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万見
- PDB-5a6u: Native mammalian ribosome-bound Sec61 protein-conducting channel ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a6u
タイトルNative mammalian ribosome-bound Sec61 protein-conducting channel in the 'non-inserting' state
要素
  • SEC61A
  • SEC61B
  • SEC61G
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / RIBOSOME (リボソーム) / SEC61 (Sec61) / TRANSLOCON (トランスロコン) / ENDOPLASMIC RETICULUM (小胞体) / CRYOELECTRON TOMOGRAPHY / SUBTOMOGRAM ANALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane ...Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / protein transmembrane transporter activity / phospholipid binding / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. ...Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Protein transport protein Sec61 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ)
手法電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者Pfeffer, S. / Burbaum, L. / Unverdorben, P. / Pech, M. / Chen, Y. / Zimmermann, R. / Beckmann, R. / Foerster, F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure of the native Sec61 protein-conducting channel.
著者: Stefan Pfeffer / Laura Burbaum / Pia Unverdorben / Markus Pech / Yuxiang Chen / Richard Zimmermann / Roland Beckmann / Friedrich Förster /
要旨: In mammalian cells, secretory and membrane proteins are translocated across or inserted into the endoplasmic reticulum (ER) membrane by the universally conserved protein-conducting channel Sec61, ...In mammalian cells, secretory and membrane proteins are translocated across or inserted into the endoplasmic reticulum (ER) membrane by the universally conserved protein-conducting channel Sec61, which has been structurally studied in isolated, detergent-solubilized states. Here we structurally and functionally characterize native, non-solubilized ribosome-Sec61 complexes on rough ER vesicles using cryo-electron tomography and ribosome profiling. Surprisingly, the 9-Å resolution subtomogram average reveals Sec61 in a laterally open conformation, even though the channel is not in the process of inserting membrane proteins into the lipid bilayer. In contrast to recent mechanistic models for polypeptide translocation and insertion, our results indicate that the laterally open conformation of Sec61 is the only conformation present in the ribosome-bound translocon complex, independent of its functional state. Consistent with earlier functional studies, our structure suggests that the ribosome alone, even without a nascent chain, is sufficient for lateral opening of Sec61 in a lipid environment.
履歴
登録2015年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 2.02017年8月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / em_software / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id ..._em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id
改定 2.12019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3068
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3068
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3068
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEC61A
B: SEC61B
G: SEC61G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3343
ポリマ－60,3343
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 SEC61A


分子量: 49321.688 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 26-476 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P38377
#2: タンパク質・ペプチド SEC61B


分子量: 3992.791 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 61-96 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P60467
#3: タンパク質 SEC61G


分子量: 7019.456 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 7-68 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P60058

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 電子線トモグラフィー法

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試料調製

構成要素名称: ER-DERIVED MICROSOMES / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
緩衝液名称: 20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2 / pH: 7.6 / 詳細: 20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 70, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT 3 SECONDS BEFORE PLUNGING.,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年6月18日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3000 nm
試料ホルダ傾斜角・最大: 20 ° / 傾斜角・最小: -20 °
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 2000

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MDFFモデルフィッティング
2AV3３次元再構成
3PyTom３次元再構成
4TOM Toolbox３次元再構成
CTF補正詳細: EACH TILT IMAGE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 9 Å / 粒子像の数: 17653 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.62 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.62 Å / 倍率補正: CROSS- -CORRELATION WITH RIBOSOME DENSITIES
詳細: WEIGHTED BACKPROJECTION AND CONSTRAINED SUBTOMOGRAM AVERAGING SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3068. (DEPOSITION ID: 13544).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: PSEUDO-ENERGY / 詳細: METHOD--FLEXIBLE REFINEMENT PROTOCOL--CRYO-EM
原子モデル構築PDB-ID: 3J7Q

3j7q

精密化最高解像度: 9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3778 0 0 0 3778

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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