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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wk1 | ||||||
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タイトル | Structure of the major capsid protein and the capsid stabilizing protein of the marine siphovirus TW1 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / Major Capsid Protein / Capsid Stabilizing Protein / HK 97 fold / Decoration Protein | ||||||
機能・相同性 | カプシド / Putative coat protein / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudoalteromonas phage TW1 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Z. / Rossmann, M.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Structure of the Marine Siphovirus TW1: Evolution of Capsid-Stabilizing Proteins and Tail Spikes. 著者: Zhiqing Wang / Stephen C Hardies / Andrei Fokine / Thomas Klose / Wen Jiang / Byung Cheol Cho / Michael G Rossmann / 要旨: Marine bacteriophage TW1 belongs to the Siphoviridae family and infects Pseudoalteromonas phenolica. Mass spectrometry analysis has identified 16 different proteins in the TW1 virion. Functions of ...Marine bacteriophage TW1 belongs to the Siphoviridae family and infects Pseudoalteromonas phenolica. Mass spectrometry analysis has identified 16 different proteins in the TW1 virion. Functions of most of these proteins have been predicted by bioinformatic methods. A 3.6 Å resolution cryoelectron microscopy map of the icosahedrally averaged TW1 head showed the atomic structures of the major capsid protein, gp57, and the capsid-stabilizing protein, gp56. The gp57 structure is similar to that of the phage HK97 capsid protein. The gp56 protein has two domains, each having folds similar to that of the N-terminal part of phage λ gpD, indicating a common ancestry. The first gp56 domain clamps adjacent capsomers together, whereas the second domain is required for trimerization. A 6-fold-averaged reconstruction of the distal part of the tail showed that TW1 has six tail spikes, which are unusual for siphophages but are similar to the podophages P22 and Sf6, suggesting a common evolutionary origin of these spikes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wk1.cif.gz | 507.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wk1.ent.gz | 423.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wk1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/5wk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/5wk1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15017.777 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudoalteromonas phage TW1 (ファージ) / 参照: UniProt: S5MS27 #2: タンパク質 | 分子量: 39047.965 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudoalteromonas phage TW1 (ファージ) / 参照: UniProt: S5M825 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pseudoalteromonas phage TW1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Pseudoalteromonas phage TW1 (ファージ) | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM NaCl, 8 mM MgSO4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Ted Pella Inc, Lacey Carbon | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 75 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 16216 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8663 / 対称性のタイプ: POINT |