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- PDB-5jyk: Deg9 crystal under 289K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jyk
タイトルDeg9 crystal under 289K
要素Protease Do-like 9
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Deg protease
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / 核小体 / タンパク質分解 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins - #20 / Protease Do-like, PDZ domain / Protease Do-like, PDZ domain superfamily / PDZドメイン / PDZドメイン / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZドメイン / PDZ superfamily ...N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins - #20 / Protease Do-like, PDZ domain / Protease Do-like, PDZ domain superfamily / PDZドメイン / PDZドメイン / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZドメイン / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Alpha-Beta Barrel / Peptidase S1, PA clan / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protease Do-like 9
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.297 Å
データ登録者Ouyang, M. / Zhang, L.X.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of Deg9 reveals a novel octameric-type HtrA protease
著者: Ouyang, M. / Li, X. / Zhao, S. / Pu, H. / Shen, J. / Adam, Z. / Clausen, T. / Zhang, L.
履歴
登録2016年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease Do-like 9
B: Protease Do-like 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,8573
ポリマ－124,7652
非ポリマー921
水9,026501
1
A: Protease Do-like 9
B: Protease Do-like 9
ヘテロ分子

A: Protease Do-like 9
B: Protease Do-like 9
ヘテロ分子

A: Protease Do-like 9
B: Protease Do-like 9
ヘテロ分子

A: Protease Do-like 9
B: Protease Do-like 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)499,42712
ポリマ－499,0598
非ポリマー3684
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area27680 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area142010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.162, 132.162, 154.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Protease Do-like 9


分子量: 62382.383 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 65-592 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DEGP9, At5g40200, MSN9.10, MSN9.100 / 発現宿主: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12
参照: UniProt: Q9FL12, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Potassium chloride, 0.05M Hepes pH7.5, 35% v/v Pentaerythritol propoxylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 77263 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.962

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IL9

5il9


解像度: 2.297→35.663 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 2542 5.11 %
Rwork0.1984 47217 -
obs0.2013 49759 84.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.96 Å2 / Biso mean: 33.1573 Å2 / Biso min: 9.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.297→35.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6692 0 6 501 7199
Biso mean--35.81 34.2 -
残基数----877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9349445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581087
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4474164
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2966-2.34080.3126570.211195125239
2.3408-2.38850.2912800.20361333141343
2.3885-2.44050.2955860.21971481156749
2.4405-2.49720.3082920.23781721181355
2.4972-2.55960.31491090.23341941205063
2.5596-2.62880.32241320.22752464259679
2.6288-2.70620.29881640.23763011317597
2.7062-2.79350.3171570.236630753232100
2.7935-2.89330.30261790.236630903269100
2.8933-3.00910.32161750.230331043279100
3.0091-3.14590.2781790.224830823261100
3.1459-3.31170.28061580.204330853243100
3.3117-3.5190.26311630.19230953258100
3.519-3.79040.22561710.179731323303100
3.7904-4.17130.20851710.166530793250100
4.1713-4.77370.20061460.157931073253100
4.7737-6.00970.21291710.188131443315100
6.0097-35.66730.23861520.20113078323097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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