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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tji | |||||||||
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タイトル | Ca2+ bound aplysia Slo1 | |||||||||
要素 | High conductance calcium-activated potassium channel | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ion channel / K+ channel / Ca2+ bound / high conductance | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Aplysia californica (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | MacKinnon, R. / Tao, X. / Hite, R.K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Structural basis for gating the high-conductance Ca-activated K channel. 著者: Richard K Hite / Xiao Tao / Roderick MacKinnon / 要旨: The precise control of an ion channel gate by environmental stimuli is crucial for the fulfilment of its biological role. The gate in Slo1 K channels is regulated by two separate stimuli, ...The precise control of an ion channel gate by environmental stimuli is crucial for the fulfilment of its biological role. The gate in Slo1 K channels is regulated by two separate stimuli, intracellular Ca concentration and membrane voltage. Slo1 is thus central to understanding the relationship between intracellular Ca and membrane excitability. Here we present the Slo1 structure from Aplysia californica in the absence of Ca and compare it with the Ca-bound channel. We show that Ca binding at two unique binding sites per subunit stabilizes an expanded conformation of the Ca sensor gating ring. These conformational changes are propagated from the gating ring to the pore through covalent linkers and through protein interfaces formed between the gating ring and the voltage sensors. The gating ring and the voltage sensors are directly connected through these interfaces, which allow membrane voltage to regulate gating of the pore by influencing the Ca sensors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tji.cif.gz | 188.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tji.ent.gz | 141.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tji.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5tji_validation.pdf.gz | 752.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5tji_full_validation.pdf.gz | 752.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5tji_validation.xml.gz | 27.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5tji_validation.cif.gz | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/5tji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/5tji | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C (n回回転対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 120308.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5QJC5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PGW / ( |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ca2+ bound aplysia Slo1 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.4 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Aplysia californica (無脊椎動物) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 細胞: High Five / プラスミド: pFastBac | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 1.4 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4000 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF / エネルギーフィルター 上限: 15 eV / エネルギーフィルター 下限: -15 eV / 球面収差補正装置: FEI Cs corrector on Titan Krios |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 7420 / 縦: 7676 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0088 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 638000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60000 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 160 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.8→147 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / SU B: 86.753 / SU ML: 1.047 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 380.679 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 6930 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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