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万見
- PDB-5mpp: Structure of AaLS-wt -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mpp
タイトルStructure of AaLS-wt
要素6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthaseLumazine synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / protein cage / dodecahedron (十二面体) / lumazine synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Sasaki, E. / Boehringer, D. / Leibundgut, M. / Ban, N. / Hilvert, D.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-dG-2012-321295 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure and assembly of scalable porous protein cages.
著者: Eita Sasaki / Daniel Böhringer / Michiel van de Waterbeemd / Marc Leibundgut / Reinhard Zschoche / Albert J R Heck / Nenad Ban / Donald Hilvert /
要旨: Proteins that self-assemble into regular shell-like polyhedra are useful, both in nature and in the laboratory, as molecular containers. Here we describe cryo-electron microscopy (EM) structures of ...Proteins that self-assemble into regular shell-like polyhedra are useful, both in nature and in the laboratory, as molecular containers. Here we describe cryo-electron microscopy (EM) structures of two versatile encapsulation systems that exploit engineered electrostatic interactions for cargo loading. We show that increasing the number of negative charges on the lumenal surface of lumazine synthase, a protein that naturally assembles into a ∼1-MDa dodecahedron composed of 12 pentamers, induces stepwise expansion of the native protein shell, giving rise to thermostable ∼3-MDa and ∼6-MDa assemblies containing 180 and 360 subunits, respectively. Remarkably, these expanded particles assume unprecedented tetrahedrally and icosahedrally symmetric structures constructed entirely from pentameric units. Large keyhole-shaped pores in the shell, not present in the wild-type capsid, enable diffusion-limited encapsulation of complementarily charged guests. The structures of these supercharged assemblies demonstrate how programmed electrostatic effects can be effectively harnessed to tailor the architecture and properties of protein cages.
履歴
登録2016年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3538
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
F: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
G: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
H: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
I: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
J: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
K: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
L: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
M: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
N: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
O: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
P: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Q: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
R: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
S: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
T: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
U: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
V: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
W: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
X: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Y: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Z: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
0: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
1: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
2: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
3: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
4: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
5: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
6: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
7: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
8: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
9: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
a: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
b: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
c: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
d: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
e: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
f: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
g: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
h: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
i: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
j: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
k: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
l: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
m: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
n: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
o: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
p: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
q: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
r: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
s: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
t: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
u: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
v: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
w: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
x: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,003,69160
ポリマ－1,003,69160
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area262650 Å2
ΔGint-1341 kcal/mol
Surface area258660 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Lumazine synthase / Lumazine synthase


分子量: 16728.186 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: ribH, aq_132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O66529, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AaLS-wt / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: na
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.10-2155_1692: ???) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND3CTF補正
5RELION1.4CTF補正
11RELION1.4初期オイラー角割当
12RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4分類
14RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3268 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.9→3.9 Å / SU ML: 0.74 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.11 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2428 13685 2.5 %
Rwork0.2497 --
obs0.2495 546600 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00971640
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.99996780
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.41442960
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05711220
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00612480

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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