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- PDB-4c10: Cryo-EM reconstruction of empty enterovirus 71 in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c10
タイトルCryo-EM reconstruction of empty enterovirus 71 in complex with a neutralizing antibody E19
要素
  • (EV19 5 C1-6 F1 ...) x 2
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / VIRUS-IMMUNE SYSTEM COMPLEX / VIRUS (ウイルス) / EV71 / PATHOGEN (病原体)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
スフィンゴシン / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13 Å
データ登録者Plevka, P. / Perera, R. / Cardosa, J. / Suksatu, A. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Neutralizing antibodies can initiate genome release from human enterovirus 71.
著者: Pavel Plevka / Pei-Yin Lim / Rushika Perera / Jane Cardosa / Ampa Suksatu / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann /
要旨: Antibodies were prepared by immunizing mice with empty, immature particles of human enterovirus 71 (EV71), a picornavirus that causes severe neurological disease in young children. The capsid ...Antibodies were prepared by immunizing mice with empty, immature particles of human enterovirus 71 (EV71), a picornavirus that causes severe neurological disease in young children. The capsid structure of these empty particles is different from that of the mature virus and is similar to "A" particles encountered when picornaviruses recognize a potential host cell before genome release. The monoclonal antibody E18, generated by this immunization, induced a conformational change when incubated at temperatures between 4 °C and 37 °C with mature virus, transforming infectious virions into A particles. The resultant loss of genome that was observed by cryo-EM and a fluorescent SYBR Green dye assay inactivated the virus, establishing the mechanism by which the virus is inactivated and demonstrating that the E18 antibody has potential as an anti-EV71 therapy. The antibody-mediated virus neutralization by the induction of genome release has not been previously demonstrated. Furthermore, the present results indicate that antibodies with genome-release activity could also be produced for other picornaviruses by immunization with immature particles.
履歴
登録2013年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2436
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2436
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
4: EV19 5 C1-6 F1 C11
5: EV19 5 C1-6 F1 C11
A: VP1
B: VP3
C: VP2
D: VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,35814
ポリマ－131,8856
非ポリマー4738
水0
1
4: EV19 5 C1-6 F1 C11
5: EV19 5 C1-6 F1 C11
A: VP1
B: VP3
C: VP2
D: VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,941,489840
ポリマ－7,913,116360
非ポリマー28,373480
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
4: EV19 5 C1-6 F1 C11
5: EV19 5 C1-6 F1 C11
A: VP1
B: VP3
C: VP2
D: VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 662 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)661,79170
ポリマ－659,42630
非ポリマー2,36440
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
4: EV19 5 C1-6 F1 C11
5: EV19 5 C1-6 F1 C11
A: VP1
B: VP3
C: VP2
D: VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 794 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)794,14984
ポリマ－791,31236
非ポリマー2,83748
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
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-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#3: タンパク質 VP1


分子量: 32832.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
株: MY104-9-SAR-97 / 参照: UniProt: A9X4C2
#4: タンパク質 VP3


分子量: 27800.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
株: MY104-9-SAR-97 / 参照: UniProt: A9X4C2
#5: タンパク質 VP2


分子量: 26524.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
株: MY104-9-SAR-97 / 参照: UniProt: A9X4C2
#6: タンパク質 VP4


分子量: 7501.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
株: MY104-9-SAR-97 / 参照: UniProt: A9X4C2

-
抗体 , 2種, 2分子 45

#1: 抗体 EV19 5 C1-6 F1 C11


分子量: 18485.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SEQUENCE MODELLED AS UNK / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体 EV19 5 C1-6 F1 C11


分子量: 18741.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SEQUENCE MODELLED AS UNK / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#7: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE / スフィンゴシン


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#8: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: FAB FRAGMENT OF E19 ANTIBODY BOUND TO EV71 / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: NTE BUFFER, 10 MM TRIS-HCL, PH 8.0, 0.5 M NACL, AND 1 MM EDTA
pH: 8
詳細: NTE BUFFER, 10 MM TRIS-HCL, PH 8.0, 0.5 M NACL, AND 1 MM EDTA
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: PLUNGING INTO LIQUID ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG/ST / 日付: 2013年9月16日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 49500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 119 K
撮影電子線照射量: 18 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 142
放射波長相対比: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMfitモデルフィッティング
2EMAN1３次元再構成
3EMAN2３次元再構成
CTF補正詳細: CTF DETERMINED FOR ALL PARTICLES FROM ONE FILM, PHASE FLIP
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 13 Å / 粒子像の数: 10833 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.48 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.48 Å
倍率補正: CORRELATION WITH ELECTRON DENSITY CALCULATED FROM X-RAY BASED MODEL OF THE VIRUS CAPSID
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2436.(DEPOSITION ID: 11889)
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: RCRIT / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 3ZFE

3zfe

精密化最高解像度: 13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9030 0 28 0 9058

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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