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- PDB-4p1b: CRYSTAL STRUCTURE OF THE TOLUENE 4-MONOOXYGENASE HYDROXYLASE-FERR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p1b
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE TOLUENE 4-MONOOXYGENASE HYDROXYLASE-FERREDOXIN C7S E16C C84A C85A VARIANT ELECTRON-TRANSFER COMPLEX
要素
  • (Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 3
  • Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ELECTRON-TRANSFER COMPLEX (電子移動反応) / DIIRON ENZYME COMPLEX / IRON-SULFUR (鉄硫黄タンパク質) / REDUCTION / HYDROXYLASE FERREDOXIN / OXYGENASE (酸素添加酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene 4-monooxygenase / toluene catabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / monooxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich ...TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit gamma / Toluene-4-monooxygenase system, ferredoxin component / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (シュードモナス・メンドシナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Acheson, J.F. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0843239 米国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-ENG-38 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural basis for biomolecular recognition in overlapping binding sites in a diiron enzyme system.
著者: Acheson, J.F. / Bailey, L.J. / Elsen, N.L. / Fox, B.G.
履歴
登録2014年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
D: Toluene-4-monooxygenase system protein A
E: Toluene-4-monooxygenase system protein E
F: Toluene-4-monooxygenase system protein B
H: Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit
I: Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,03823
ポリマ－228,9218
非ポリマー1,11715
水34,5351917
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32040 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area65690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.367, 128.367, 284.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-335-

HOH

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要素

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Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein A / Toluene-4-monooxygenase hydroxylase subunit / T4moH


分子量: 57089.910 Da / 分子数: 2 / 変異: Stop 492 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (シュードモナス・メンドシナ)
遺伝子: tmoA / プラスミド: PVP58KABE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein E / T4moE


分子量: 35930.363 Da / 分子数: 2 / 変異: Stop 307 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (シュードモナス・メンドシナ)
遺伝子: tmoE / プラスミド: PVP58KABE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein B / T4moB


分子量: 9340.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (シュードモナス・メンドシナ)
遺伝子: tmoB / プラスミド: PVP58KABE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

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タンパク質 , 1種, 2分子 HI

#4: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit / Toluene-4-monooxygenase system protein C / T4moC


分子量: 12099.334 Da / 分子数: 2 / 変異: C7S, E16C, C84A,C85A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (シュードモナス・メンドシナ)
遺伝子: tmoC / プラスミド: PVP58KABE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q00458

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非ポリマー , 6種, 1932分子

#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1917 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細W336 AND Y227 ARE THE RESIDUES IN STRUCTURE. THERE MAY BE ERRORS IN THE ORIGINAL SEQUENCING OF THE ...W336 AND Y227 ARE THE RESIDUES IN STRUCTURE. THERE MAY BE ERRORS IN THE ORIGINAL SEQUENCING OF THE GENE, AS THESE RESIDUES SEEM STRUCTURALLY SOUND AND GREATLY DIFFER FOR THE UNIPROT RESIDUES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.38 % / 解説: Dark Brown Clusters
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 MM BIS-TRIS, 24% PEG 3350, 5% JEFFAMINE 200 MM AMMONIUM ACETATE, 10 MM MGCL2, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月22日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 188039 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.36 / 冗長度: 8.4 % / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 7.3 % / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(PHENIX.REFINE: DEV_1186)精密化
MOLREP位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GHG

3ghg


解像度: 2.05→47.95 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 8568 5.03 %Random selection
Rwork0.146 ---
obs0.148 161800 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16120 0 48 1917 18085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00816815
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85922859
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4016107
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032974
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.07330.25472980.20635379X-RAY DIFFRACTION100
2.0733-2.09770.23253170.19515287X-RAY DIFFRACTION100
2.0977-2.12330.24522810.18555320X-RAY DIFFRACTION100
2.1233-2.15010.22522820.17675340X-RAY DIFFRACTION100
2.1501-2.17840.22563220.17615315X-RAY DIFFRACTION100
2.1784-2.20830.21622810.16815313X-RAY DIFFRACTION100
2.2083-2.23980.22552650.16615346X-RAY DIFFRACTION100
2.2398-2.27330.20543040.16335338X-RAY DIFFRACTION100
2.2733-2.30880.19062990.1575316X-RAY DIFFRACTION100
2.3088-2.34660.18862850.15145373X-RAY DIFFRACTION100
2.3466-2.38710.16552610.1515340X-RAY DIFFRACTION100
2.3871-2.43050.20493080.15065351X-RAY DIFFRACTION100
2.4305-2.47730.17362790.15135370X-RAY DIFFRACTION100
2.4773-2.52780.1772570.14815358X-RAY DIFFRACTION100
2.5278-2.58280.20282570.14625417X-RAY DIFFRACTION100
2.5828-2.64290.17762750.155325X-RAY DIFFRACTION100
2.6429-2.70890.20452820.14515407X-RAY DIFFRACTION100
2.7089-2.78220.17612820.14335387X-RAY DIFFRACTION100
2.7822-2.8640.20182850.15725357X-RAY DIFFRACTION100
2.864-2.95650.21222900.15715377X-RAY DIFFRACTION100
2.9565-3.06210.1832750.15325421X-RAY DIFFRACTION100
3.0621-3.18470.18322970.15175383X-RAY DIFFRACTION100
3.1847-3.32960.17212690.14765406X-RAY DIFFRACTION100
3.3296-3.50510.16222770.14445429X-RAY DIFFRACTION100
3.5051-3.72460.16773100.13975398X-RAY DIFFRACTION100
3.7246-4.01210.15062950.1255446X-RAY DIFFRACTION100
4.0121-4.41560.12642690.11495475X-RAY DIFFRACTION100
4.4156-5.05390.1393090.11365456X-RAY DIFFRACTION100
5.0539-6.3650.15362620.14245588X-RAY DIFFRACTION100
6.365-47.96570.16392950.15015773X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9011-0.0114-0.19650.33320.04570.5464-0.0180.04720.04920.00890.0861-0.228-0.16540.2135-0.02580.1725-0.07990.00810.21-0.03590.2619-29.044532.955418.0938
21.3158-1.4316-1.73069.05088.39897.93330.1035-0.3441-0.01671.0265-0.31070.66790.9588-0.61510.21190.279-0.12440.03140.3469-0.02350.3824-63.490211.189312.2334
31.2160.3716-0.10390.68230.15550.5958-0.05220.0695-0.0215-0.02780.0465-0.0855-0.0120.10430.01450.1232-0.03330.01440.1263-0.01990.1494-39.27519.385412.4038
42.58072.2926-0.25863.2878-0.40860.8481-0.00210.0895-0.0244-0.09670.0501-0.13640.01530.0406-0.04830.1198-0.02030.01870.1684-0.05010.1593-38.310410.45686.3349
53.08340.7129-0.70280.7985-0.17780.6556-0.03370.10870.1021-0.12270.0414-0.0601-0.19550.12810.00850.1837-0.05510.01990.1643-0.00110.1577-42.127527.40415.5324
63.58541.99180.44451.93420.2860.5857-0.09270.12240.1428-0.40680.0935-0.0105-0.13850.10930.06910.2326-0.07980.0620.234-0.01960.1315-41.542822.1481-7.1848
71.00420.23630.17740.95710.16060.8625-0.09490.2913-0.0346-0.32960.13370.004-0.05050.0246-0.04080.2818-0.07690.03520.2687-0.03570.14-45.745911.7919-13.563
80.82210.29880.01780.7708-0.53710.9992-0.03440.3594-0.1186-0.32070.0181-0.29190.09020.37990.02440.2705-0.06230.13780.4064-0.13010.3511-25.98698.0486-11.0327
94.0002-3.1369-4.18893.29972.6284.9742-0.17330.0503-0.3377-0.1040.065-0.14440.36990.03460.19240.2375-0.02310.02470.1526-0.05210.2575-39.9093-7.14140.9578
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805.059-5.64214.61346.455-4.88884.69260.22440.54430.3697-0.466-0.4546-0.5260.22940.37150.30210.3015-0.05040.03060.27360.03060.2512-39.746142.9995-0.9505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 2:75 )
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 76:84 )
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 85:146 )
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 147:192 )
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 193:248 )
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 249:299 )
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 300:410 )
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 411:455 )
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 456:479 )
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 480:491 )
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 2:16 )
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 17:21 )
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 22:102 )
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 103:112 )
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 113:177 )
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 178:190 )
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 191:227 )
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 228:282 )
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 283:291 )
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN B AND RESID 292:306 )
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN C AND RESID 2:14 )
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN C AND RESID 15:24 )
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN C AND RESID 25:30 )
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN C AND RESID 31:41 )
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN C AND RESID 42:48 )
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN C AND RESID 49:53 )
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN C AND RESID 54:58 )
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN C AND RESID 59:69 )
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN C AND RESID 70:75 )
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN C AND RESID 76:83 )
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN D AND RESID 2:76 )
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN D AND RESID 77:81 )
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN D AND RESID 82:146 )
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN D AND RESID 147:200 )
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN D AND RESID 201:249 )
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN D AND RESID 250:260 )
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN D AND RESID 261:335 )
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN D AND RESID 336:455 )
39X-RAY DIFFRACTION39(CHAIN D AND RESID 456:479 )
40X-RAY DIFFRACTION40(CHAIN D AND RESID 480:491 )
41X-RAY DIFFRACTION41(CHAIN E AND RESID 2:16 )
42X-RAY DIFFRACTION42(CHAIN E AND RESID 17:21 )
43X-RAY DIFFRACTION43(CHAIN E AND RESID 22:75 )
44X-RAY DIFFRACTION44(CHAIN E AND RESID 76:103 )
45X-RAY DIFFRACTION45(CHAIN E AND RESID 104:112 )
46X-RAY DIFFRACTION46(CHAIN E AND RESID 113:186 )
47X-RAY DIFFRACTION47(CHAIN E AND RESID 187:194 )
48X-RAY DIFFRACTION48(CHAIN E AND RESID 195:278 )
49X-RAY DIFFRACTION49(CHAIN E AND RESID 279:291 )
50X-RAY DIFFRACTION50(CHAIN E AND RESID 292:306 )
51X-RAY DIFFRACTION51(CHAIN F AND RESID 2:7 )
52X-RAY DIFFRACTION52(CHAIN F AND RESID 8:20 )
53X-RAY DIFFRACTION53(CHAIN F AND RESID 21:27 )
54X-RAY DIFFRACTION54(CHAIN F AND RESID 28:34 )
55X-RAY DIFFRACTION55(CHAIN F AND RESID 35:46 )
56X-RAY DIFFRACTION56(CHAIN F AND RESID 47:53 )
57X-RAY DIFFRACTION57(CHAIN F AND RESID 54:59 )
58X-RAY DIFFRACTION58(CHAIN F AND RESID 60:70 )
59X-RAY DIFFRACTION59(CHAIN F AND RESID 71:76 )
60X-RAY DIFFRACTION60(CHAIN F AND RESID 77:83 )
61X-RAY DIFFRACTION61(CHAIN H AND RESID 2:6 )
62X-RAY DIFFRACTION62(CHAIN H AND RESID 7:15 )
63X-RAY DIFFRACTION63(CHAIN H AND RESID 16:20 )
64X-RAY DIFFRACTION64(CHAIN H AND RESID 21:31 )
65X-RAY DIFFRACTION65(CHAIN H AND RESID 32:37 )
66X-RAY DIFFRACTION66(CHAIN H AND RESID 38:53 )
67X-RAY DIFFRACTION67(CHAIN H AND RESID 54:58 )
68X-RAY DIFFRACTION68(CHAIN H AND RESID 59:91 )
69X-RAY DIFFRACTION69(CHAIN H AND RESID 92:106 )
70X-RAY DIFFRACTION70(CHAIN H AND RESID 107:112 )
71X-RAY DIFFRACTION71(CHAIN I AND RESID 2:13 )
72X-RAY DIFFRACTION72(CHAIN I AND RESID 14:29 )
73X-RAY DIFFRACTION73(CHAIN I AND RESID 30:35 )
74X-RAY DIFFRACTION74(CHAIN I AND RESID 36:44 )
75X-RAY DIFFRACTION75(CHAIN I AND RESID 45:53 )
76X-RAY DIFFRACTION76(CHAIN I AND RESID 54:58 )
77X-RAY DIFFRACTION77(CHAIN I AND RESID 59:88 )
78X-RAY DIFFRACTION78(CHAIN I AND RESID 89:98 )
79X-RAY DIFFRACTION79(CHAIN I AND RESID 99:105 )
80X-RAY DIFFRACTION80(CHAIN I AND RESID 106:112 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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