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- PDB-3mbv: Structure of bacterirhodopsin crystallized in betta-XylOC(16+4) m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mbv
タイトルStructure of bacterirhodopsin crystallized in betta-XylOC(16+4) meso phase
要素Bacteriorhodopsinバクテリオロドプシン
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BXC / レチナール / バクテリオロドプシン
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Borshchevskiy, V. / Moiseeva, E. / Kuklin, A. / Bueldt, G. / Hato, M. / Gordeliy, V.
引用ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 2010
タイトル: Isoprenoid-chained lipid beta-XylOC16+4 A novel molecule for in meso membrane protein crystallization
著者: Borshchevskiy, V. / Moiseeva, E. / Kuklin, A. / Bueldt, G. / Hato, M. / Gordeliy, V.
履歴
登録2010年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5303
ポリマ－26,8141
非ポリマー7152
水39622
1
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5899
ポリマ－80,4433
非ポリマー2,1456
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area25290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.348, 61.348, 109.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / バクテリオロドプシン / BR


分子量: 26814.412 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-261 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 株: S9 / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-BXC / (3R,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadecyl alpha-D-ribopyranoside


分子量: 430.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H50O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細LIGAND BXC IS REFERENCED AS 1-O-(3,7,11,15-TETRAMETHYLHEXADECYL)- BETA-D-XYLOSIDE IN THE PRIMARY CITATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: in meso crystallization / 詳細: in meso crystallization, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月10日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.666
11K, H, -L20.334
反射解像度: 2→53.13 Å / Num. all: 13746 / Num. obs: 13746 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1989 / % possible all: 87

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C3W

1c3w


解像度: 2→47.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 3.755 / SU ML: 0.1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 696 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all-13711 --
obs-13711 86.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.63 Å2 / Biso mean: 21.068 Å2 / Biso min: 5.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.45 Å20 Å20 Å2
2---8.45 Å20 Å2
3---16.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1719 0 50 22 1791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221809
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5372.0012468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0593.0082829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1775220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.47121.63655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.17615268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.002157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7071.51093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1971.5461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20721754
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9813716
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.874.5714
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 52 -
Rwork0.137 938 -
all-990 -
obs-938 85.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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