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- PDB-4gun: Crystal Structure of the K184R, L185P mutant manganese superoxide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gun
タイトルCrystal Structure of the K184R, L185P mutant manganese superoxide dismutase from Candida albicans cytosol
要素Superoxide dismutaseスーパーオキシドディスムターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Mn Superoxide Dismutase
機能・相同性
機能・相同性情報


スーパーオキシドディスムターゼ / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / スーパーオキシドディスムターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Sheng, Y. / Cascio, D. / Valentine, J.S.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of the K184R, L185P mutant manganese superoxide dismutase from Candida albicans cytosol
著者: Sheng, Y. / Cascio, D. / Valentine, J.S.
履歴
登録2012年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
C: Superoxide dismutase
D: Superoxide dismutase
E: Superoxide dismutase
F: Superoxide dismutase
G: Superoxide dismutase
H: Superoxide dismutase
I: Superoxide dismutase
J: Superoxide dismutase
K: Superoxide dismutase
L: Superoxide dismutase
M: Superoxide dismutase
N: Superoxide dismutase
O: Superoxide dismutase
P: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,75558
ポリマ－364,37816
非ポリマー3,37742
水18,8981049
1
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
C: Superoxide dismutase
D: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,89114
ポリマ－91,0954
非ポリマー79610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10240 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area30710 Å2
手法PISA
2
E: Superoxide dismutase
F: Superoxide dismutase
G: Superoxide dismutase
H: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,08316
ポリマ－91,0954
非ポリマー98812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10250 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area30650 Å2
手法PISA
3
I: Superoxide dismutase
J: Superoxide dismutase
K: Superoxide dismutase
L: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,98715
ポリマ－91,0954
非ポリマー89211
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10290 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area30700 Å2
手法PISA
4
M: Superoxide dismutase
N: Superoxide dismutase
O: Superoxide dismutase
P: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,79513
ポリマ－91,0954
非ポリマー7009
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10280 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area30770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.330, 73.800, 134.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.300, 90.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase / スーパーオキシドディスムターゼ


分子量: 22773.635 Da / 分子数: 16 / 変異: K184R, L185P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: CaJ7.0018, SOD3 / プラスミド: pVT102U / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): EG110
参照: UniProt: Q96UT6, スーパーオキシドディスムターゼ
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1049 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2 M ammonium sulfate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月10日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→53.02 Å / Num. obs: 314901 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.83 % / Biso Wilson estimate: 21.652 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 9.94
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.94-1.990.2953.21459471647164.4
1.99-2.050.2674.44847192227989.6
2.05-2.110.2265.26882652221891.9
2.11-2.170.1936.04863092171092.3
2.17-2.240.2055.9791792008188.2
2.24-2.320.177.72749721949488.4
2.32-2.410.1587.13787001982593.6
2.41-2.510.1328.26761391923493.9
2.51-2.620.1238.67732601854394.3
2.62-2.750.1149.28700811776294.7
2.75-2.90.09111.24664231693595.2
2.9-3.070.08312.4631981617695.5
3.07-3.290.06914.05584171510895.8
3.29-3.550.06315.56546181423996.2
3.55-3.890.0617.17476481277294.2
3.89-4.350.05118.89449081192996.7
4.35-5.020.0519.13394191046897.4
5.02-6.150.05317.1634151898197.8
6.15-8.690.04918.3126057690298
8.690.03922.213813377497.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å53.02 Å
Translation2.5 Å53.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QVN

3qvn


解像度: 1.94→53.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8994 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8764 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU R Cruickshank DPI: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2657 15957 5.07 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.2394 314899 90.76 %-
原子変位パラメータBiso max: 95.11 Å2 / Biso mean: 16.3786 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.3231 Å20.0815 Å2-4.5833 Å2
2--6.4604 Å2-0.1171 Å2
3---1.8627 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.302 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→53.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25448 0 146 1049 26643
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8633SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes727HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3773HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it26234HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd16SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3477SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact31520SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d26234HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg35799HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.26
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 758 5.08 %
Rwork0.2351 14160 -
all0.237 14918 -
obs--90.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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