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万見
- PDB-5v4b: Crystal structure of the Skp1-FBXW7-DISC1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v4b
タイトルCrystal structure of the Skp1-FBXW7-DISC1 complex
要素
  • DISC1 peptide
  • F-box/WD repeat-containing protein 7
  • S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Ubiquitin ligase/psychiatric disorders / TRANSCRIPTION-CELL C complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyramidal neuron migration to cerebral cortex / negative regulation of SREBP signaling pathway / negative regulation of triglyceride biosynthetic process / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of lipid storage / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / mitochondrial calcium ion homeostasis / central region of growth cone / cell proliferation in forebrain ...pyramidal neuron migration to cerebral cortex / negative regulation of SREBP signaling pathway / negative regulation of triglyceride biosynthetic process / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of lipid storage / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / mitochondrial calcium ion homeostasis / central region of growth cone / cell proliferation in forebrain / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / regulation of dendritic spine development / F-box domain binding / ubiquitin recycling / ubiquitin-protein transferase activator activity / regulation of mitophagy / regulation of synapse maturation / PcG protein complex / phosphothreonine residue binding / regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of osteoclast development / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / dynein complex / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / maintenance of protein location in nucleus / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / non-motile cilium assembly / vasculature development / sister chromatid cohesion / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / protein localization to centrosome / regulation of postsynapse organization / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / intermediate filament cytoskeleton / SCF複合体 / positive regulation of cell-matrix adhesion / kinesin complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / ciliary base / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / Prolactin receptor signaling / MTOR / protein monoubiquitination / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / lipid homeostasis / cullin family protein binding / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / kinesin binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cilium assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / GABA-ergic synapse / protein K48-linked ubiquitination / positive regulation of axon extension / 脈管形成 / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / response to electrical stimulus / Notchシグナリング / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / Regulation of BACH1 activity / cyclin binding / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / ciliary basal body / negative regulation of protein binding / ubiquitin binding / positive regulation of protein ubiquitination / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / molecular function activator activity / Vpu mediated degradation of CD4 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Iron uptake and transport / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / lung development / neuron migration / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / protein destabilization / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / regulation of circadian rhythm / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / microtubule cytoskeleton organization / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / beta-catenin binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / positive regulation of neuron projection development / FCERI mediated NF-kB activation / neuron cellular homeostasis
類似検索 - 分子機能
Disrupted in schizophrenia 1 / Monooxygenase - #50 / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain ...Disrupted in schizophrenia 1 / Monooxygenase - #50 / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Fボックスタンパク質 / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Monooxygenase / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
イミダゾール / S-phase kinase-associated protein 1 / F-box/WD repeat-containing protein 7 / Disrupted in schizophrenia 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, Y. / Baillie, G.S. / Hao, B.
引用ジャーナル: Mol. Psychiatry / 年: 2018
タイトル: FBXW7 regulates DISC1 stability via the ubiquitin-proteosome system.
著者: Yalla, K. / Elliott, C. / Day, J.P. / Findlay, J. / Barratt, S. / Hughes, Z.A. / Wilson, L. / Whiteley, E. / Popiolek, M. / Li, Y. / Dunlop, J. / Killick, R. / Adams, D.R. / Brandon, N.J. / ...著者: Yalla, K. / Elliott, C. / Day, J.P. / Findlay, J. / Barratt, S. / Hughes, Z.A. / Wilson, L. / Whiteley, E. / Popiolek, M. / Li, Y. / Dunlop, J. / Killick, R. / Adams, D.R. / Brandon, N.J. / Houslay, M.D. / Hao, B. / Baillie, G.S.
履歴
登録2017年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1
B: F-box/WD repeat-containing protein 7
C: DISC1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,60713
ポリマ－68,6733
非ポリマー93410
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area26790 Å2
手法PISA
2
A: S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1
B: F-box/WD repeat-containing protein 7
C: DISC1 peptide
ヘテロ分子

A: S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1
B: F-box/WD repeat-containing protein 7
C: DISC1 peptide
ヘテロ分子

A: S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1
B: F-box/WD repeat-containing protein 7
C: DISC1 peptide
ヘテロ分子

A: S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1
B: F-box/WD repeat-containing protein 7
C: DISC1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,42752
ポリマ－274,69212
非ポリマー3,73540
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-11
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_554y,x,-z-11
Buried area34550 Å2
ΔGint-545 kcal/mol
Surface area97980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)233.514, 233.514, 108.438
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-3015-

HOH

21B-3026-

HOH

31B-3048-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 16841.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63208
#2: タンパク質 F-box/WD repeat-containing protein 7 / Archipelago homolog / hAgo / F-box and WD-40 domain-containing protein 7 / F-box protein FBX30 / ...Archipelago homolog / hAgo / F-box and WD-40 domain-containing protein 7 / F-box protein FBX30 / SEL-10 / hCdc4


分子量: 50150.230 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 183-626 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXW7, FBW7, FBX30, SEL10 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q969H0

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド DISC1 peptide


分子量: 1681.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRI5*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 177分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.34 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 100 mM Hepes, 1.2M lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→42.93 Å / Num. obs: 45981 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 279701
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.645.70.6050.84199.4
2.64-2.695.70.50.883199.6
2.69-2.745.80.4530.92199.2
2.74-2.85.80.3850.943199.6
2.8-2.865.90.3431.014199.3
2.86-2.935.90.2981.02199.9
2.93-35.90.2641.015199.6
3-3.0860.2121.095199.8
3.08-3.1760.181.127199.9
3.17-3.2860.1561.004199.9
3.28-3.3960.1330.947199.9
3.39-3.536.10.1210.9921100
3.53-3.696.20.1071.0511100
3.69-3.886.40.0991.0461100
3.88-4.136.50.090.9311100
4.13-4.456.50.0831.1141100
4.45-4.896.50.0781.1281100
4.89-5.66.40.06811100
5.6-7.056.30.061.0731100
7.05-506.20.0381.11199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OVP

2ovp


解像度: 2.6→42.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 13.104 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2187 2328 5.1 %RANDOM
Rwork0.1837 ---
obs0.1854 43643 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 222.9 Å2 / Biso mean: 57.154 Å2 / Biso min: 17.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.35 Å2-0 Å20 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3----2.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4645 0 50 167 4862
Biso mean--87.64 45.71 -
残基数----600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7981.9526579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.877310416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9025607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.21924.293205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.94715814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7531528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021090
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 181 -
Rwork0.297 3163 -
all-3344 -
obs--99.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1025-1.1397-1.34991.73760.45831.0158-0.0508-0.509-0.43520.23650.032-0.10310.39580.13490.01880.3777-0.1899-0.07940.32970.11070.6175-0.4909-17.7199-38.8246
21.1223-0.1179-0.48630.3760.42023.02950.10080.25680.27490.1051-0.049-0.08350.0805-0.3665-0.05170.0787-0.0195-0.01560.11830.07880.0977-46.0502-23.812-36.8926
311.08668.00380.697917.53135.54362.259-0.092-0.00730.40230.095-0.18770.23490.1525-0.13460.27970.3815-0.37380.1650.7772-0.07020.5738-66.087-35.2525-28.4131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1002 - 1147
2X-RAY DIFFRACTION2B2263 - 2706
3X-RAY DIFFRACTION3C193 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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