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万見
- PDB-5a0q: Cryo-EM reveals the conformation of a substrate analogue in the h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a0q
タイトルCryo-EM reveals the conformation of a substrate analogue in the human 20S proteasome core
要素
  • (PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE- ...プロテアソーム) x 7
  • (PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE- ...プロテアソーム) x 7
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PROTEASOME (プロテアソーム) / 20S / ADAAHX3L3VS / LIGAND (リガンド) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / DRUG DESIGN (医薬品設計)
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleoside triphosphate binding / regulation of endopeptidase activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / immune system process / myofibril / NF-kappaB binding / proteasome endopeptidase complex ...purine ribonucleoside triphosphate binding / regulation of endopeptidase activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / immune system process / myofibril / NF-kappaB binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to organonitrogen compound / proteasome complex / proteolysis involved in protein catabolic process / sarcomere / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / ciliary basal body / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Degradation of DVL / proteasomal protein catabolic process / P-body / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Hh mutants are degraded by ERAD / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Degradation of AXIN / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Degradation of GLI1 by the proteasome / lipopolysaccharide binding / Activation of NF-kappaB in B cells / Hedgehog ligand biogenesis / Negative regulation of NOTCH4 signaling / G2/M Checkpoints / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / Regulation of RUNX3 expression and activity / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / response to virus / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / ABC-family proteins mediated transport / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / response to organic cyclic compound / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / nuclear matrix / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / Separation of Sister Chromatids / Regulation of RUNX2 expression and activity / UCH proteinases / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / Neddylation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / peptidase activity / ER-Phagosome pathway / regulation of inflammatory response / postsynapse / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / endopeptidase activity / response to oxidative stress / ficolin-1-rich granule lumen / nuclear body / リボソーム / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / 中心体 / シナプス / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / ミトコンドリア / タンパク質分解
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 ...Proteasome subunit alpha 1 / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADA-(AHX)3-(LEU)3-VINYL SULFONE / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 ...ADA-(AHX)3-(LEU)3-VINYL SULFONE / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit beta type-7
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者daFonseca, P.C.A. / Morris, E.P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Cryo-EM reveals the conformation of a substrate analogue in the human 20S proteasome core.
著者: Paula C A da Fonseca / Edward P Morris /
要旨: The proteasome is a highly regulated protease complex fundamental for cell homeostasis and controlled cell cycle progression. It functions by removing a wide range of specifically tagged proteins, ...The proteasome is a highly regulated protease complex fundamental for cell homeostasis and controlled cell cycle progression. It functions by removing a wide range of specifically tagged proteins, including key cellular regulators. Here we present the structure of the human 20S proteasome core bound to a substrate analogue inhibitor molecule, determined by electron cryo-microscopy (cryo-EM) and single-particle analysis at a resolution of around 3.5 Å. Our map allows the building of protein coordinates as well as defining the location and conformation of the inhibitor at the different active sites. These results open new prospects to tackle the proteasome functional mechanisms. Moreover, they also further demonstrate that cryo-EM is emerging as a realistic approach for general structural studies of protein-ligand interactions.
履歴
登録2015年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2981
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-6
B: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-2
C: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-4
D: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-7
E: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-5
F: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-1
G: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-3
H: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-6
I: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-7
J: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-3
K: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-2
L: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-5
M: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-1
N: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-4
O: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-6
P: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-2
Q: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-4
R: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-7
S: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-5
T: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-1
U: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-3
V: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-6
W: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-7
X: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-3
Y: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-2
Z: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-5
a: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-1
b: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)723,18534
ポリマ－717,48928
非ポリマー5,6966
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE- ... , 7種, 14分子 AOBPCQDRESFTGU

#1: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-6 / プロテアソーム / 27 KDA PROSOMAL PROTEIN / P27K / MACROPAIN IOTA CHAIN / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX IOTA ...27 KDA PROSOMAL PROTEIN / P27K / MACROPAIN IOTA CHAIN / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX IOTA CHAIN / PROTEASOME IOTA CHAIN


分子量: 27432.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P60900, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-2 / プロテアソーム / MACROPAIN SUBUNIT C3 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C3 / PROTEASOME COMPONENT C3


分子量: 25927.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P25787, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-4 / プロテアソーム / MACROPAIN SUBUNIT C9 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C9 / PROTEASOME COMPONENT C9 / ...MACROPAIN SUBUNIT C9 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C9 / PROTEASOME COMPONENT C9 / PROTEASOME SUBUNIT L


分子量: 29525.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P25789, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-7 / プロテアソーム / PROTEASOME SUBUNIT RC6-1 / PROTEASOME SUBUNIT XAPC7


分子量: 27929.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: O14818, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-5 / プロテアソーム / MACROPAIN ZETA CHAIN / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ZETA CHAIN / PROTEASOME ZETA CHAIN


分子量: 26435.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P28066, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-1 / プロテアソーム / 30 KDA PROSOMAL PROTEIN / PROS-30 / MACROPAIN SUBUNIT C2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...30 KDA PROSOMAL PROTEIN / PROS-30 / MACROPAIN SUBUNIT C2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C2 / PROTEASOME COMPONENT C2 / PROTEASOME NU CHAIN


分子量: 29595.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P25786, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-3 / プロテアソーム / MACROPAIN SUBUNIT C8 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C8 / PROTEASOME COMPONENT C8


分子量: 28469.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P25788, proteasome endopeptidase complex

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PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb

#8: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-6 / プロテアソーム / MACROPAIN DELTA CHAIN / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX DELTA CHAIN / PROTEASOME DELTA CHAIN / ...MACROPAIN DELTA CHAIN / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX DELTA CHAIN / PROTEASOME DELTA CHAIN / PROTEASOME SUBUNIT Y


分子量: 21921.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: SUBUNIT PARTIALLY BOUND TO THE INHIBITOR ADAMANTANE-ACETYL-(6-AMINOHEXANOYL)3-(LEUCINYL)3-VINYL-(METHYL)-SULFONE (ADAAHX3L3VS)
由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P28072, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-7 / プロテアソーム / MACROPAIN CHAIN Z / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX CHAIN Z / PROTEASOME SUBUNIT Z


分子量: 25321.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: SUBUNIT PARTIALLY BOUND TO THE INHIBITOR ADAMANTANE-ACETYL-(6-AMINOHEXANOYL)3-(LEUCINYL)3-VINYL-(METHYL)-SULFONE (ADAAHX3L3VS)
由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: Q99436, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-3 / PSMB3 / PROTEASOME CHAIN 13 / PROTEASOME COMPONENT C10-II / PROTEASOME THETA CHAIN


分子量: 22841.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P49720, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-2 / PSMB2 / MACROPAIN SUBUNIT C7-I / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C7-I / PROTEASOME COMPONENT C7-I


分子量: 22864.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P49721, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-5 / PSMB5 / MACROPAIN EPSILON CHAIN / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX EPSILON CHAIN / PROTEASOME CHAIN 6 / ...MACROPAIN EPSILON CHAIN / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX EPSILON CHAIN / PROTEASOME CHAIN 6 / PROTEASOME EPSILON CHAIN / PROTEASOME SUBUNIT MB1 / PROTEASOME SUBUNIT X


分子量: 22484.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: SUBUNIT BOUND TO THE INHIBITOR ADAMANTANE-ACETYL-(6-AMINOHEXANOYL)3-(LEUCINYL)3-VINYL-(METHYL)-SULFONE (ADAAHX3L3VS)
由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P28074, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-1 / PSMB1 / MACROPAIN SUBUNIT C5 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C5 / PROTEASOME COMPONENT C5 / ...MACROPAIN SUBUNIT C5 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C5 / PROTEASOME COMPONENT C5 / PROTEASOME GAMMA CHAIN


分子量: 23578.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P20618, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-4 / PSMB4 / 26 KDA PROSOMAL PROTEIN / PROS-26 / MACROPAIN BETA CHAIN / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...26 KDA PROSOMAL PROTEIN / PROS-26 / MACROPAIN BETA CHAIN / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX BETA CHAIN / PROTEASOME BETA CHAIN / PROTEASOME CHAIN 3 / HSN3


分子量: 24414.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P28070, proteasome endopeptidase complex

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非ポリマー , 1種, 6分子

#15: 化合物
ChemComp-KNM / ADA-(AHX)3-(LEU)3-VINYL SULFONE


分子量: 949.377 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H92N6O8S

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HUMAN 20S PROTEASOME CORE / タイプ: COMPLEX
詳細: THE POWER SPECTRA OF THE IMAGES SELECTED FOR ANALYSIS HAD ISOTROPIC THON RINGS DIRECTLY OBSERVED TO 4 ANGSTROMS OR BETTER
緩衝液名称: 50 MM TRIS-HCL, 5 MM MGCL2 AND 1MM DITHIOTREITOL / pH: 7.5 / 詳細: 50 MM TRIS-HCL, 5 MM MGCL2 AND 1MM DITHIOTREITOL
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT 2. 5 SECONDS BEFORE PLUNGING,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年2月4日
詳細: EACH EXPOSURE WAS RECORDED AS 17 INDIVIDUAL FRAMES CAPTURED AT A RATE OF 0.056 SECONDS PER FRAME, WITH AN ELECTRON DOSE OF 2.8 ELECTRONS PER SQUARE ANGSTROM. DATA-SET RECORDED USING EPU SOFTWARE.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 134461 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ温度: 85 K
撮影電子線照射量: 4.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 960

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Cootモデルフィッティング
2PHENIXモデルフィッティング
3IMAGIC３次元再構成
4SPIDER３次元再構成
5TIGRIS３次元再構成
CTF補正詳細: FULL RECORDED IMAGE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 3.5 Å / 粒子像の数: 76500 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.04 Å
詳細: DISORDERED REGIONS, NOT RECOVERED IN THE EM MAP, WHERE NOT MODELED. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2981. (DEPOSITION ID: 13310).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--FLEXIBLE
原子モデル構築PDB-ID: 3UNE

3une

精密化最高解像度: 3.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数43264 0 184 0 43448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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