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- PDB-5sv9: Structure of the SLC4 transporter Bor1p in an inward-facing confo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sv9
タイトルStructure of the SLC4 transporter Bor1p in an inward-facing conformation
要素Bor1p boron transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / boron transporter / anion exchanger family / alternating access mechanism / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Transcontinental EM Initiative for Membrane Protein Structure / TEMIMPS
機能・相同性Bicarbonate transporter, eukaryotic / Bicarbonate transporter-like, transmembrane domain / HCO3- transporter family / solute:inorganic anion antiporter activity / membrane => GO:0016020 / Bor1p boron transporter
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces mikatae (酵母)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Coudray, N. / Seyler, S. / Lasala, R. / Zhang, Z. / Clark, K.M. / Dumont, M.E. / Rohou, A. / Beckstein, O. / Stokes, D.L. / Transcontinental EM Initiative for Membrane Protein Structure (TEMIMPS)
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM094598 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM095747 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM094611 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM118772 米国
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2017
タイトル: Structure of the SLC4 transporter Bor1p in an inward-facing conformation.
著者: Nicolas Coudray / Sean L Seyler / Ralph Lasala / Zhening Zhang / Kathy M Clark / Mark E Dumont / Alexis Rohou / Oliver Beckstein / David L Stokes /
要旨: Bor1p is a secondary transporter in yeast that is responsible for boron transport. Bor1p belongs to the SLC4 family which controls bicarbonate exchange and pH regulation in animals as well as borate ...Bor1p is a secondary transporter in yeast that is responsible for boron transport. Bor1p belongs to the SLC4 family which controls bicarbonate exchange and pH regulation in animals as well as borate uptake in plants. The SLC4 family is more distantly related to members of the Amino acid-Polyamine-organoCation (APC) superfamily, which includes well studied transporters such as LeuT, Mhp1, AdiC, vSGLT, UraA, SLC26Dg. Their mechanism generally involves relative movements of two domains: a core domain that binds substrate and a gate domain that in many cases mediates dimerization. To shed light on conformational changes governing transport by the SLC4 family, we grew helical membrane crystals of Bor1p from Saccharomyces mikatae and determined a structure at ∼6 Å resolution using cryo-electron microscopy. To evaluate the conformation of Bor1p in these crystals, a homology model was built based on the related anion exchanger from red blood cells (AE1). This homology model was fitted to the cryo-EM density map using the Molecular Dynamics (MD) Flexible Fitting method and then relaxed by all-atom MD simulation in explicit solvent and membrane. Mapping of water accessibility indicates that the resulting structure represents an inward-facing conformation. Comparisons of the resulting Bor1p model with the X-ray structure of AE1 in an outward-facing conformation, together with MD simulations of inward-facing and outward-facing Bor1p models, suggest rigid body movements of the core domain relative to the gate domain. These movements are consistent with the rocking-bundle transport mechanism described for other members of the APC superfamily.
履歴
登録2016年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年1月11日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年1月23日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting_list
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8313
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bor1p boron transporter
B: Bor1p boron transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,6602
ポリマ－107,6602
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2330 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area46170 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: yes / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 1 / Rise per n subunits: 4.8 Å / Rotation per n subunits: 37.35 °)

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要素

#1: タンパク質 Bor1p boron transporter


分子量: 53829.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces mikatae (酵母) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A1C7D1B8*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bor1p dimer in an inward-facing conformation / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.06 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces mikatae (酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / プラスミド: pSGP46
緩衝液pH: 7 / 詳細: Buffer was changed twice per day.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidC8H18N2O41
2100 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
32 mMboric acidホウ酸H3BO31
45 %sodium azideNaN31
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The protein was solubilized in 1% n-Dodecyl beta-D-maltoside and exchanged into heptaethyleneglycol-n-dodecylether (C12E7) while bound to the IgG Sepharose affinity column.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 19000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 850 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2700 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均露光時間: 6.75 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 252
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 27 / 利用したフレーム数/画像: 2-27

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1SPARX/EMAN2EMAN2.1粒子像選択sxhelixboxer.py
4CTFFIND3CTF補正
5FREALIX1.2.0CTF補正flx_wrap.rb
8Situs2.8モデルフィッティング
9NAMD2.11モデルフィッティングMDFF
11FREALIX1.2.0初期オイラー角割当flx_wrap.rb
12FREALIX1.2.0最終オイラー角割当flx_wrap.rb
14FREALIX1.2.0３次元再構成flx_wrap.rb
15SPARX/EMAN2EMAN2.1３次元再構成filt_table and filt_tanl
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 37.35 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.8 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 87
3次元再構成解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75
詳細: Reconstruction was done using D1 symmetry because of an existing two-fold symmetry in the unit cells composing the helical lattice. This two-fold axis runs perpendicular to the helical axis. ...詳細: Reconstruction was done using D1 symmetry because of an existing two-fold symmetry in the unit cells composing the helical lattice. This two-fold axis runs perpendicular to the helical axis. For the final structure, a filter was applied to the map in order to compensate for resolution-dependent amplitude falloff. To do so, we built a model by arranging UraA in a helical assembly in order to mimic the mass distribution in Bor1p tubes. Fourier transforms from this model and from the experimental maps were then rotationally averaged to produce 1D scattering profiles. The resolution-dependent amplitude ratio from these profiles was used as a filter that was applied to the experimental amplitudes using SPARX routines. Finally, a low-pass filter was applied with a 5 Angstrom stop-band frequency.
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient
詳細: A homology model was first created using human AE1 (PDB entry 4YZF) as a template using MODELLER, placed into the density map using SITUS, and then fitted into the map using the Molecular ...詳細: A homology model was first created using human AE1 (PDB entry 4YZF) as a template using MODELLER, placed into the density map using SITUS, and then fitted into the map using the Molecular Dynamics Flexible Fitting (MDFF) method.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 4YZF / Initial refinement model-ID: 1 / Pdb chain residue range: 418-911 / PDB-ID: 4YZF

4yzf

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID
1A
2B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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