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万見
- PDB-3tq6: Crystal structure of human mitochondrial transcription factor A, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tq6
タイトルCrystal structure of human mitochondrial transcription factor A, TFAM or mtTFA, bound to the light strand promoter LSP
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*(BRU)P*AP*AP*C)-3')
  • Transcription factor A, mitochondrial
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Mitochondrion (ミトコンドリア) / DNA-binding / HMGB-UBF_HMG-box / minor groove / tandem HMG boxes / TRANSCRIPTION-DNA complex / mitochondrial nucleoid / light-strand mitochondrial promoter / LSP
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial respiratory chain complex assembly / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial transcription / mitochondrial nucleoid / heat shock protein binding / response to nutrient / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial respiratory chain complex assembly / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial transcription / mitochondrial nucleoid / heat shock protein binding / response to nutrient / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / sequence-specific DNA binding / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / ミトコンドリアマトリックス / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / ミトコンドリア / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / リン酸塩 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Transcription factor A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Rubio-Cosials, A. / Sydow, J.F. / Jimenez-Menendez, N. / Fernandez-Millan, P. / Montoya, J. / Jacobs, H.T. / Coll, M. / Bernado, P. / Sola, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Human mitochondrial transcription factor A induces a U-turn structure in the light strand promoter.
著者: Rubio-Cosials, A. / Sidow, J.F. / Jimenez-Menendez, N. / Fernandez-Millan, P. / Montoya, J. / Jacobs, H.T. / Coll, M. / Bernado, P. / Sola, M.
履歴
登録2011年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22011年11月16日Group: Database references
改定 1.32017年1月11日Group: Other
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor A, mitochondrial
B: Transcription factor A, mitochondrial
C: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*(BRU)P*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*(BRU)P*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9949
ポリマ－78,5546
非ポリマー4393
水3,351186
1
A: Transcription factor A, mitochondrial
C: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*(BRU)P*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3724
ポリマ－39,2773
非ポリマー951
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8590 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17840 Å2
手法PISA
2
B: Transcription factor A, mitochondrial
E: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*(BRU)P*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6225
ポリマ－39,2773
非ポリマー3442
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8960 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.900, 117.200, 56.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transcription factor A, mitochondrial / mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / ...mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / Transcription factor 6-like 2


分子量: 25708.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CR407653.1, TCF6, TCF6L2, TFAM / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q00059

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*(BRU)P*AP*AP*C)-3')


分子量: 6659.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in humans. DNA nt 424-445 LSP
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*TP*A)-3')


分子量: 6909.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in humans. Complementary DNA nt 424-445 LSP
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 189分子

#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 37.5% (v/v) PEG1000, 300 mM sodium chloride, 0.1 M Na,K-phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月13日
詳細: Focusing mirrors: one pair of (300x40x15) mm3 long Pt coated Si mirror, 260mm usable, in a Kirkpatrick-Baez geometry;
放射モノクロメーター: monochromator (horizontally side diffracting Silicon 111 crystal)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→40.84 Å / Num. obs: 28529 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 59.217 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2.45-2.577.40.4674.2303500.467100
2.58-2.737.30.3345.9282680.33499.9
2.74-2.927.30.2268.3267530.226100
2.93-3.157.10.1412.6243770.1499.9
3.16-3.456.90.08119.8216130.08199.7
3.46-3.866.70.06224.8192580.06299.9
3.87-4.466.60.04830.7168500.04899.7
4.47-5.476.60.04233.6144760.04299.8
5.48-7.746.50.03835.1113110.038100
7.75-406.10.03140.761620.03198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→40.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9378 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2283 992 3.48 %RANDOM
Rwork0.1816 ---
obs0.1832 28483 --
all-2954 --
原子変位パラメータBiso mean: 41.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9362 Å20 Å20 Å2
2---8.0574 Å20 Å2
3---4.1212 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.309 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→40.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3237 1792 28 186 5243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0125380HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.47593HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d22293SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes2108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5588HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it205380HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd50SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.65
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5686SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance194HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact45465SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2836 103 3.49 %
Rwork0.2084 2851 -
all0.2111 2954 -
obs-28483 3.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8527-0.56120.39340.7703-0.27890.38160.0796-0.03130.0827-0.1221-0.0259-0.0886-0.0674-0.0425-0.0537-0.0330.01020.0543-0.0101-0.0191-0.1198-22.215133.8141-15.0633
20.4205-0.6371-0.23991.23880.1050.60450.03620.0111-0.0172-0.093-0.00430.1290.0077-0.0886-0.0319-0.11130.0174-0.03190.0013-0.0028-0.0847-47.590519.7731-10.5944
32.3396-1.04070.80842.8134-1.338900.02050.0122-0.09670.0312-0.1207-0.25110.0262-0.13270.1003-0.06080.00790.0558-0.0478-0.0011-0.0023-24.013638.4397-14.8951
41.6322-2.76070.87473.3082-0.3390-0.0367-0.0502-0.12930.0442-0.0705-0.06090.1292-0.09870.1072-0.0216-0.00390.056-0.02110.0186-0.0262-22.395736.1384-15.0827
51.6481-2.09840.32042.9159-0.8070-0.00070.0531-0.0409-0.01320.04730.1758-0.07070.0739-0.0467-0.07010.0047-0.0217-0.00840.03740.0073-45.512315.3216-9.2941
63.6447-4.64031.16585.125-1.66260.4432-0.0069-0.0456-0.0108-0.0040.030.2291-0.252-0.0649-0.0231-0.10010.0301-0.0140.04710.0178-0.0992-47.029217.3789-10.2617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A44 - 237
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B44 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 22
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 22
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E1 - 22
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F1 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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