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- PDB-4wce: The crystal structure of the large ribosomal subunit of Staphyloc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wce
タイトルThe crystal structure of the large ribosomal subunit of Staphylococcus aureus
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 26
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム ...large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, C-terminal domain / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Helix Hairpins - #310 / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal Protein L25; Chain P ...Ribosomal protein L25, C-terminal domain / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Helix Hairpins - #310 / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal Protein L25; Chain P / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / RRM (RNA recognition motif) domain / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Beta Complex / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L28/L24 / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4
類似検索 - ドメイン・相同性
エタノール / : / スペルミジン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 ...エタノール / : / スペルミジン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL3
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.526 Å
データ登録者Eyal, Z. / Matzov, D. / Krupkin, M. / Wekselman, I. / Zimmerman, E. / Rozenberg, H. / Bashan, A. / Yonath, A.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Structural insights into species-specific features of the ribosome from the pathogen Staphylococcus aureus.
著者: Zohar Eyal / Donna Matzov / Miri Krupkin / Itai Wekselman / Susanne Paukner / Ella Zimmerman / Haim Rozenberg / Anat Bashan / Ada Yonath /
要旨: The emergence of bacterial multidrug resistance to antibiotics threatens to cause regression to the preantibiotic era. Here we present the crystal structure of the large ribosomal subunit from ...The emergence of bacterial multidrug resistance to antibiotics threatens to cause regression to the preantibiotic era. Here we present the crystal structure of the large ribosomal subunit from Staphylococcus aureus, a versatile Gram-positive aggressive pathogen, and its complexes with the known antibiotics linezolid and telithromycin, as well as with a new, highly potent pleuromutilin derivative, BC-3205. These crystal structures shed light on specific structural motifs of the S. aureus ribosome and the binding modes of the aforementioned antibiotics. Moreover, by analyzing the ribosome structure and comparing it with those of nonpathogenic bacterial models, we identified some unique internal and peripheral structural motifs that may be potential candidates for improving known antibiotics and for use in the design of selective antibiotic drugs against S. aureus.
履歴
登録2014年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Structure summary
改定 1.22015年11月4日Group: Database references
改定 1.32020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 23S rRNA
Y: 5S rRNA
A: 50S ribosomal protein L2
B: 50S ribosomal protein L3
C: 50S ribosomal protein L4
D: 50S ribosomal protein L5
E: 50S ribosomal protein L6
G: 50S ribosomal protein L13
H: 50S ribosomal protein L14
I: 50S ribosomal protein L15
J: 50S ribosomal protein L16
K: 50S ribosomal protein L17
L: 50S ribosomal protein L18
M: 50S ribosomal protein L19
N: 50S ribosomal protein L20
O: 50S ribosomal protein L21
P: 50S ribosomal protein L22
Q: 50S ribosomal protein L23
R: 50S ribosomal protein L24
S: 50S ribosomal protein L25
T: 50S ribosomal protein L27
U: 50S ribosomal protein L28
V: 50S ribosomal protein L29
W: 50S ribosomal protein L30
Z: 50S ribosomal protein L32
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,359,224374
ポリマ－1,341,76128
非ポリマー17,462346
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area137100 Å2
ΔGint-1353 kcal/mol
Surface area461540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)279.756, 279.756, 872.725
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細biological unit is the same as asym.

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#1: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 946687.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: GenBank: 87201381
#2: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 36692.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: GenBank: 87201381

+
50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 ABCDEGHIJKLMNOPQRSTUVWZ234

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 30217.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: P60430
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 23760.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2YYP6, UniProt: Q2FW06*PLUS
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22495.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW07
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20296.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW18
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19818.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW21
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW38
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW16
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15628.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: P0A0F8
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 16274.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW13
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 13771.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW33
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 13124.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW22
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13392.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FZ42
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13720.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FXQ1
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11354.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FXS8
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12857.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW11
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 10625.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW08
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11561.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW17
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / General stress protein CTC


分子量: 23810.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FJE0, UniProt: Q2G0S0*PLUS
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 10334.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FXT0
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 6995.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FZ60
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 8105.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW14
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6565.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: P0A0G2
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6657.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FZF1
#26: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5454.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FUQ0
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7722.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FXQ0
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW29

-
非ポリマー , 6種, 346分子

#29: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#30: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#31: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#32: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#33: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#34: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル / エタノール


分子量: 46.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.56 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Hepes, KCl, MgCl2, NH4Cl. MPD, EtOH, Spermidine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873, 1.000
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8731
211
反射解像度: 3.51→50 Å / Num. obs: 236855 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 108.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.253 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.256 / Χ2: 1.121 / Net I/av σ(I): 7.4 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 2830709
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
3.51-3.5760.978102120.6330.3431.07884.3
3.57-3.648.60.997109960.6750.2891.11691
3.64-3.7110.30.792115390.7550.2081.10394.70.825
3.71-3.7810.70.756115400.8430.1951.10495.70.787
3.78-3.8610.80.695117100.8250.1791.15696.20.723
3.86-3.9511.40.643118610.8460.1651.16297.70.669
3.95-4.0512.40.584119510.8610.1441.14198.50.606
4.05-4.16130.527120020.8890.1281.17498.50.546
4.16-4.2813.20.478119750.9040.1151.2398.30.495
4.28-4.4213.40.419119760.9150.1011.26298.20.434
4.42-4.5813.30.367119970.9310.0891.11898.20.38
4.58-4.76130.328119770.9370.0811.11498.10.34
4.76-4.9812.70.281119930.9570.0711.10497.80.292
4.98-5.2413.50.255120610.9590.0621.089980.265
5.24-5.5713.50.223120510.9650.0551.08197.90.232
5.57-613.30.206120620.9720.0511.06997.90.214
6-6.612.70.193121170.9760.0491.07997.50.201
6.6-7.5513.50.174121230.9790.0431.08797.20.18
7.55-9.5112.70.159122450.9810.041.046970.166
9.51-509.70.14124670.9790.0431.08194.10.148

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZJR

2zjr


解像度: 3.526→49.736 Å / FOM work R set: 0.8314 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 11858 5.01 %Random selection
Rwork0.2018 224744 --
obs0.204 236602 95.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 241.5 Å2 / Biso mean: 58.97 Å2 / Biso min: 0.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.526→49.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20908 60507 494 0 81909
Biso mean--48.54 --
残基数----5819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00689062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.161134449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05717518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.58241278
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5262-3.56620.36443050.30315603590873
3.5662-3.60820.35023560.29416862721889
3.6082-3.65220.32613540.2787037739191
3.6522-3.69840.2923850.25787232761794
3.6984-3.7470.29444030.24947341774496
3.747-3.79830.29133880.25247384777296
3.7983-3.85260.27553870.24557382776996
3.8526-3.91010.2854060.24497423782996
3.9101-3.97110.29183930.23747583797698
3.9711-4.03620.29264030.22777595799898
4.0362-4.10580.26414450.22797564800998
4.1058-4.18040.28563540.21967689804399
4.1804-4.26080.26263940.21167580797498
4.2608-4.34770.25374280.19997550797898
4.3477-4.44220.23143850.19757669805498
4.4422-4.54540.2384020.19537591799398
4.5454-4.6590.23183760.19037661803798
4.659-4.78490.24624310.1947559799098
4.7849-4.92560.23634260.18527612803898
4.9256-5.08440.23133630.17827679804298
5.0844-5.2660.22354060.17957634804098
5.266-5.47650.2394400.17777613805398
5.4765-5.72540.21953960.16837667806398
5.7254-6.02680.22114150.16897642805798
6.0268-6.40370.22744190.17027706812598
6.4037-6.89690.21873930.16667685807897
6.8969-7.58880.21583840.16477739812397
7.5888-8.68190.21193800.17167771815197
8.6819-10.91920.22644260.17967828825497
10.9192-49.74090.25074150.23517863827893
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3953-0.0918-0.0560.0497-0.10990.4589-0.23070.56650.452-0.324-0.08920.0272-0.433-0.2185-1.27410.2909-0.0050.0670.6960.80810.320922.3516-63.7844-60.0756
20.44120.033-0.08210.2847-0.01120.2129-0.0761-0.05090.34930.10250.0256-0.0571-0.2685-0.043-0.01090.30980.2262-0.07360.28830.20250.352720.2564-64.0996-8.0988
30.57870.0871-0.20140.3730.1050.3307-0.19430.17220.23730.06440.10020.07-0.303-0.2286-0.39140.03280.4954-0.01130.39740.29630.0959-3.8196-76.2367-16.9761
40.1184-0.0310.0140.09230.06190.2126-0.133-0.1510.35280.01260.0099-0.1371-0.23410.0466-0.05480.66590.2403-0.04960.39850.06090.843315.8998-36.28190.7575
50.63260.0329-0.11330.1010.14460.2626-0.3106-0.2760.47850.43960.0095-0.2654-0.4147-0.1189-0.95930.02460.22280.18550.20540.2144-0.026918.6434-82.1972.8212
60.1202-0.0184-0.0470.14380.05550.0848-0.0266-0.1630.19710.1180.0644-0.2957-0.11530.18620.05720.3851-0.0252-0.26380.59050.02340.7405103.0254-81.007115.3284
70.0129-0.0060.0030.01720.0012-0.00160.04750.02660.1414-0.0276-0.01070.0281-0.1064-0.0437-00.67930.2548-0.05670.4250.11950.8215-5.9439-17.4708-11.7178
80.03060.0239-0.01660.0213-0.01110.0073-0.0101-0.0332-0.02860.0540.00480.04780.0023-0.01880.02340.1570.06170.17230.24960.06480.1932-18.227-121.475414.029
90.00080.00550.0060.03030.02620.0342-0.02770.0486-0.0021-0.07680.0544-0.0118-0.01820.0150.07310.1668-0.03240.0950.26890.18590.139640.5641-84.7756-72.6122
100.00560.00530.0030.00420.00250.00160.03520.00640.05950.01450.00720.0433-0.0311-0.009101.002-0.015-0.11221.016-0.06831.115104.6843-48.64936.8691
110.003-0.0032-0.00110.0029-0.00480.0030.01550.0051-0.00930.0291-0.0050.00060.01340.0093-00.75820.08840.05310.76650.11570.808625.2888-134.993151.4239
120.0011-0.0045-0.00130.0027-0.00570.0086-0.0104-0.0271-0.0190.03060.0120.0064-0.0049-0.00880.00830.11750.08080.08740.10450.09660.162423.2091-136.00792.3133
130.0013-0.00170.00240.0039-0.00530.0089-0.00610.009-0.00150.0001-0.01550.00480.0061-0.0056-0.0120.22360.10570.08060.3067-0.02270.1072-19.5157-85.567641.2272
140.0185-0.0186-0.00360.0098-0.00150.0021-0.0480.05070.0275-0.0640.0004-0.1442-0.06560.0854-0.00810.2545-0.06140.07330.32010.19040.323364.3982-68.6292-53.5443
150.01060.00270.00360.00320.0010.0055-0.0021-0.04090.01210.027-0.0208-0.0058-0.0050.0126-00.29570.1086-0.15510.41970.03620.30658.3328-88.998231.6227
160.00920.0116-0.00030.0225-0.00870.0059-0.00150.0216-0.0205-0.0063-0.01170.01850.0055-0.03970.0030.090.08540.10680.2523-0.01060.2259-47.4596-101.6436-13.8956
170.0044-0.00490.00210.0028-0.00150.0003-0.0057-0.01040.00820.01740.0137-0.0213-0.0031-0.0038-00.4413-0.0162-0.08270.48050.00780.5602117.3698-65.1019-0.6064
180.0147-0.0038-0.01160.00830.00450.0078-0.0093-0.00130.0187-0.00660.01-0.0073-0.0104-0.0136-0.02080.24420.07740.19180.3846-0.03470.2778-42.1221-98.315732.7646
190.02730.0016-0.027-0.0001-0.00950.0158-0.00130.0158-0.00760.00470.0098-0.00010.0122-0.01020.05640.0270.0510.09280.07050.06560.096636.0451-126.4146-23.2906
200.110.0095-0.02050.0218-0.00990.0478-0.02550.0287-0.07920.00610.0021-0.01270.05640.02760.07810.0960.02690.10450.1250.01480.15844.6061-134.095-35.0233
210.0121-0.0040.00030.0016-0.00020.0007-0.00570.00040.0120.00040.0009-0.0065-0.0004-0.00570.0070.0432-0.01470.05520.1290.03630.0772-14.0227-110.5869-39.7229
220.0025-0.0037-0.00140.00370.00040.0064-00.00530.0076-0.0085-0.00260.0160.0009-0.0077-00.46760.1172-0.0840.51320.18090.5061-33.832-60.3298-61.9076
230.0103-0.00870.00990.0077-0.00650.00910.0112-0.02890.00170.01510.01760.0481-0.0008-0.032600.53970.00270.01240.64860.07360.4889-4.4347-95.6646-89.9408
240.02130.00280.00790.0147-0.00880.01010.0773-0.05880.07660.03550.05250.0283-0.0273-0.00100.4950.1054-0.11020.57930.03530.604283.4172-106.791535.3017
250.00180.00170.0010.00240.00370.00070.00290.00560.0168-0.0053-0.0149-0.01620.00780.020800.203-0.0082-0.0550.27190.05630.313784.6757-75.7353-7.7934
260.00210.0014-0.00160.0005-0.00110.0010.0091-0.0002-0.0128-0.0030.0018-0.003-0.0007-0.0049-00.75510.0266-0.02570.74720.06320.779325.8212-24.342-41.9366
270.00090.00030.00130.0005-0.00140.0013-0.005-0.0053-0.02660.0052-0.00160.02210.014-0.0047-00.61790.0512-0.060.66320.07170.5686-24.9341-58.918-83.7792
280.00210.0010.00170.0028-0.00030.00180.00050.0059-0.0106-0.00370.0067-0.00110.00110.0022-00.0843-0.0155-0.01270.16150.02180.209169.633-112.8364-15.0244
290.0145-0.00190.00640.0279-0.01180.0126-0.02780.0156-0.03820.0145-0.00320.05610.0299-0.05410.00460.13290.03390.11790.20160.01270.217-13.9564-113.2846-24.5831
300.0054-0.00390.00260.0023-0.00150.0009-0.0021-0.018-0.00060.0118-0.0060.0192-0.0029-0.009-00.23020.068-0.0290.26820.1370.2372-3.3404-54.1135-43.123
310.0009-0.00370.00060.01320.0001-0.00030.0066-0.00860.00740.0063-0.0045-0.0292-0.00140.0070.02720.0802-0.0344-0.02470.1080.10610.192164.1904-60.4431-32.7935
320.0004-0.0001-0.00040.0005-0.00040.00060.0027-0.00110.0041-0.00070.0053-0.0010.002-0.0024-00.49020.011-0.00470.51230.0410.454935.877-111.575743.1051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'X' and (resid 2 through 722 )X0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'X' and (resid 723 through 948 )X0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'X' and (resid 949 through 1790 )X0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'X' and (resid 1791 through 2021 )X0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'X' and (resid 2022 through 2920 )X0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'Y' and (resid 1 through 114 )Y0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 3 through 271 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 216 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 3 through 201 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 5 through 170 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 18 through 173 )E0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 1 through 145)G0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 1 through 121 )H0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'I' and (resid 1 through 131 )I0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'J' and (resid 1 through 141 )J0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'K' and (resid 4 through 122 )K0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 1 through 110 )L0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'M' and (resid 1 through 110 )M0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'N' and (resid 2 through 117 )N0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'O' and (resid 1 through 102 )O0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'P' and (resid 1 through 112 )P0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'Q' and (resid 2 through 89 )Q0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'R' and (resid 3 through 102 )R0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'S' and (resid 3 through 169 )S0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'T' and (resid 19 through 93 )T0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'U' and (resid 10 through 55 )U0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'V' and (resid 2 through 66 )V0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'W' and (resid 1 through 58 )W0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'Z' and (resid 2 through 44 )Z0
30X-RAY DIFFRACTION30chain '2' and (resid 2 through 45 )20
31X-RAY DIFFRACTION31chain '3' and (resid 2 through 61 )30
32X-RAY DIFFRACTION32chain '4' and (resid 1 through 37 )40

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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