+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wt4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The C-terminal domain of Rubisco Accumulation Factor 1 from Arabidopsis thaliana, crystal form I | ||||||
要素 | Rubisco Accumulation Factor 1, isoform 2 | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.81 Å | ||||||
データ登録者 | Hauser, T. / Bhat, J.Y. / Milicic, G. / Wendler, P. / Hartl, F.U. / Bracher, A. / Hayer-Hartl, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015 タイトル: Structure and mechanism of the Rubisco-assembly chaperone Raf1. 著者: Thomas Hauser / Javaid Y Bhat / Goran Miličić / Petra Wendler / F Ulrich Hartl / Andreas Bracher / Manajit Hayer-Hartl / 要旨: Biogenesis of the photosynthetic enzyme Rubisco, a complex of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, requires assembly chaperones. Here we analyzed the role of Rubisco accumulation ...Biogenesis of the photosynthetic enzyme Rubisco, a complex of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, requires assembly chaperones. Here we analyzed the role of Rubisco accumulation factor1 (Raf1), a dimer of ∼40-kDa subunits. We find that Raf1 from Synechococcus elongatus acts downstream of chaperonin-assisted RbcL folding by stabilizing RbcL antiparallel dimers for assembly into RbcL8 complexes with four Raf1 dimers bound. Raf1 displacement by RbcS results in holoenzyme formation. Crystal structures show that Raf1 from Arabidopsis thaliana consists of a β-sheet dimerization domain and a flexibly linked α-helical domain. Chemical cross-linking and EM reconstruction indicate that the β-domains bind along the equator of each RbcL2 unit, and the α-helical domains embrace the top and bottom edges of RbcL2. Raf1 fulfills a role similar to that of the assembly chaperone RbcX, thus suggesting that functionally redundant factors ensure efficient Rubisco biogenesis. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wt4.cif.gz | 123.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4wt4.ent.gz | 95.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wt4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/4wt4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/4wt4 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCSアンサンブル:
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | biological unit is a dimer, a.u. contains two dimers |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18839.576 Da / 分子数: 4 / 断片: Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: RAF2, At3g04550, F7O18.2 / プラスミド: pHUE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SR19 #2: 化合物 | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.79 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 10% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.00004 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 10.7 % / 数: 94696 / Rsym value: 0.098 / D res high: 3.359 Å / D res low: 43.301 Å / Num. obs: 8850 / % possible obs: 96.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→45.509 Å / Num. all: 14418 / Num. obs: 14418 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.052 / Rsym value: 0.044 / Net I/av σ(I): 15.571 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 52140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 単一同系置換・異常分散 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing dm | FOM : 0.55 / FOM acentric: 0.55 / FOM centric: 0.56 / 反射: 12877 / Reflection acentric: 11312 / Reflection centric: 1565 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.81→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.2602 / WRfactor Rwork: 0.2162 / FOM work R set: 0.7406 / SU B: 24.625 / SU ML: 0.46 / SU Rfree: 0.473 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.473 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 205.89 Å2 / Biso mean: 91.91 Å2 / Biso min: 47.25 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.81→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.806→2.878 Å / Total num. of bins used: 20
|