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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m1f | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the large terminase nuclease from thermophilic phage G20c | |||||||||
要素 | Phage terminase large subunit | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / large terminase / nuclease domain (ヌクレアーゼ) / hydrolase (加水分解酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus phage G20c (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu, R.G. / Jenkins, H.T. / Chechik, M. / Blagova, E.V. / Greive, S.J. / Antson, A.A. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism. 著者: Xu, R.G. / Jenkins, H.T. / Chechik, M. / Blagova, E.V. / Lopatina, A. / Klimuk, E. / Minakhin, L. / Severinov, K. / Greive, S.J. / Antson, A.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5m1f.cif.gz | 48.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5m1f.ent.gz | 33.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5m1f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/5m1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/5m1f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21174.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus phage G20c (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7XXR1, UniProt: A0A1L4BKS3*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→47.72 Å / Num. obs: 9183 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 20099 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→47.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 9.194 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.4 Å2 / Biso mean: 54.596 Å2 / Biso min: 29.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→47.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.147→2.203 Å / Total num. of bins used: 20
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