+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v52 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with neomycin. | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / RNA-protein complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å | |||||||||
データ登録者 | Borovinskaya, M.A. / Pai, R.D. / Zhang, W. / Schuwirth, B.-S. / Holton, J.M. / Hirokawa, G. / Kaji, H. / Kaji, A. / Cate, J.H.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Structural basis for aminoglycoside inhibition of bacterial ribosome recycling. 著者: Borovinskaya, M.A. / Pai, R.D. / Zhang, W. / Schuwirth, B.S. / Holton, J.M. / Hirokawa, G. / Kaji, H. / Kaji, A. / Cate, J.H. | |||||||||
履歴 |
| |||||||||
Remark 300 | BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL UNIT CONSISTS OF TWO SUBUNITS. THERE ARE 2 BIOLOGICAL UNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v52.cif.gz | 6.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4v52.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v52.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/4v52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/4v52 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 4v53C 4v54C 4v55C 4v5yC 2avy 2aw4 2aw7 2awb S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological unit consists of 2 subunits. There are 2 biological units in the same asymmetric unit. |
-要素
-RNA鎖 , 3種, 6分子 AACABADABBDB
#1: RNA鎖 | 分子量: 499690.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 83754040 #22: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357928 #23: RNA鎖 | 分子量: 941612.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357927 |
---|
-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 ACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCPAQCQ...
#2: タンパク質 | 分子量: 25900.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V3 #3: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8 #4: タンパク質 | 分子量: 17498.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1 #5: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02358 #6: タンパク質 | 分子量: 19923.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02359 #7: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W7 #8: タンパク質 | 分子量: 14755.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7X3 #9: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R5 #10: タンパク質 | 分子量: 13739.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R9 #11: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S3 #12: タンパク質 | 分子量: 12997.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S9 #13: タンパク質 | 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG59 #14: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ4 #15: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T3 #16: タンパク質 | 分子量: 9593.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG63 #17: タンパク質 | 分子量: 8874.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T7 #18: タンパク質 | 分子量: 10324.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U3 #19: タンパク質 | 分子量: 9577.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U7 #20: タンパク質 | 分子量: 26650.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V0 #21: タンパク質 | 分子量: 8392.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68679 |
---|
+50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 BIDIBCDCBDDDBKDKBPDPBEDEBYDYB0D0B4D4B1D1B3D3BVDVB2D2BLDLBMDM...
-非ポリマー , 4種, 1976分子
#53: 化合物 | ChemComp-NMY / #54: 化合物 | ChemComp-MG / #55: 化合物 | #56: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.5 詳細: MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.111 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月7日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.111 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.21→139 Å / Num. obs: 626512 / % possible obs: 66.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.21→3.7 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 12.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2AVY, 2AW4, 2AW7, 2AWB 解像度: 3.21→70 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: torsional dynamics
| ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.21→70 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|