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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fqy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR9114 bound to H3 influenza hemagglutinin | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / viral fusion protein / immunoglobulin (抗体) / virus attachment and entry / immune recognition (免疫系) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.253 Å | ||||||
データ登録者 | Ekiert, D.C. / Dreyfus, C. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2012 タイトル: Highly conserved protective epitopes on influenza B viruses. 著者: Cyrille Dreyfus / Nick S Laursen / Ted Kwaks / David Zuijdgeest / Reza Khayat / Damian C Ekiert / Jeong Hyun Lee / Zoltan Metlagel / Miriam V Bujny / Mandy Jongeneelen / Remko van der Vlugt / ...著者: Cyrille Dreyfus / Nick S Laursen / Ted Kwaks / David Zuijdgeest / Reza Khayat / Damian C Ekiert / Jeong Hyun Lee / Zoltan Metlagel / Miriam V Bujny / Mandy Jongeneelen / Remko van der Vlugt / Mohammed Lamrani / Hans J W M Korse / Eric Geelen / Özcan Sahin / Martijn Sieuwerts / Just P J Brakenhoff / Ronald Vogels / Olive T W Li / Leo L M Poon / Malik Peiris / Wouter Koudstaal / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Jaap Goudsmit / Robert H E Friesen / 要旨: Identification of broadly neutralizing antibodies against influenza A viruses has raised hopes for the development of monoclonal antibody-based immunotherapy and "universal" vaccines for influenza. ...Identification of broadly neutralizing antibodies against influenza A viruses has raised hopes for the development of monoclonal antibody-based immunotherapy and "universal" vaccines for influenza. However, a substantial part of the annual flu burden is caused by two cocirculating, antigenically distinct lineages of influenza B viruses. Here, we report human monoclonal antibodies, CR8033, CR8071, and CR9114, that protect mice against lethal challenge from both lineages. Antibodies CR8033 and CR8071 recognize distinct conserved epitopes in the head region of the influenza B hemagglutinin (HA), whereas CR9114 binds a conserved epitope in the HA stem and protects against lethal challenge with influenza A and B viruses. These antibodies may inform on development of monoclonal antibody-based treatments and a universal flu vaccine for all influenza A and B viruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fqy.cif.gz | 376.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fqy.ent.gz | 322.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fqy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/4fqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/4fqy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2143C 2144C 2145C 2146C 2147C 2148C 2149C 2150C 4fqhC 4fqiC 4fqjC 4fqkC 4fqlC 4fqmC 4fqvC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35506.949 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-345 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: Q91MA7 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20041.131 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 346-519 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: Q91MA7 |
#3: 抗体 | 分子量: 23594.311 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): PER.C6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: 抗体 | 分子量: 22840.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): PER.C6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
配列の詳細 | THE AUTHORS STATE THAT R468G IS A NATURAL VARIANT. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 200 mM zinc acetate, 14% PEG1000, 100 mM sodium acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 5.25→50 Å / Num. obs: 5386 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.2 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 27.3 |
反射 シェル | 解像度: 5.25→5.35 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.88 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 5.253→48.015 Å / SU ML: 1.12 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 52.9 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.4 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 5.253→48.015 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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