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Yorodumi- PDB-4q72: Crystal Structure of Bradyrhizobium japonicum Proline Utilization... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4q72 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Bradyrhizobium japonicum Proline Utilization A (PutA) Mutant D779Y | ||||||
Components | Proline dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / PROLINE UTILIZATION A / PUTA / BETA-ALPHA BARREL / ROSSMANN FOLD / PROLINE DEHYDROGENASE / 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE / FAD Binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / proline biosynthetic process / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bradyrhizobium diazoefficiens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Tanner, J.J. / Pemberton, T.A. / Luo, M. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2014 Title: Kinetic and Structural Characterization of Tunnel-Perturbing Mutants in Bradyrhizobium japonicum Proline Utilization A. Authors: Arentson, B.W. / Luo, M. / Pemberton, T.A. / Tanner, J.J. / Becker, D.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4q72.cif.gz | 733.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4q72.ent.gz | 599 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4q72.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q72 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4q71C 4q73C 3hazS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 107745.930 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D779Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bradyrhizobium diazoefficiens (bacteria) Strain: USDA 110 / Gene: BJ6T_21270, blr7261, putA / Plasmid: PKA8H / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q89E26, EC: 1.5.99.8, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | IT APPEARS THAT B. JAPONICUM STRAIN USDA 110 HAS BEEN RECLASSIFIED AS BRADYRHIZOBIUM DIAZOEFFICIENS. ...IT APPEARS THAT B. JAPONICUM STRAIN USDA 110 HAS BEEN RECLASSIFI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.52 Å3/Da / Density % sol: 65.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: NOIR-1 / Detector: CCD / Date: May 15, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.088→115.296 Å / Num. all: 130815 / Num. obs: 130815 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 34.09 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 8.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: pdb entry 3haz Resolution: 2.3→31.986 Å / FOM work R set: 0.7765 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.25 Å2 / Biso mean: 38.81 Å2 / Biso min: 15.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→31.986 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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