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万見
- PDB-4v7h: Structure of the 80S rRNA and proteins and P/E tRNA for eukaryoti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v7h
タイトルStructure of the 80S rRNA and proteins and P/E tRNA for eukaryotic ribosome based on cryo-EM map of Thermomyces lanuginosus ribosome at 8.9A resolution
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 15
  • (60S ribosomal protein ...) x 31
  • 18S rRNA18S ribosomal RNA
  • 26S ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • P/E tRNA
  • RACK1 proteinReceptor for activated C kinase 1
  • s19e protein
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / eukaryotic ribosome / 80S / RACK1 protein / flexible fitting
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Thermomyces lanuginosus (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å
データ登録者Taylor, D.J. / Devkota, B. / Huang, A.D. / Topf, M. / Narayanan, E. / Sali, A. / Harvey, S.C. / Frank, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Comprehensive molecular structure of the eukaryotic ribosome.
著者: Derek J Taylor / Batsal Devkota / Andrew D Huang / Maya Topf / Eswar Narayanan / Andrej Sali / Stephen C Harvey / Joachim Frank /
要旨: Despite the emergence of a large number of X-ray crystallographic models of the bacterial 70S ribosome over the past decade, an accurate atomic model of the eukaryotic 80S ribosome is still not ...Despite the emergence of a large number of X-ray crystallographic models of the bacterial 70S ribosome over the past decade, an accurate atomic model of the eukaryotic 80S ribosome is still not available. Eukaryotic ribosomes possess more ribosomal proteins and ribosomal RNA than do bacterial ribosomes, which are implicated in extraribosomal functions in the eukaryotic cells. By combining cryo-EM with RNA and protein homology modeling, we obtained an atomic model of the yeast 80S ribosome complete with all ribosomal RNA expansion segments and all ribosomal proteins for which a structural homolog can be identified. Mutation or deletion of 80S ribosomal proteins can abrogate maturation of the ribosome, leading to several human diseases. We have localized one such protein unique to eukaryotes, rpS19e, whose mutations are associated with Diamond-Blackfan anemia in humans. Additionally, we characterize crucial interactions between the dynamic stalk base of the ribosome with eukaryotic elongation factor 2.
履歴
登録2009年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3JYV, 3JYW, 3JYX
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年4月22日Group: Other
改定 1.32017年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.52019年12月18日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: atom_sites / struct_conn
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1345
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  • PDB-2p8z との合成表示
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  • マップデータ: EMDB-1345
  • + PDB-2p8z
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 18S rRNA
AB: 40S ribosomal protein S0(A)
AC: 40S ribosomal protein S3
AD: 40S ribosomal protein S9(A)
AE: 40S ribosomal protein S2
AG: 40S ribosomal protein S5
AH: 40S ribosomal protein S22(A)
AI: 40S ribosomal protein S16(A)
AJ: 40S ribosomal protein S20
AK: 40S ribosomal protein S14(A)
AL: 40S ribosomal protein S23(A)
AM: 40S ribosomal protein S18
AN: 40S ribosomal protein S29(A)
AO: 40S ribosomal protein S13
AQ: 40S ribosomal protein S11
AS: 40S ribosomal protein S15
AR: RACK1 protein
AT: s19e protein
A7: P/E tRNA
B0: 60S ribosomal protein L32
B1: 60S ribosomal protein L39
B2: 60S ribosomal protein L30e
B8: 60S ribosomal protein LP0
B9: 60S ribosomal protein L43
BA: 60S ribosomal protein L1
BB: 60S ribosomal protein L2
BC: 60S ribosomal protein L3
BD: 60S ribosomal protein L4(B)
BE: 60S ribosomal protein L5
BF: 60S ribosomal protein L7(A)
BG: 60S ribosomal protein L8(A)
BH: 60S ribosomal protein L9(A)
BI: 60S ribosomal protein L10
BJ: 60S ribosomal protein L11(B)
BK: 60S ribosomal protein L12
BL: 60S ribosomal protein L15(A)
BM: 60S ribosomal protein L16(A)
BN: 60S ribosomal protein L17(A)
BO: 60S ribosomal protein L18(A)
BP: 60S ribosomal protein L19
BQ: 60S ribosomal protein L21(A)
BR: 60S ribosomal protein L23
BS: 60S ribosomal protein L24(A)
BT: 60S ribosomal protein L25
BU: 60S ribosomal protein L26(A)
BV: 60S ribosomal protein L28
BW: 60S ribosomal protein L31(A)
BX: 60S ribosomal protein L35
BY: 60S ribosomal protein L37(A)
BZ: 60S ribosomal protein L42
B3: 5S ribosomal RNA
B4: 5.8S ribosomal RNA
B5: 26S ribosomal RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,462,33253
ポリマ－2,462,33253
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 AAA7B3B4B5

#1: RNA鎖 18S rRNA / 18S ribosomal RNA


分子量: 567333.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#19: RNA鎖 P/E tRNA


分子量: 24890.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#51: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 36339.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#52: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50369.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#53: RNA鎖 26S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 1024354.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)

-
40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 ABACADAEAGAHAIAJAKALAMANAOAQAS

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S0(A) / リボソーム


分子量: 21236.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S3 /


分子量: 20925.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S9(A) / リボソーム


分子量: 18415.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S2 /


分子量: 17146.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S5 /


分子量: 20728.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S22(A) / リボソーム


分子量: 14100.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S16(A) / リボソーム


分子量: 15391.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S20 /


分子量: 10980.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S14(A) / リボソーム


分子量: 13191.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S23(A) / リボソーム


分子量: 12879.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S18 /


分子量: 15301.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#13: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S29(A) / リボソーム


分子量: 5953.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S13 /


分子量: 9842.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S11 /


分子量: 9133.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S15 /


分子量: 7863.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)

-
タンパク質 , 2種, 2分子 ARAT

#17: タンパク質 RACK1 protein / Receptor for activated C kinase 1


分子量: 34209.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#18: タンパク質 s19e protein


分子量: 15656.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)

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60S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 B0B1B2B8B9BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZ

#20: タンパク質 60S ribosomal protein L32 /


分子量: 12495.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#21: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39 /


分子量: 6043.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L30e / リボソーム


分子量: 10687.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#23: タンパク質 60S ribosomal protein LP0 /


分子量: 13436.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L43 /


分子量: 7737.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L1 /


分子量: 24014.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L2 /


分子量: 26203.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L3 /


分子量: 40945.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L4(B) / リボソーム


分子量: 27670.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L5 /


分子量: 27062.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L7(A) / リボソーム


分子量: 22063.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L8(A) / リボソーム


分子量: 12028.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L9(A) / リボソーム


分子量: 20164.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L10 /


分子量: 18890.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L11(B) / リボソーム


分子量: 17021.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L12 /


分子量: 14800.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L15(A) / リボソーム


分子量: 22901.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L16(A) / リボソーム


分子量: 18659.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L17(A) / リボソーム


分子量: 16833.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L18(A) / リボソーム


分子量: 13216.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L19 /


分子量: 18692.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L21(A) / リボソーム


分子量: 12686.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L23 /


分子量: 13976.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#43: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L24(A) / リボソーム


分子量: 5230.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L25 /


分子量: 9146.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L26(A) / リボソーム


分子量: 13020.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L28 /


分子量: 15914.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L31(A) / リボソーム


分子量: 9421.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L35 /


分子量: 8638.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L37(A) / リボソーム


分子量: 5772.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L42 /


分子量: 10711.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類)

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詳細

配列の詳細THE RIBOSOME ORIGINATES FROM THERMOMYCES LANUGINOSUS HOWEVER THE MODEL WAS BUILT BASED ON THE ...THE RIBOSOME ORIGINATES FROM THERMOMYCES LANUGINOSUS HOWEVER THE MODEL WAS BUILT BASED ON THE SEQUENCE OF SACCHAROMYCES CEREVISIAE.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法 / 使用した結晶の数: 1
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Thermomyces lanuginosus ribosome / タイプ: RIBOSOME
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE
詳細: Apply sample, wait 30s, blot for 6s, plunge in liquid ethane

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2005年7月7日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 39000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
試料ホルダ温度: 84 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

ソフトウェア名称: その他 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Yup.scxモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.9 Å / 粒子像の数: 102689
詳細: SPIDER package. Residue H LYS 32 and Residue H VAL 33 are not properly linked. Distance of C-N bond is 2.59 Angstrom. Residue T LYS 78 and Residue T LEU 79 are not properly linked. Distance ...詳細: SPIDER package. Residue H LYS 32 and Residue H VAL 33 are not properly linked. Distance of C-N bond is 2.59 Angstrom. Residue T LYS 78 and Residue T LEU 79 are not properly linked. Distance of C-N bond is 2.49 Angstrom.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation / 詳細: METHOD--Flexible fitting
精密化最高解像度: 8.9 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0
原子変位パラメータBiso max: 362.94 Å2 / Biso mean: 4.424 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 8.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18221 39106 0 0 57327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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