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- PDB-3kdm: Crystal Structure of Human Anti-steroid Fab 5F2 in Complex with T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kdm
タイトルCrystal Structure of Human Anti-steroid Fab 5F2 in Complex with Testosterone
要素
  • Immunoglobulin heavy chain免疫グロブリン重鎖
  • Immunoglobulin light chain免疫グロブリン軽鎖
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody (抗体) / Immunoglobulin Fab fragment / Anti-steroid
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / テストステロン
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Niemi, M.H. / Rouvinen, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2010
タイトル: The testosterone binding mechanism of an antibody derived from a naive human scFv library
著者: Niemi, M.H. / Takkinen, K. / Amundsen, L.K. / Soderlund, H. / Rouvinen, J. / Hoyhtya, M.
履歴
登録2009年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月7日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Immunoglobulin light chain
H: Immunoglobulin heavy chain
A: Immunoglobulin light chain
B: Immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7776
ポリマ－94,2004
非ポリマー5772
水16,556919
1
L: Immunoglobulin light chain
H: Immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3893
ポリマ－47,1002
非ポリマー2881
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
2
A: Immunoglobulin light chain
B: Immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3893
ポリマ－47,1002
非ポリマー2881
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.750, 67.080, 67.060
Angle α, β, γ (deg.)81.320, 69.300, 69.270
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin light chain / 免疫グロブリン軽鎖


分子量: 23373.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RV308
#2: 抗体 Immunoglobulin heavy chain / 免疫グロブリン重鎖


分子量: 23726.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RV308
#3: 化合物 ChemComp-TES / TESTOSTERONE / テストステロン / テストステロン


分子量: 288.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 919 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 12% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0091 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0091 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-l,-k / Fraction: 0.501
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 163180 / Num. obs: 151891 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MHP

1mhp


解像度: 1.5→48.25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.832 / σ(F): 1.99
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 8100 5.33 %random
Rwork0.18 ---
obs0.181 151891 93.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.896 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 59.06 Å2 / Biso mean: 20.116 Å2 / Biso min: 10.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.805 Å20.84 Å21.11 Å2
2--2.126 Å2-5.291 Å2
3---2.679 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6564 0 42 919 7525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6589233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0981040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071176
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9332379
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5-1.5260.283680.28269957363
1.526-1.5540.2883730.27670897462
1.554-1.5840.2623750.26371227497
1.584-1.6160.283800.25272137593
1.616-1.6510.2743740.25571147488
1.651-1.690.2753810.24872287609
1.69-1.7320.253770.24971777554
1.732-1.7790.2543800.24272157595
1.779-1.8310.2583780.2471767554
1.831-1.890.2343800.22472257605
1.89-1.9580.2453820.22172527634
1.958-2.0360.2353800.21472227602
2.036-2.1290.2283800.20172147594
2.129-2.2410.2243860.19673467732
2.241-2.3820.2123850.19373047689
2.382-2.5660.2173830.19172927675
2.566-2.8240.2093840.17472967680
2.824-3.2320.2043810.15172397620
3.232-4.0720.1523830.11872737656
4.072-48.2760.1473850.11773047689

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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