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- PDB-5x9z: Crystal structure of inositol 1,4,5-trisphosphate receptor large ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x9z
タイトルCrystal structure of inositol 1,4,5-trisphosphate receptor large cytosolic domain
要素Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
キーワードMETAL TRANSPORT / receptor channel calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP effects / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Effects of PIP2 hydrolysis / inositol 1,4,5-trisphosphate receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium levels / smooth endoplasmic reticulum membrane / platelet dense tubular network / negative regulation of calcium-mediated signaling / calcineurin complex / platelet dense granule membrane / epithelial fluid transport ...cGMP effects / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Effects of PIP2 hydrolysis / inositol 1,4,5-trisphosphate receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium levels / smooth endoplasmic reticulum membrane / platelet dense tubular network / negative regulation of calcium-mediated signaling / calcineurin complex / platelet dense granule membrane / epithelial fluid transport / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / voluntary musculoskeletal movement / Ion homeostasis / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / positive regulation of calcium ion transport / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of hepatocyte proliferation / nuclear inner membrane / transport vesicle membrane / intracellularly gated calcium channel activity / ligand-gated ion channel signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / GABA-ergic synapse / calcium channel inhibitor activity / cellular response to cAMP / release of sequestered calcium ion into cytosol / phosphatidylinositol binding / post-embryonic development / secretory granule membrane / 筋小胞体 / synaptic membrane / liver regeneration / Schaffer collateral - CA1 synapse / cell morphogenesis / positive regulation of insulin secretion / positive regulation of neuron projection development / calcium ion transport / presynapse / 核膜 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / postsynapse / protein phosphatase binding / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / neuronal cell body / 樹状突起 / シナプス / calcium ion binding / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / 小胞体 / protein-containing complex / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif ...Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7.311 Å
データ登録者Hamada, K. / Miyatake, H. / Terauchi, A. / Mikoshiba, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS15K06791 日本
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: IP3-mediated gating mechanism of the IP3 receptor revealed by mutagenesis and X-ray crystallography
著者: Hamada, K. / Miyatake, H. / Terauchi, A. / Mikoshiba, K.
履歴
登録2017年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
B: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)504,7552
ポリマ－504,7552
非ポリマー00
水0
1
A: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,3771
ポリマ－252,3771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,3771
ポリマ－252,3771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)212.503, 221.726, 318.452
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1 / IP3 receptor isoform 1 / InsP3R1 / Inositol 1 / 4 / 5-trisphosphate-binding protein P400 / Protein ...IP3 receptor isoform 1 / InsP3R1 / Inositol 1 / 4 / 5-trisphosphate-binding protein P400 / Protein PCD-6 / Purkinje cell protein 1 / Type 1 inositol 1 / 5-trisphosphate receptor / Type 1 InsP3 receptor


分子量: 252377.312 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-2217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Itpr1, Insp3r, Pcd6, Pcp1 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P11881

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7.3→49.1 Å / Num. obs: 10669 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 7.311→7.572 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5745 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique obs: 1030 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: fragments of 3JAV C-alpha model and 3UJ4 chain A

3jav

3uj4


解像度: 7.311→49.145 Å / SU ML: 1.71 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 45.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3937 536 5.02 %
Rwork0.317 --
obs0.3209 10669 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7.311→49.145 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16948 0 0 0 16948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45223558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3149942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
7.3114-8.04430.41031320.33142487X-RAY DIFFRACTION99
8.0443-9.20170.38141310.31782483X-RAY DIFFRACTION100
9.2017-11.56820.3341340.28762535X-RAY DIFFRACTION100
11.5682-49.14660.43211390.33052628X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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