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- PDB-5vco: THE CRYSTAL STRUCTURE OF DER P 1 ALLERGEN COMPLEXED WITH FAB FRAG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vco
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF DER P 1 ALLERGEN COMPLEXED WITH FAB FRAGMENT OF MAB 10B9
要素
  • HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT OF 10B9 ANTIBODY
  • LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT OF 10B9 ANTIBODY
  • PEPTIDASE 1プロテアーゼ
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / ALLERGEN (アレルゲン) / ANTIBODY (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase 1 (mite) / cysteine-type peptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / 抗体 / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidase 1 / Der p 1 allergen
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Dermatophagoides pteronyssinus (ヒョウヒダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Osinski, T. / Majorek, K.A. / Pomes, A. / Offermann, L.R. / Osinski, S. / Glesner, J. / Vailes, L.D. / Chapman, M.D. / Minor, W. / Chruszcz, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI077653 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM53163 米国
引用ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of Der p 1-Antibody Complexes and Comparison with Complexes of Proteins or Peptides with Monoclonal Antibodies.
著者: Osinski, T. / Pomes, A. / Majorek, K.A. / Glesner, J. / Offermann, L.R. / Vailes, L.D. / Chapman, M.D. / Minor, W. / Chruszcz, M.
履歴
登録2017年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年4月26日ID: 4PP2
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52022年4月27日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT OF 10B9 ANTIBODY
B: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT OF 10B9 ANTIBODY
C: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT OF 10B9 ANTIBODY
D: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT OF 10B9 ANTIBODY
E: PEPTIDASE 1
F: PEPTIDASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,38310
ポリマ－144,8616
非ポリマー5234
水39622
1
A: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT OF 10B9 ANTIBODY
B: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT OF 10B9 ANTIBODY
F: PEPTIDASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6925
ポリマ－72,4303
非ポリマー2612
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT OF 10B9 ANTIBODY
D: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT OF 10B9 ANTIBODY
E: PEPTIDASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6925
ポリマ－72,4303
非ポリマー2612
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.685, 74.852, 184.103
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13E
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPARGARGAA1 - 2111 - 211
21ASPASPARGARGCC1 - 2111 - 211
12GLUGLUARGARGBB1 - 2221 - 222
22GLUGLUARGARGDD1 - 2221 - 222
13THRTHRLEULEUEE1 - 2221 - 222
23THRTHRLEULEUFF1 - 2221 - 222

NCSアンサンブル:
ID
2
1
3

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT OF 10B9 ANTIBODY


分子量: 23280.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体 HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT OF 10B9 ANTIBODY


分子量: 24135.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 EF

#3: タンパク質 PEPTIDASE 1 / プロテアーゼ / ALLERGEN DER P I / MAJOR MITE FECAL ALLERGEN DER P 1


分子量: 25014.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dermatophagoides pteronyssinus (ヒョウヒダニ)
参照: UniProt: Q3HWZ5, UniProt: P08176*PLUS
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 24分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 100 MM NA ACETATE, 8% W/V PEG 4000, 15% MPD, PH 4.5 / PH範囲: 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.51201 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES
放射モノクロメーター: DIAMOND 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.51201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→50 Å / Num. obs: 36141 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 55.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.74→2.79 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.684 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F5V, 3RVT

3f5v

3rvt


解像度: 2.74→47.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 33.171 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.393 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1786 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.203 34176 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.5 Å2-0 Å2-4.07 Å2
2---5.09 Å2-0 Å2
3----1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9866 0 30 22 9918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0210151
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.93813892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7153.00320579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23951292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46324.07430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.713151455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9181546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02111762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A11990.09
12C11990.09
21B11680.06
22D11680.06
31E13120.09
32F13120.09
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.81 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 118 -
Rwork0.32 2482 -
obs--97.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6547-0.08530.0720.78110.4121.0472-0.0144-0.03120.0282-0.07390.0252-0.0237-0.00270.0256-0.01080.10510.01040.00220.1430.02110.12715.643-19.421109.338
21.50020.4143-0.74970.4195-0.05790.74710.03970.02530.10670.0383-0.0050.04330.00330.024-0.03460.0470.0116-0.00020.1476-0.01720.1821-16.193-14.959138.871
30.63770.3997-0.16140.7193-0.37221.0303-0.024-0.0174-0.02160.0004-0.0182-0.00920.0239-0.03920.04230.12540.0065-0.04150.1182-0.00530.1275-14.683-22.83497.863
41.95460.7754-0.62230.5028-0.35480.42490.0236-0.00250.0015-0.02620.04470.0258-0.0384-0.0508-0.06830.1198-0.0009-0.01760.14630.00860.1274-9.665-21.579101.231
50.5306-0.19990.35751.18130.97321.4152-0.0310.00390.0894-0.03460.0118-0.0347-0.0587-0.0840.01930.04540.0113-0.00730.17170.04810.1993-24.157-10.277125.309
60.27010.1993-0.15790.7665-0.63951.4362-0.0048-0.02610.0481-0.0082-0.01280.05230.0385-0.00370.01760.00910.0130.03540.2055-0.02290.19375.0771.76818.976
71.46320.31511.02960.41520.31241.1732-0.0284-0.01530.01790.06960.0030.0123-0.0476-0.05050.02530.0384-0.00590.0390.16750.02130.153221.08-1.48451.783
80.30160.26130.47651.07630.68681.1887-0.01520.0689-0.00840.00960.0014-0.0337-0.04840.07530.01370.01820.00520.04970.20350.01880.209527.1674.84210.75
91.11030.49980.80640.87470.35350.7039-0.0090.0383-0.0189-0.04390.0346-0.0766-0.0402-0.005-0.02560.02080.0110.04770.21670.0120.196321.7063.65713.421
100.60730.3884-0.00391.2259-0.17720.51580.0277-0.0056-0.02040.0263-0.03540.03180.01410.00610.00770.01430.00220.04680.20640.00140.1831.184-7.61340.645
110.4924-0.25060.06550.4809-0.09240.34460.01210.02170.0152-0.0303-0.01030.01010.04820.0073-0.00180.0211-0.00510.04480.1896-0.0090.16980.5976.208-15.218
120.4356-0.0069-0.1030.4810.14240.1046-0.01260.0201-0.0704-0.0428-0.01420.0283-0.07550.0190.02670.1829-0.0137-0.03050.11870.00810.094515.039-23.7476.139
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2A106 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 80
4X-RAY DIFFRACTION4B81 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5B121 - 222
6X-RAY DIFFRACTION6C1 - 105
7X-RAY DIFFRACTION7C106 - 211
8X-RAY DIFFRACTION8D1 - 80
9X-RAY DIFFRACTION9D81 - 120
10X-RAY DIFFRACTION10D121 - 222
11X-RAY DIFFRACTION11E1 - 222
12X-RAY DIFFRACTION12F1 - 222

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万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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