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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gup | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of mammalian respiratory supercomplex I1III2IV1 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / Mammalian (哺乳類) / Respiratory (呼吸器) / Supercomplex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TP53 Regulates Metabolic Genes / subthalamus development / pons development / respiratory chain complex III / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / ubiquinone-6 biosynthetic process / Mitochondrial protein import / thalamus development / Complex I biogenesis ...TP53 Regulates Metabolic Genes / subthalamus development / pons development / respiratory chain complex III / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / ubiquinone-6 biosynthetic process / Mitochondrial protein import / thalamus development / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / gliogenesis / mitochondrial respiratory chain complex III / anterograde axonal transport / neural precursor cell proliferation / mitochondrial respiratory chain complex IV / NADH dehydrogenase activity / oxygen sensor activity / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / ubiquinone binding / acyl binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / acyl carrier activity / hypothalamus development / midbrain development / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / 電子伝達系 / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / 細胞呼吸 / axon cytoplasm / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / hippocampus development / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / response to oxidative stress / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / ミトコンドリアマトリックス / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / 小胞体 / ミトコンドリア / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gu, J. / Wu, M. / Guo, R. / Yang, M. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Structure of Mammalian Respiratory Supercomplex IIIIIV. 著者: Meng Wu / Jinke Gu / Runyu Guo / Yushen Huang / Maojun Yang / 要旨: The mammalian respiratory chain complexes assemble into supercomplexes (SCs) and reside in the inner mitochondrial membrane to transfer electrons and establish the proton gradient for complex V to ...The mammalian respiratory chain complexes assemble into supercomplexes (SCs) and reside in the inner mitochondrial membrane to transfer electrons and establish the proton gradient for complex V to synthesize ATP. The precise arrangement of SCs is largely unknown. Here, we report a 4.0-Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the major SC in porcine heart, the 1.7-MDa SCIIIIIV. The complex III (CIII) dimer and complex IV (CIV) bind at the same side of the L-shaped complex I (CI). Several accessory or supernumerary subunits of CI, such as NDUFA11, NDUFB4, NDUFB8, and NDUFB9, directly contribute to the oligomerization of CI, CIII, and CIV. COX7C and COX7A of CIV attach CIV to the concave surface formed by CIII and the distal end of membrane arm of CI. The structure suggests a possible mechanism by which electrons are transferred from NADH to cytochrome c and provides a platform for future functional dissection of respiration. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gup.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gup.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5gup.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/5gup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/5gup | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 13分子 AAgAhAiAjAkAlAmAnAoApAqAr
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 BE
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 CDFHIJh
+タンパク質 , 4種, 7分子 GOXw7x8
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 12種, 13分子 KRLMNPQSTUVWs
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 YZabcdenopt
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 fg
+NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 ijklmqr
+Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 9種, 18分子 u5v6y9zAa0Ab1Ac243AdAeAf
+非ポリマー , 14種, 52分子
+詳細
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Respiratory supercomplex I1III2IV1 / タイプ: COMPLEX / 詳細: Supercomplex generated by complex I, III and IV. / Entity ID: #1-#67 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.7 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 1.25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161912 / 対称性のタイプ: POINT |