PDB-4qqv: Extracellular domains of mouse IL-3 beta receptor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qqv

タイトル

Extracellular domains of mouse IL-3 beta receptor

要素

Interleukin-3 receptor class 2 subunit beta

キーワード

SIGNALING PROTEIN / intertwined dimer /

cytokine receptor /

interleukin-3

機能・相同性

機能・相同性情報

RAF/MAP kinase cascade / Interleukin receptor SHC signaling /

Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling /

cytokine receptor activity / membrane => GO:0016020 /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Young, I.G. / Murphy, J.M. / Carr, P.D. / Ewens, C.L. / Dai, J. / Ollis, D.L.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the mouse interleukin-3 beta-receptor: insights into interleukin-3 binding and receptor activation.
著者: Carr, P.D. / Ewens, C.L. / Dai, J. / Ollis, D.L. / Murphy, J.M. / Jackson, C.J. / Young, I.G.

履歴

登録	2014年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qqv.cif.gz	631.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qqv.ent.gz	530.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gysS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i58-d 4x0u-d 2cnw-d 5n5s-d 5ujy-d 1104 5e94-d 2fdc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (2) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (2) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (2)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (2)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
類似性 (1)
#128 - 2010年8月
インターフェロン (Interferons)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Interleukin-3 receptor class 2 subunit beta

B: Interleukin-3 receptor class 2 subunit beta

C: Interleukin-3 receptor class 2 subunit beta

D: Interleukin-3 receptor class 2 subunit beta

ヘテロ分子

193 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Interleukin-3 receptor class 2 subunit beta

B: Interleukin-3 receptor class 2 subunit beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
96.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Interleukin-3 receptor class 2 subunit beta

D: Interleukin-3 receptor class 2 subunit beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
96.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	197.150, 166.460, 128.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Interleukin-3 receptor class 2 subunit beta / IL-3 receptor class 2 subunit beta / IL-3R class 2 subunit beta / Colony-stimulating factor 2 ...

分子量: 47948.391 Da / 分子数: 4 / 断片: extracellular domain (UNP residues 23-438) / 変異: N328Q,K331A,R333A,D334A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ai2ca, Csf2rb2, Il3r, Il3rb2 / プラスミド: pBacPak8 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P26954

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.28 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 36% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→20 Å / Num. all: 45507 / Num. obs: 45275 / % possible obs: 99.49 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.96 % / B_iso Wilson estimate: 96.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	最高解像度: 3.45 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1558)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GYS

2gys

解像度: 3.45→19.912 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2485	2269	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2033	-	-	-
obs	0.2056	45275	99.49 %	-
all	-	45507	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.45→19.912 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12218	0	56	0	12274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	12669
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.705	17236
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.718	4665
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1822
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2235

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.45-3.5246	0.3434	139	0.3036	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5246-3.6061	0.3493	148	0.2862	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6061-3.6957	0.3001	139	0.2794	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6957-3.795	0.2884	140	0.2547	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.795-3.9058	0.2946	125	0.2352	2610	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9058-4.0309	0.3014	136	0.2293	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0309-4.1737	0.2707	149	0.2163	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1737-4.3392	0.2606	146	0.1979	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3392-4.5344	0.2404	117	0.1838	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5344-4.7704	0.1988	131	0.1711	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7704-5.0647	0.2357	134	0.1591	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0647-5.4483	0.1853	143	0.1612	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4483-5.983	0.2156	136	0.1861	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
5.983-6.8182	0.2609	183	0.2153	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8182-8.4784	0.2452	138	0.1991	2718	X-RAY DIFFRACTION	99
8.4784-19.9126	0.2184	165	0.184	2683	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2415	-0.4046	-0.2209	4.159	1.1725	4.7451	-0.2008	-0.3003	0.5849	0.8307	0.1347	0.7237	-0.8505	-0.3466	-0.0809	0.9826	0.1216	0.1453	0.6807	0.1246	1.0532	41.2227	47.7884	16.3736
2	4.1328	2.6159	-1.2842	9.9655	-0.4036	2.3184	-0.0263	0.8748	-0.0264	-2.1114	0.3845	-0.1082	-0.3009	0.1106	-0.0776	1.4104	-0.1155	-0.0233	0.8156	-0.0802	0.64	41.6297	12.2115	-14.1536
3	1.9866	0.0478	0.7565	4.0881	-0.9794	1.6798	-0.1827	0.0641	-0.1584	-0.243	0.3197	-0.5252	0.0154	0.1581	-0.1363	0.6671	0.0015	0.1555	0.4339	-0.155	0.65	44.2178	-12.3677	-1.0131
4	5.0221	0.3617	-1.7757	1.1699	-0.4791	2.4333	-0.7999	-0.0901	-1.5624	0.3007	0.6986	0.6236	0.2447	-0.9868	0.2612	1.0029	0.0422	0.3745	1.341	0.4835	2.1873	5.7772	-55.7143	15.8209
5	4.2692	-1.5891	-0.132	7.0018	-0.266	4.1117	-0.5639	-0.3086	-1.2346	0.3778	0.1998	1.2263	0.5523	-0.5953	0.2176	0.6632	-0.0671	0.1762	0.5611	0.0225	1.0874	24.3726	-36.0391	3.0687
6	5.1444	3.082	0.2152	6.5623	0.5955	1.3052	-0.2368	0.3943	-1.3336	-0.2885	0.2946	-1.4126	0.2869	-0.0999	0.0184	0.7147	0.1156	0.1378	0.5209	-0.0753	0.8281	43.4899	-27.5738	1.0198
7	6.0748	-1.2593	-1.4663	8.1162	1.5002	6.0313	0.0051	-0.1	-0.762	0.4223	0.3	-2.0719	0.41	0.7583	-0.3379	0.8125	-0.1103	-0.2243	0.5135	-0.1108	1.1091	61.5107	7.2817	10.0499
8	2.2086	1.1535	-0.2724	4.4077	-0.776	0.5279	-0.0852	0.2821	-0.1154	-0.1717	0.3262	-0.3711	-0.0466	0.0339	-0.2062	0.6843	-0.0608	-0.0197	0.4465	0.0038	0.5069	54.1577	17.0828	7.0473
9	4.646	1.2534	0.447	5.1882	-1.1294	6.201	-0.3999	0.2978	0.6388	-0.3099	0.4098	0.3995	0.0172	-0.5143	-0.04	0.5601	-0.0189	0.1124	0.4608	0.1122	0.942	44.2195	36.8484	2.2888
10	2.1875	-1.2638	-0.5759	2.2397	0.4572	0.4811	0.6532	-1.0109	0.8696	0.6778	0.3956	-0.1109	-1.3864	-0.4292	-0.8789	2.0962	0.2566	0.4783	1.2897	-0.0648	1.1868	31.224	63.4993	27.1964
11	7.2211	-0.8237	-2.3606	3.0412	2.1381	2.9482	-0.8862	-1.4663	-0.2701	-0.0631	0.5712	-0.2602	-0.4688	-0.0943	0.4658	2.5768	0.4829	0.6872	1.4919	0.1712	2.015	24.5786	75.7151	33.9206
12	2.941	-0.3322	1.9733	5.3762	-1.2347	1.4848	0.1751	-0.4018	-0.178	-0.2091	-0.0717	-0.1178	-0.3623	-0.0725	-0.1254	2.1199	0.4186	0.7286	1.4553	0.1374	2.0144	18.2484	70.8076	37.2998
13	5.0533	1.5656	2.2138	2.2276	1.3264	3.1138	0.0369	0.1724	-0.0708	-0.3331	-0.2491	0.2926	-0.1967	-0.5914	0.2733	0.585	0.1227	-0.0503	0.6932	0.0401	0.5418	17.4712	2.2925	5.5
14	4.3681	-0.9544	1.0233	1.7189	0.2158	0.8297	0.2118	-0.4298	0.4005	-0.0518	-0.2067	-0.6426	0.372	0.2321	0.0195	0.8519	0.0075	-0.0453	0.9666	0.1975	0.6448	79.2304	7.3537	33.9811
15	6.6982	1.1706	0.8667	3.5042	-0.3735	-0.1401	-0.0143	0.3185	0.8861	-0.1223	0.0555	-0.7946	0.3168	-0.1819	-0.0324	0.6838	-0.0743	0.0253	1.197	0.0787	0.5365	75.4447	12.6047	38.1438
16	4.1196	0.485	1.5207	2.2513	0.1062	4.4119	0.3192	-0.1455	-0.3235	-0.0479	-0.2786	0.3052	0.2373	-0.4622	-0.035	0.4259	-0.0409	-0.0818	0.5891	-0.1076	0.6842	20.1314	-4.0976	17.0385

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 7:129)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 130:179)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 180:317)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 318:412)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 7:81)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 82:121)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 122:178)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 179:239)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 240:300)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 301:337)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 338:357)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 358:411)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 7:202)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 203:412)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 7:121)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 122:322)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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