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万見
- PDB-3puf: Crystal structure of human RNase H2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3puf
タイトルCrystal structure of human RNase H2 complex
要素
  • Ribonuclease H2 subunit A
  • Ribonuclease H2 subunit B
  • Ribonuclease H2 subunit C
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / RNase H fold / triple barrel fold / RNase H (リボヌクレアーゼH)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleotide metabolic process / ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / regulation of DNA damage checkpoint / RNA catabolic process / リボヌクレアーゼH / DNAミスマッチ修復 / RNA nuclease activity / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of fibroblast proliferation ...ribonucleotide metabolic process / ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / regulation of DNA damage checkpoint / RNA catabolic process / リボヌクレアーゼH / DNAミスマッチ修復 / RNA nuclease activity / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of fibroblast proliferation / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 遺伝子発現 / fibroblast proliferation / in utero embryonic development / DNA複製 / negative regulation of gene expression / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #680 / Ribonuclease H2, subunit C / Ribonuclease H2 non-catalytic subunit (Ylr154p-like) / Ribonuclease H2 subunit B, wHTH domain / Ribonuclease H2 subunit B / Rnh202, triple barrel domain / Ydr279p protein family (RNase H2 complex component) wHTH domain / Ydr279p protein triple barrel domain / Ribonuclease hii. Domain 2 / Ribonuclease H2, subunit A ...Lipocalin - #680 / Ribonuclease H2, subunit C / Ribonuclease H2 non-catalytic subunit (Ylr154p-like) / Ribonuclease H2 subunit B, wHTH domain / Ribonuclease H2 subunit B / Rnh202, triple barrel domain / Ydr279p protein family (RNase H2 complex component) wHTH domain / Ydr279p protein triple barrel domain / Ribonuclease hii. Domain 2 / Ribonuclease H2, subunit A / Ribonuclease HII, helix-loop-helix cap domain superfamily / Ribonuclease (RNase) H type-2 domain profile. / Ribonuclease HII/HIII / Ribonuclease HII/HIII domain / Ribonuclease HII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Lipocalin / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease H2 subunit A / Ribonuclease H2 subunit B / Ribonuclease H2 subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Figiel, M. / Chon, H. / Cerritelli, S.M. / Cybulska, M. / Crouch, R.J. / Nowotny, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The structural and biochemical characterization of human RNase H2 complex reveals the molecular basis for substrate recognition and Aicardi-Goutieres syndrome defects.
著者: Figiel, M. / Chon, H. / Cerritelli, S.M. / Cybulska, M. / Crouch, R.J. / Nowotny, M.
履歴
登録2010年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年8月29日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H2 subunit A
B: Ribonuclease H2 subunit B
C: Ribonuclease H2 subunit C
D: Ribonuclease H2 subunit A
E: Ribonuclease H2 subunit B
F: Ribonuclease H2 subunit C
G: Ribonuclease H2 subunit A
H: Ribonuclease H2 subunit B
I: Ribonuclease H2 subunit C
J: Ribonuclease H2 subunit A
K: Ribonuclease H2 subunit B
L: Ribonuclease H2 subunit C
M: Ribonuclease H2 subunit A
N: Ribonuclease H2 subunit B
O: Ribonuclease H2 subunit C
P: Ribonuclease H2 subunit A
Q: Ribonuclease H2 subunit B
R: Ribonuclease H2 subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,89618
ポリマ－465,89618
非ポリマー00
水1,63991
1
A: Ribonuclease H2 subunit A
B: Ribonuclease H2 subunit B
C: Ribonuclease H2 subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6493
ポリマ－77,6493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10210 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area25710 Å2
手法PISA
2
D: Ribonuclease H2 subunit A
E: Ribonuclease H2 subunit B
F: Ribonuclease H2 subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6493
ポリマ－77,6493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10570 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area25790 Å2
手法PISA
3
G: Ribonuclease H2 subunit A
H: Ribonuclease H2 subunit B
I: Ribonuclease H2 subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6493
ポリマ－77,6493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11200 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area27460 Å2
手法PISA
4
J: Ribonuclease H2 subunit A
K: Ribonuclease H2 subunit B
L: Ribonuclease H2 subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6493
ポリマ－77,6493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9440 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area25670 Å2
手法PISA
5
M: Ribonuclease H2 subunit A
N: Ribonuclease H2 subunit B
O: Ribonuclease H2 subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6493
ポリマ－77,6493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9850 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area25180 Å2
手法PISA
6
P: Ribonuclease H2 subunit A
Q: Ribonuclease H2 subunit B
R: Ribonuclease H2 subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6493
ポリマ－77,6493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8960 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area24880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.068, 108.366, 114.264
Angle α, β, γ (deg.)105.90, 103.71, 111.42
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Ribonuclease H2 subunit A / RNase H2A / RNase H2 subunit A / Aicardi-Goutieres syndrome 4 protein / AGS4 / RNase H(35) / ...RNase H2A / RNase H2 subunit A / Aicardi-Goutieres syndrome 4 protein / AGS4 / RNase H(35) / Ribonuclease HI large subunit / RNase HI large subunit / Ribonuclease HI subunit A


分子量: 33724.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASEH2A, RNASEHI, RNHIA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75792, リボヌクレアーゼH
#2: タンパク質
Ribonuclease H2 subunit B / RNase H2B / RNase H2 subunit B / Aicardi-Goutieres syndrome 2 protein / AGS2 / Deleted in ...RNase H2B / RNase H2 subunit B / Aicardi-Goutieres syndrome 2 protein / AGS2 / Deleted in lymphocytic leukemia 8 / Ribonuclease HI subunit B


分子量: 25780.783 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASEH2B, DLEU8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TBB1, リボヌクレアーゼH
#3: タンパク質
Ribonuclease H2 subunit C / RNase H2C / RNase H2 subunit C / Aicardi-Goutieres syndrome 3 protein / AGS3 / RNase H1 small ...RNase H2C / RNase H2 subunit C / Aicardi-Goutieres syndrome 3 protein / AGS3 / RNase H1 small subunit / Ribonuclease HI subunit C


分子量: 18144.414 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASEH2C, AYP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TDP1, リボヌクレアーゼH
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M MgCl2, 15% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), and 2mM reduced glutathione, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 63130 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 69.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KIO

3kio


解像度: 3.1→44.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9039 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8611 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2554 3206 5.08 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.2057 62816 --
原子変位パラメータBiso mean: 64.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1188 Å2-10.8887 Å28.0403 Å2
2--4.0317 Å2-2.3204 Å2
3----8.1505 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.524 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→44.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25729 0 0 91 25820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.008263302
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.03359782
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d82692
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes4902
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes39335
X-RAY DIFFRACTIONt_it2633020
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.23
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion35155
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact283824
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3079 236 5.61 %
Rwork0.235 3968 -
all0.2394 4204 -

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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