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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hak | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with a double stranded RNA represents the RT transcription initiation complex prior to nucleotide incorporation | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / tRNA-Lys3 / Protein-RNA cross-link / transcription initiation (転写 (生物学)) / viral RNA (RNAウイルス) / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Das, K. / Martinez, S.E. / Arnold, E. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019 タイトル: Structure of HIV-1 RT/dsRNA initiation complex prior to nucleotide incorporation. 著者: Das, K. / Martinez, S.E. / DeStefano, J.J. / Arnold, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hak.cif.gz | 447.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hak.ent.gz | 351.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hak.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6hak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6hak | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5txlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 64022.414 Da / 分子数: 2 / 変異: Q258C, C280S, D498N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 51928.629 Da / 分子数: 2 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-RNA鎖 , 2種, 4分子 TEPF
#3: RNA鎖 | 分子量: 7519.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: pbs SEQUENCE 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) #4: RNA鎖 | 分子量: 5331.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: tRNA(LYS3) / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 1種, 1分子
#5: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose / スクロース |
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-非ポリマー , 2種, 2分子
#6: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE PH範囲: 6.8 - 7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.95→87.62 Å / Num. obs: 31549 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 159.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.236 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.95→4.16 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 2.446 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5TXL 解像度: 3.95→87.62 Å / SU ML: 1.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 45.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.95→87.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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