PDB-5vnw: Crystal structure of Nb.b201 bound to human serum albumin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vnw

タイトル

Crystal structure of Nb.b201 bound to human serum albumin

要素

Nb.b201
Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN/DE NOVO PROTEIN /

nanobody (ナノボディ) / synthetic protein /

llama (リャマ) /

camelid (ラクダ科) / TRANSPORT PROTEIN-DE NOVO PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation /

exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME /

enterobactin binding /

ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

McMahon, C. / Kruse, A.C.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Yeast surface display platform for rapid discovery of conformationally selective nanobodies.
著者: McMahon, C. / Baier, A.S. / Pascolutti, R. / Wegrecki, M. / Zheng, S. / Ong, J.X. / Erlandson, S.C. / Hilger, D. / Rasmussen, S.G.F. / Ring, A.M. / Manglik, A. / Kruse, A.C.

履歴

登録	2017年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vnw.cif.gz	572.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vnw.ent.gz	479.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vnw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/5vnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/5vnw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vnvC 5id7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5b0o-2 6n5d-2 2fju-d 6djw-d 6yk8-d 6rvc-d 7kis-d 6n5e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (15)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (15)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
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SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
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神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
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#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serum albumin

B: Serum albumin

C: Nb.b201

D: Nb.b201

ヘテロ分子

161 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Serum albumin

D: Nb.b201

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, Size exclusion chromatography with multi-angle light scattering indicates a solution molecular weight equal to a 1:1 complex of human serum albumin and nanobody.
80.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serum albumin

C: Nb.b201

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
80.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.338, 72.150, 108.513
Angle α, β, γ (deg.)	96.14, 104.60, 104.02
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Serum albumin / 分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02768
#2: 抗体	Nb.b201 分子量: 13349.759 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 77分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸 / ラウリン酸分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₂
#6: 化合物	ChemComp-BUA / butanoic acid / 酪酸 / 酪酸分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol, Tris(base)/BICINE pH 8.5, PEG 500 MME, PEG 20,0000, sodium chloride, HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月4日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→46.78 Å / Num. obs: 55905 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 8.99
反射シェル	解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / Num. unique all: 8732 / CC_1/2: 0.49 / R_sym value: 1.17 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575:0000)	精密化
XDS	Nov 1, 2016	データ削減
XDS	Nov 1, 2016	データスケーリング
PHASER	2.7.16	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ID7

5id7

解像度: 2.6→39.6 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2564	3903	3.55 %
R_work	0.2207	-	-
obs	0.2219	55812	96.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10994	0	77	69	11140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11352
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5	15343
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.871	4289
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.133	1692
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1978

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5992-2.6309	0.3589	100	0.4011	2760	X-RAY DIFFRACTION	71
2.6309-2.6642	0.3629	138	0.4154	3741	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6642-2.6992	0.4519	137	0.4126	3640	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6992-2.7362	0.4241	142	0.4142	3872	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7362-2.7753	0.4966	140	0.4339	3852	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7753-2.8167	0.4627	138	0.4112	3752	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8167-2.8607	0.4153	148	0.3836	3960	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8607-2.9076	0.3081	139	0.3532	3790	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9076-2.9577	0.3763	145	0.3393	3867	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9577-3.0115	0.3542	141	0.328	3865	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0115-3.0694	0.3443	136	0.3336	3760	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0694-3.132	0.3342	146	0.3342	3908	X-RAY DIFFRACTION	97
3.132-3.2001	0.3672	141	0.3205	3822	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2001-3.2745	0.2975	140	0.2993	3858	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2745-3.3563	0.349	144	0.2845	3834	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3563-3.447	0.3327	143	0.2688	3865	X-RAY DIFFRACTION	98
3.447-3.5484	0.2982	141	0.2606	3831	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5484-3.6629	0.3118	141	0.245	3800	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6629-3.7937	0.2808	140	0.2373	3856	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7937-3.9454	0.2583	138	0.2245	3768	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9454-4.1248	0.2521	140	0.1987	3907	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1248-4.342	0.2288	141	0.1824	3793	X-RAY DIFFRACTION	97
4.342-4.6137	0.2441	142	0.1692	3798	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6137-4.9693	0.2045	140	0.1581	3864	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9693-5.4682	0.2082	141	0.1822	3870	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4682-6.2568	0.2479	138	0.1985	3813	X-RAY DIFFRACTION	97
6.2568-7.8728	0.1955	143	0.1946	3831	X-RAY DIFFRACTION	96
7.8728-39.6401	0.1622	137	0.1415	3785	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1137	3.2981	-0.6408	6.1813	1.1081	4.0781	0.1083	0.2065	0.8011	-0.464	-0.128	0.7527	-0.5905	0.0144	0.0332	0.7525	0.0325	-0.0276	0.6675	-0.0363	0.6549	-39.1362	101.1517	58.1398
2	1.7587	-0.0344	-1.4811	2.01	1.3512	7.2098	0.181	-0.0398	-0.4167	0.2307	-0.055	-0.0105	0.6963	0.3754	-0.114	0.7374	-0.0422	-0.0263	0.6899	-0.1084	0.7253	-41.1557	84.3575	70.1784
3	4.4269	1.6299	-2.9155	2.9842	-0.4933	5.6687	0.2863	-1.024	-0.2962	0.607	-0.0734	-0.248	0.0904	1.316	-0.2335	1.0194	-0.079	-0.1524	1.0418	-0.0327	0.6261	-38.0793	86.9207	92.2857
4	1.2776	1.0245	1.4504	3.3956	2.5727	4.6636	-0.0171	0.0587	0.0697	0.0504	-0.09	0.2477	0.7554	-0.1702	0.0892	1.209	-0.1308	0.0503	0.6916	0.1293	0.6068	-61.621	68.4325	76.0212
5	4.499	-1.4166	-0.6462	7.0109	1.3227	5.3508	-0.2389	0.0208	-0.4993	1.0311	0.1891	-0.4691	0.163	2.0494	0.0784	1.1765	-0.0916	-0.1921	1.6213	0.0273	0.7967	-27.6362	-13.7793	7.2963
6	3.2253	0.6763	1.3101	2.7705	-0.3017	3.3515	-0.0834	-0.2038	0.647	0.6941	-0.3578	-0.1791	-1.0661	0.6968	0.4253	1.4461	-0.3982	-0.0139	0.9916	-0.0339	0.7238	-41.8839	1.1831	2.6255
7	7.4459	-0.1452	1.2685	1.6855	-0.0585	3.1352	-0.0608	0.8652	-0.051	-0.459	0.121	0.0516	-0.5286	0.2463	-0.0605	1.1481	-0.1276	-0.0176	0.8272	-0.055	0.5106	-56.1564	-8.8205	-18.3256
8	3.4417	0.9564	-0.73	3.9413	0.4045	9.0607	0.0493	-0.5185	0.3615	-0.3366	-0.3894	0.3156	0.0248	-0.6193	0.3196	0.8955	0.0806	-0.1703	0.8413	-0.1527	0.6085	-66.2218	1.5443	5.2132
9	0.5175	1.3532	1.1233	6.0452	6.644	8.1049	-0.0746	0.6172	-0.0387	-0.4432	-0.38	0.2933	-0.2696	-1.1301	0.479	1.1845	0.1936	-0.2565	1.4586	-0.1214	0.7217	-66.3573	14.2364	26.6135
10	2.4042	1.5535	2.335	2.5147	1.4748	2.4568	-1.9905	-0.3534	2.2979	2.18	0.4766	-2.6569	-2.3893	-0.824	1.5634	1.0894	-0.0706	-0.1933	0.8274	-0.1385	0.8615	-55.4316	32.7727	55.5424
11	2.713	-3.0249	0.3401	3.3616	-0.5419	3.9146	-0.0678	-0.9675	-0.792	1.2613	0.8724	0.2483	0.913	-0.0768	-0.7368	1.0458	-0.231	-0.2294	0.9856	0.0954	0.7546	-46.9835	11.9178	61.6444
12	6.6176	-7.1094	2.6309	8.9384	-3.3646	9.1214	0.1708	-0.4458	0.4421	0.6143	-0.3868	-0.0153	-0.1135	-0.3659	0.1115	0.8054	-0.2856	0.0794	0.8303	-0.0997	0.6476	-61.4114	27.9587	55.0666
13	4.6065	-5.1998	4.5668	7.1897	-4.0349	5.5709	0.2281	-0.3644	0.831	-0.4979	0.0449	-0.2119	-0.6408	-0.4467	-0.2578	0.8642	0.035	-0.0722	0.8886	0.0475	0.6185	-56.157	23.8554	47.5973
14	3.3721	-3.9311	1.2693	6.4543	0.7321	3.0517	0.3851	2.3339	0.131	0.0619	-0.4762	-0.5355	0.614	0.2415	0.0508	0.8988	-0.0309	-0.0988	1.0819	-0.019	0.6942	-49.9618	19.1388	44.8861
15	7.857	-1.1537	0.4573	2.9808	2.5427	2.7336	0.7094	1.1106	-1.4652	-0.0052	-1.0954	1.312	0.7374	-1.2764	0.2813	0.8047	-0.062	-0.1715	0.9556	-0.0668	0.64	-61.9612	15.772	49.4381
16	7.9312	-6.0276	-5.6273	4.7921	5.2976	8.4146	0.3814	-0.1295	0.0899	0.1253	-0.482	0.45	0.1224	-1.407	0.0835	0.6291	-0.2339	0.0106	0.8393	0.068	0.6482	-61.3119	22.3571	58.4407
17	5.7098	5.6561	-5.7823	5.6669	-5.7928	5.9198	0.3479	0.4333	-0.3074	-0.6028	-0.7951	0.1793	0.9395	-0.0623	0.5497	1.1858	-0.0213	-0.0116	0.7575	-0.0016	0.7206	-47.8505	9.2808	53.7383
18	2.7857	-2.5111	0.2808	6.9171	6.1548	8.8343	0.1042	-0.2168	-0.1965	-0.6755	0.0453	0.3563	-0.0327	-0.6876	-0.074	0.8017	-0.1441	-0.0592	0.66	0.1024	0.546	-53.4265	25.4851	48.8109
19	8.8774	-1.4803	-1.4028	5.1312	0.572	2.0494	0.2718	0.7894	0.796	-0.3143	0.0261	0.3636	-1.1144	0.5468	-0.3434	1.3115	0.0978	-0.0918	0.883	0.0004	0.7621	-57.1508	30.4544	44.3088
20	4.8567	-4.5676	4.9083	4.2547	-4.5918	4.9036	0.1546	0.7161	0.4099	0.8858	-1.0531	-1.4892	0.6897	0.2558	0.6759	1.0295	0.0153	-0.1629	0.8055	0.0324	0.717	-42.0874	12.1519	58.6942
21	2.3897	-0.0246	-0.5489	3.2202	-3.688	5.4835	-0.193	0.2276	-0.5261	-0.5544	-0.2367	-0.1434	1.1472	-0.4376	0.3639	1.6545	-0.1828	0.0046	1.0983	-0.0774	0.6841	-68.7712	51.0674	31.3125
22	4.715	-3	0.9533	4.7048	-4.0414	4.4131	-1.5856	0.987	-2.5387	-0.2462	0.9928	0.5037	5.0128	-4.3764	0.4328	2.1711	-0.7146	0.0779	1.5323	0.0122	0.9908	-76.9766	51.9957	43.0516
23	2.5544	-1.1378	-1.1999	5.1063	-2.8973	5.6517	-0.3485	0.0873	-0.0849	0.1731	0.0736	-0.0695	0.7877	-0.7941	0.2353	1.6362	-0.0686	-0.1111	1.0268	-0.1461	0.6755	-69.8594	54.1521	32.0793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 119 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 120 through 249 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 250 through 342 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 343 through 584 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 120 through 227 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 228 through 376 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 377 through 500 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 501 through 584 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 7 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 8 through 17 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 18 through 31 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 32 through 39 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 40 through 51 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 52 through 72 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 73 through 82 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 83 through 90 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 91 through 99 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 100 through 111 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 112 through 120 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 1 through 52 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 53 through 59 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 60 through 120 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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