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万見
- PDB-5iv7: Cryo-electron microscopy structure of the star-shaped, hubless po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iv7
タイトルCryo-electron microscopy structure of the star-shaped, hubless post-attachment T4 baseplate
要素(Baseplate wedge protein ...) x 8
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / T4 / baseplate (三脚) / post-attachment / bacteriophage (ファージ) / bacterial virus (ファージ) / star-shaped / hubless / membrane-piercing / cell attachment / infection (感染)
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / viral tail assembly / viral release from host cell / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 / Baseplate wedge protein gp7, domain V / Baseplate wedge protein gp7, helical domain / Baseplate wedge protein gp7, domain VI / Baseplate structural protein Gp11 ...Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 / Baseplate wedge protein gp7, domain V / Baseplate wedge protein gp7, helical domain / Baseplate wedge protein gp7, domain VI / Baseplate structural protein Gp11 / Bacteriophage T4, Gp11, C-terminal finger domain / Baseplate structural protein Gp11, N-terminal domain superfamily / Baseplate structural protein Gp11 superfamily / Baseplate structural protein Gp11, C-terminal domain / GP11 baseplate wedge protein / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp6 / : / : / : / : / Baseplate wedge protein gp6-like, helical domain / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain I / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain II / Baseplate wedge protein gp6, domain II / Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate wedge protein gp25 / Baseplate protein gp9 / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp11 / Baseplate wedge protein gp53 / Baseplate wedge protein gp6 / Baseplate wedge protein gp7 / Baseplate wedge protein gp8
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.77 Å
データ登録者Taylor, N.M.I. / Guerrero-Ferreira, R.C. / Goldie, K.N. / Stahlberg, H. / Leiman, P.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of the T4 baseplate and its function in triggering sheath contraction.
著者: Nicholas M I Taylor / Nikolai S Prokhorov / Ricardo C Guerrero-Ferreira / Mikhail M Shneider / Christopher Browning / Kenneth N Goldie / Henning Stahlberg / Petr G Leiman /
要旨: Several systems, including contractile tail bacteriophages, the type VI secretion system and R-type pyocins, use a multiprotein tubular apparatus to attach to and penetrate host cell membranes. This ...Several systems, including contractile tail bacteriophages, the type VI secretion system and R-type pyocins, use a multiprotein tubular apparatus to attach to and penetrate host cell membranes. This macromolecular machine resembles a stretched, coiled spring (or sheath) wound around a rigid tube with a spike-shaped protein at its tip. A baseplate structure, which is arguably the most complex part of this assembly, relays the contraction signal to the sheath. Here we present the atomic structure of the approximately 6-megadalton bacteriophage T4 baseplate in its pre- and post-host attachment states and explain the events that lead to sheath contraction in atomic detail. We establish the identity and function of a minimal set of components that is conserved in all contractile injection systems and show that the triggering mechanism is universally conserved.
履歴
登録2016年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / em_software
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_software.details / _em_software.name
改定 1.42018年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / Item: _em_imaging_optics.energyfilter_lower

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3396
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baseplate wedge protein gp6
B: Baseplate wedge protein gp6
C: Baseplate wedge protein gp7
D: Baseplate wedge protein gp8
E: Baseplate wedge protein gp8
F: Baseplate wedge protein gp9
G: Baseplate wedge protein gp9
H: Baseplate wedge protein gp9
I: Baseplate wedge protein gp10
J: Baseplate wedge protein gp10
K: Baseplate wedge protein gp10
L: Baseplate wedge protein gp11
M: Baseplate wedge protein gp11
N: Baseplate wedge protein gp11
O: Baseplate wedge protein gp25
P: Baseplate wedge protein gp53
Q: Baseplate wedge protein gp6
R: Baseplate wedge protein gp6
S: Baseplate wedge protein gp7
T: Baseplate wedge protein gp8
U: Baseplate wedge protein gp8
V: Baseplate wedge protein gp9
W: Baseplate wedge protein gp9
X: Baseplate wedge protein gp9
Y: Baseplate wedge protein gp10
Z: Baseplate wedge protein gp10
a: Baseplate wedge protein gp10
b: Baseplate wedge protein gp11
c: Baseplate wedge protein gp11
d: Baseplate wedge protein gp11
e: Baseplate wedge protein gp25
f: Baseplate wedge protein gp53
g: Baseplate wedge protein gp6
h: Baseplate wedge protein gp6
i: Baseplate wedge protein gp7
j: Baseplate wedge protein gp8
k: Baseplate wedge protein gp8
l: Baseplate wedge protein gp9
m: Baseplate wedge protein gp9
n: Baseplate wedge protein gp9
o: Baseplate wedge protein gp10
p: Baseplate wedge protein gp10
q: Baseplate wedge protein gp10
r: Baseplate wedge protein gp11
s: Baseplate wedge protein gp11
t: Baseplate wedge protein gp11
u: Baseplate wedge protein gp25
v: Baseplate wedge protein gp53
w: Baseplate wedge protein gp6
x: Baseplate wedge protein gp6
y: Baseplate wedge protein gp7
z: Baseplate wedge protein gp8
AA: Baseplate wedge protein gp8
AB: Baseplate wedge protein gp9
AC: Baseplate wedge protein gp9
AD: Baseplate wedge protein gp9
AE: Baseplate wedge protein gp10
AF: Baseplate wedge protein gp10
AG: Baseplate wedge protein gp10
BA: Baseplate wedge protein gp11
BB: Baseplate wedge protein gp11
BC: Baseplate wedge protein gp11
BD: Baseplate wedge protein gp25
BE: Baseplate wedge protein gp53
BF: Baseplate wedge protein gp6
BG: Baseplate wedge protein gp6
CA: Baseplate wedge protein gp7
CB: Baseplate wedge protein gp8
CC: Baseplate wedge protein gp8
CD: Baseplate wedge protein gp9
CE: Baseplate wedge protein gp9
CF: Baseplate wedge protein gp9
CG: Baseplate wedge protein gp10
DA: Baseplate wedge protein gp10
DB: Baseplate wedge protein gp10
DC: Baseplate wedge protein gp11
DD: Baseplate wedge protein gp11
DE: Baseplate wedge protein gp11
DF: Baseplate wedge protein gp25
DG: Baseplate wedge protein gp53
EA: Baseplate wedge protein gp6
EB: Baseplate wedge protein gp6
EC: Baseplate wedge protein gp7
ED: Baseplate wedge protein gp8
EE: Baseplate wedge protein gp8
EF: Baseplate wedge protein gp9
EG: Baseplate wedge protein gp9
FA: Baseplate wedge protein gp9
FB: Baseplate wedge protein gp10
FC: Baseplate wedge protein gp10
FD: Baseplate wedge protein gp10
FE: Baseplate wedge protein gp11
FF: Baseplate wedge protein gp11
FG: Baseplate wedge protein gp11
GA: Baseplate wedge protein gp25
GB: Baseplate wedge protein gp53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,473,61796
ポリマ－4,473,61796
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area828600 Å2
ΔGint-4444 kcal/mol
Surface area1538310 Å2
手法PISA

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要素

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Baseplate wedge protein ... , 8種, 96分子 ABQRghwxBFBGEAEBCSiyCAECDETUjkzAACBCCEDEE...

#1: タンパク質
Baseplate wedge protein gp6 / Gene product 6 / gp6


分子量: 74492.641 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: P19060
#2: タンパク質
Baseplate wedge protein gp7 / Gene product 7 / gp7


分子量: 119336.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P19061
#3: タンパク質
Baseplate wedge protein gp8 / Gene product 8 / gp8


分子量: 38041.668 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P19062
#4: タンパク質
Baseplate wedge protein gp9 / Gene product 9 / gp9


分子量: 31024.725 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P10927
#5: タンパク質
Baseplate wedge protein gp10 / Gene product 10 / gp10


分子量: 66281.680 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P10928
#6: タンパク質
Baseplate wedge protein gp11 / Gene product 11 / gp11


分子量: 23725.523 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P10929
#7: タンパク質
Baseplate wedge protein gp25 / Outer wedge of baseplate protein / Protein Gp25


分子量: 15111.101 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P09425
#8: タンパク質
Baseplate wedge protein gp53 / Gene product 53 / gp53


分子量: 22990.885 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P16011

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Star-shaped, hubless post-attachment T4 baseplate-tail tube complex
タイプ: COMPLEX
詳細: The short tail fibers (gp12 trimers) appear more flexible, and no special effort was made to reconstruct them. They were partly masked out by the circular mask.The total mass of the ...詳細: The short tail fibers (gp12 trimers) appear more flexible, and no special effort was made to reconstruct them. They were partly masked out by the circular mask.The total mass of the reconstructed volume was approximately 4.5 MDa (excluding short tail fibers). The short-tail fibers were not included in the PDB file.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 5.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 株: am18/am23 mutant
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTRIS-hydrochloride pH 8TRIS-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2100 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
38 mMmagnesium sulfateMgSO41
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: In addition to hexagonal pre-attachment baseplate-tail tube complexes, the sample also contained some star-shaped, hubless post-attachment baseplates. The current model is that star-shaped, ...詳細: In addition to hexagonal pre-attachment baseplate-tail tube complexes, the sample also contained some star-shaped, hubless post-attachment baseplates. The current model is that star-shaped, hubless post-attachment baseplate.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細: Applied 3.5 ul of sample and blotting 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 37700 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: HELIUM
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 3-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN2粒子像選択e2boxer.py
4CTFFIND4CTF補正
5RELION1.4CTF補正
8Coot0.8.2モデルフィッティング
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4３次元再構成
14PHENIX1.10.1-2155モデル精密化phenix.real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 47516
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 6.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5176 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5IV5

5iv5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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