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万見
- PDB-3j9x: A Virus that Infects a Hyperthermophile Encapsidates A-Form DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j9x
タイトルA Virus that Infects a Hyperthermophile Encapsidates A-Form DNA
要素
  • DNAデオキシリボ核酸
  • coat protein
キーワードVIRUS (ウイルス) / archaeal virus / helical symmetry
機能・相同性
機能・相同性情報


Sulfolobus virus, coat protein, C-terminal / Sulfolobus virus coat protein C terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #800 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Sulf_coat_C domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者DiMaio, F. / Yu, X. / Rensen, E. / Krupovic, M. / Prangishvili, D. / Egelman, E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Virology. A virus that infects a hyperthermophile encapsidates A-form DNA.
著者: Frank DiMaio / Xiong Yu / Elena Rensen / Mart Krupovic / David Prangishvili / Edward H Egelman /
要旨: Extremophiles, microorganisms thriving in extreme environmental conditions, must have proteins and nucleic acids that are stable at extremes of temperature and pH. The nonenveloped, rod-shaped virus ...Extremophiles, microorganisms thriving in extreme environmental conditions, must have proteins and nucleic acids that are stable at extremes of temperature and pH. The nonenveloped, rod-shaped virus SIRV2 (Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2) infects the hyperthermophilic acidophile Sulfolobus islandicus, which lives at 80°C and pH 3. We have used cryo-electron microscopy to generate a three-dimensional reconstruction of the SIRV2 virion at ~4 angstrom resolution, which revealed a previously unknown form of virion organization. Although almost half of the capsid protein is unstructured in solution, this unstructured region folds in the virion into a single extended α helix that wraps around the DNA. The DNA is entirely in the A-form, which suggests a common mechanism with bacterial spores for protecting DNA in the most adverse environments.
履歴
登録2015年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_single_particle_entity / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6310
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6310
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6310
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: coat protein
B: coat protein
C: coat protein
D: coat protein
E: coat protein
F: coat protein
G: coat protein
H: coat protein
I: coat protein
J: coat protein
K: coat protein
L: coat protein
M: coat protein
N: coat protein
O: coat protein
P: coat protein
Q: coat protein
R: coat protein
S: coat protein
T: coat protein
U: coat protein
V: coat protein
W: coat protein
X: coat protein
Y: coat protein
Z: coat protein
a: coat protein
b: coat protein
c: coat protein
d: coat protein
e: coat protein
f: coat protein
g: coat protein
h: coat protein
i: coat protein
j: coat protein
k: coat protein
l: coat protein
m: coat protein
n: coat protein
o: coat protein
p: coat protein
q: coat protein
r: coat protein
s: coat protein
t: coat protein
u: coat protein
v: coat protein
w: coat protein
x: coat protein
y: coat protein
z: coat protein
1: coat protein
2: coat protein
3: coat protein
4: coat protein
5: coat protein
6: coat protein
7: DNA
8: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,012,87260
ポリマ－1,012,87260
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 30 / Rise per n subunits: 2.9 Å / Rotation per n subunits: 24.5 °)
詳細The helical parameters generate the capsid filament from chains A and B.

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要素

#1: タンパク質 ...
coat protein


分子量: 13760.465 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: Q8V9P2
#2: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 107382.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 / タイプ: VIRUS / 別称: SIRV2
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: ARCHAEA / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Sulfolobus islandicus
緩衝液pH: 6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年9月19日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 437
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア名称: SPIDER / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: multiply images by CTF, divide reconstruction by sum of CTF**2
らせん対称回転角度/サブユニット: 24.5 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.9 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成手法: IHRSR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ピクセルサイズ（公称値）: 1.05 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.05 Å / 詳細: (Helical Details: IHRSR) / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数56434 14268 0 0 70702

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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