子量: 43819.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 248-281 built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_VI2240
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: C9ZQR6
#51: タンパク質 ml78


分子量: 35104.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_X13360
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: D0A4P5
#52: タンパク質 ml79


分子量: 33079.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb11.01.7140
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q381N5
#53: タンパク質 ml80


分子量: 34883.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 145-174 built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.6.1440
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q585A3
#54: タンパク質 ml81


分子量: 29284.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_XI6240
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: D0A755
#55: タンパク質 ml82


分子量: 29283.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 153-162 built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_X19420
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: D0A0S6
#57: タンパク質 ml84


分子量: 24773.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.6.4080
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q586A6
#58: タンパク質 ml85


分子量: 22657.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb09.160.2250
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q38FG8
#59: タンパク質 ml86


分子量: 22376.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_V5660
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: C9ZPU8
#60: タンパク質 ml87


分子量: 22337.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_XI9190
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: D0A7Z9
#61: タンパク質 ml88


分子量: 22255.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_VIII1510
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: C9ZUW3
#62: タンパク質 ml89


分子量: 22213.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.3.820
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57WW5
#63: タンパク質 ml90


分子量: 22123.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.6.1700
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q585P1
#64: タンパク質 ml91


分子量: 20618.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.3.5300
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q580U5
#66: タンパク質 ml93


分子量: 18929.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TbgDal_X13710
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: D0A4T0
#67: タンパク質 ml94


分子量: 17830.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb09.160.5050
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q38EP7
#68: タンパク質 ml95


分子量: 17803.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb10.26.0585
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q389K3
#69: タンパク質 ml96


分子量: 16387.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb11.01.6285
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q381W9
#70: タンパク質 ml97


分子量: 12974.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb10.61.3115
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q388L8
#71: タンパク質 ml98


分子量: 12968.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb10.61.3155
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q388M2
#72: タンパク質 ml99


分子量: 12334.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.2.2590
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q587H8
#73: タンパク質 ml100


分子量: 10600.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TEOVI_000790200
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: A0A1G4HYZ0
#77: タンパク質 UNK


分子量: 15081.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427

-
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 AEAFAK

#10: タンパク質 Ribosomal protein L3 mitochondrial, putative / リボソーム


分子量: 55073.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.3.5610
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q580R4
#11: タンパク質 Ribosomal protein L4/L1 family, putative / リボソーム


分子量: 53156.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: TEOVI_000582800
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: A0A1G4HYD1
#14: タンパク質 Ribosomal protein L11, putative / リボソーム


分子量: 40252.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.2.4740, Tb927.2.4890
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q586R9

-
50S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 ANAQAR

#15: タンパク質 50S ribosomal protein L13, putative / リボソーム


分子量: 24341.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.4.1070
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q580D5
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L16, putative / リボソーム


分子量: 19158.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.7.3960
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57UM6
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L17, putative / リボソーム


分子量: 35117.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.8.5860
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57YI7

-
タンパク質・ペプチド , 14種, 19分子 ACADAGUAUBUCUHUEUFUGUNUIUKULUMUUUVUXUW

#37: タンパク質・ペプチド bL12m


分子量: 2008.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#38: タンパク質・ペプチド bL12m


分子量: 1937.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#74: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 3932.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#75: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 3422.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#76: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 1039.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#78: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#79: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#80: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#81: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#82: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#83: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#84: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#85: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 698.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427
#86: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427

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RNA鎖 , 1種, 1分子 AA

#39: RNA鎖 12S rRNA / MT-RNR1


分子量: 376748.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: GenBank: 343546

-
Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 BQBZ

#56: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / プロリルイソメラーゼ / PPIase


分子量: 25579.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.7.3430
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57WF8, プロリルイソメラーゼ
#65: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / プロリルイソメラーゼ / PPIase


分子量: 20542.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 46-64 built as polyalanines
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: Tb11.01.1215
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q383Y4, プロリルイソメラーゼ

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非ポリマー , 3種, 14分子

#87: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#88: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#89: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: large subunit of the T. brucei mitoribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#86 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.9 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN粒子像選択
4CTFFINDCTF補正
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
13Cootモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31619 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 52.2 / プロトコル: AB INITIO MODEL
詳細: We used Coot and O ofr initial model building and refined the structure using PHENIX

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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