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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gaq | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Lysenin Pore | |||||||||
要素 | Lysenin | |||||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / Pore forming protein (膜孔形成毒素) / aerolysin (エロリジン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 other organism cell membrane / monoatomic ion transport / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Eisenia fetida (シマミミズ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Savva, C.G. / Bokori-Brown, M. / Martin, T.G. / Titball, R.W. / Naylor, C.E. / Basak, A.K. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Cryo-EM structure of lysenin pore elucidates membrane insertion by an aerolysin family protein. 著者: Monika Bokori-Brown / Thomas G Martin / Claire E Naylor / Ajit K Basak / Richard W Titball / Christos G Savva / 要旨: Lysenin from the coelomic fluid of the earthworm Eisenia fetida belongs to the aerolysin family of small β-pore-forming toxins (β-PFTs), some members of which are pathogenic to humans and animals. ...Lysenin from the coelomic fluid of the earthworm Eisenia fetida belongs to the aerolysin family of small β-pore-forming toxins (β-PFTs), some members of which are pathogenic to humans and animals. Despite efforts, a high-resolution structure of a channel for this family of proteins has been elusive and therefore the mechanism of activation and membrane insertion remains unclear. Here we determine the pore structure of lysenin by single particle cryo-EM, to 3.1 Å resolution. The nonameric assembly reveals a long β-barrel channel spanning the length of the complex that, unexpectedly, includes the two pre-insertion strands flanking the hypothetical membrane-insertion loop. Examination of other members of the aerolysin family reveals high structural preservation in this region, indicating that the membrane-insertion pathway in this family is conserved. For some toxins, proteolytic activation and pro-peptide removal will facilitate unfolding of the pre-insertion strands, allowing them to form the β-barrel of the channel. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 5gaq.cif.gz | 499.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gaq.ent.gz | 425.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gaq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/5gaq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/5gaq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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