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- PDB-3j81: CryoEM structure of a partial yeast 48S preinitiation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j81
タイトルCryoEM structure of a partial yeast 48S preinitiation complex
要素
  • 18S rRNA18S ribosomal RNA
  • Met-tRNAi
  • RACK1Receptor for activated C kinase 1
  • eIF1
  • eIF1AEIF1AX
  • eIF2 alpha
  • eIF2 beta
  • eIF2 gamma
  • eL41
  • eS1
  • eS10
  • eS12
  • eS17
  • eS19
  • eS21
  • eS24
  • eS25
  • eS26
  • eS27
  • eS28
  • eS30
  • eS31
  • eS4
  • eS6
  • eS7
  • eS8
  • mRNA伝令RNA
  • uS10
  • uS11
  • uS12
  • uS13
  • uS14
  • uS15
  • uS17
  • uS19
  • uS2
  • uS3
  • uS4
  • uS5
  • uS7
  • uS8
  • uS9
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / eukaryotic translation initiation / 48S / small ribosome subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of translation initiation ternary complex / Recycling of eIF2:GDP / ABC-family proteins mediated transport / methionyl-initiator methionine tRNA binding / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / formation of cytoplasmic translation initiation complex ...formation of translation initiation ternary complex / Recycling of eIF2:GDP / ABC-family proteins mediated transport / methionyl-initiator methionine tRNA binding / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / formation of cytoplasmic translation initiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of translational fidelity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal small subunit binding / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / regulation of translational fidelity / translation initiation factor binding / translational initiation / translation initiation factor activity / cytosolic ribosome / maintenance of translational fidelity / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytoplasmic stress granule / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / double-stranded RNA binding / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #150 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2650 / EIF_2_alpha / SUI1-like domain / Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 / Ribosomal protein S17 / Translation Initiation Factor Eif1 / Ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S8e, subdomain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 ...N-terminal domain of TfIIb - #150 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2650 / EIF_2_alpha / SUI1-like domain / Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 / Ribosomal protein S17 / Translation Initiation Factor Eif1 / Ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S8e, subdomain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S4, central domain / Phosducin; domain 2 / Ribosomal protein S21 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / N-terminal domain of TfIIb / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / IF2a, S1-like domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S15/NS1, RNA-binding / SH3 type barrels. - #30 / K homology (KH) domain / Ribosomal protein L30/S12 / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Other non-globular / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S12e / : / Translation factors / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S26e signature. / S1 domain profile. / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal
類似検索 - ドメイン・相同性
メチオニン / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / KLLA0B11231p / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Small ribosomal subunit protein eS32A / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Small ribosomal subunit protein uS11 ...メチオニン / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / KLLA0B11231p / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Small ribosomal subunit protein eS32A / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / Eukaryotic translation initiation factor eIF-1 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Eukaryotic translation initiation factor 1A / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / KLLA0F09812p / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / KLLA0E23673p / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / KLLA0E12277p / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0D10659p / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / KLLA0B08173p / Small ribosomal subunit protein uS8 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / KLLA0A10483p / KLLA0A07194p / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Kluyveromyces lactis (酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Hussain, T. / Llacer, J.L. / Fernandez, I.S. / Savva, C.G. / Ramakrishnan, V.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Structural changes enable start codon recognition by the eukaryotic translation initiation complex.
著者: Tanweer Hussain / Jose L Llácer / Israel S Fernández / Antonio Munoz / Pilar Martin-Marcos / Christos G Savva / Jon R Lorsch / Alan G Hinnebusch / V Ramakrishnan /
要旨: During eukaryotic translation initiation, initiator tRNA does not insert fully into the P decoding site on the 40S ribosomal subunit. This conformation (POUT) is compatible with scanning mRNA for the ...During eukaryotic translation initiation, initiator tRNA does not insert fully into the P decoding site on the 40S ribosomal subunit. This conformation (POUT) is compatible with scanning mRNA for the AUG start codon. Base pairing with AUG is thought to promote isomerization to a more stable conformation (PIN) that arrests scanning and promotes dissociation of eIF1 from the 40S subunit. Here, we present a cryoEM reconstruction of a yeast preinitiation complex at 4.0 Å resolution with initiator tRNA in the PIN state, prior to eIF1 release. The structure reveals stabilization of the codon-anticodon duplex by the N-terminal tail of eIF1A, changes in the structure of eIF1 likely instrumental in its subsequent release, and changes in the conformation of eIF2. The mRNA traverses the entire mRNA cleft and makes connections to the regulatory domain of eIF2?, eIF1A, and ribosomal elements that allow recognition of context nucleotides surrounding the AUG codon.
履歴
登録2014年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2763
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
2: 18S rRNA
A: uS2
B: eS1
C: uS5
D: uS3
E: eS4
F: uS7
G: eS6
H: eS7
I: eS8
J: uS4
K: eS10
L: uS17
M: eS12
N: uS15
O: uS11
P: uS19
Q: uS9
R: eS17
S: uS13
T: eS19
U: uS10
V: eS21
W: uS8
X: uS12
Y: eS24
Z: eS25
a: eS26
b: eS27
c: eS28
f: eS31
g: RACK1
d: uS14
e: eS30
h: eL41
1: Met-tRNAi
3: mRNA
i: eIF1A
j: eIF2 alpha
m: eIF1
k: eIF2 gamma
l: eIF2 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,364,523127
ポリマ－1,362,20942
非ポリマー2,31485
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 213

#1: RNA鎖 18S rRNA / 18S ribosomal RNA


分子量: 579545.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母)
#36: RNA鎖 Met-tRNAi


分子量: 24223.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcribed tRNA, aminoacylated
#37: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 7786.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

+
タンパク質 , 38種, 38分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcf...

#2: タンパク質 uS2


分子量: 28264.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CN12
#3: タンパク質 eS1


分子量: 28971.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWD0
#4: タンパク質 uS5


分子量: 27649.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CKL3
#5: タンパク質 uS3


分子量: 26300.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRK7
#6: タンパク質 eS4


分子量: 29617.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWJ2
#7: タンパク質 uS7


分子量: 25385.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRA3
#8: タンパク質 eS6


分子量: 26970.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM04
#9: タンパク質 eS7


分子量: 21735.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CTD6
#10: タンパク質 eS8


分子量: 22642.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CMG3
#11: タンパク質 uS4


分子量: 21587.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM18
#12: タンパク質 eS10


分子量: 12584.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CVZ5
#13: タンパク質 uS17


分子量: 17843.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CX80
#14: タンパク質 eS12


分子量: 14466.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CLU4
#15: タンパク質 uS15


分子量: 16989.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CJK0
#16: タンパク質 uS11


分子量: 14530.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P27069
#17: タンパク質 uS19


分子量: 15768.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CKV4
#18: タンパク質 uS9


分子量: 15874.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q875N2
#19: タンパク質 eS17


分子量: 15722.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWU3
#20: タンパク質 uS13


分子量: 17084.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWT9
#21: タンパク質 eS19


分子量: 15879.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXM0
#22: タンパク質 uS10


分子量: 13337.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CIM1
#23: タンパク質 eS21


分子量: 9797.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXT6
#24: タンパク質 uS8


分子量: 14645.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW21
#25: タンパク質 uS12


分子量: 16047.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: F2Z602
#26: タンパク質 eS24


分子量: 15194.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CU44
#27: タンパク質 eS25


分子量: 12002.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW78
#28: タンパク質 eS26


分子量: 13539.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CS01
#29: タンパク質 eS27


分子量: 8884.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNL2
#30: タンパク質 eS28


分子量: 7549.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P33285
#31: タンパク質 eS31


分子量: 17110.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P69061
#32: タンパク質 RACK1 / Receptor for activated C kinase 1


分子量: 35830.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNI7
#33: タンパク質 uS14


分子量: 6662.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CPG3
#34: タンパク質 eS30


分子量: 7141.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CUH5
#38: タンパク質 eIF1A / EIF1AX


分子量: 17462.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38912
#39: タンパク質 eIF2 alpha


分子量: 34317.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20459
#40: タンパク質 eIF1 /


分子量: 12330.147 Da / 分子数: 1 / Mutation: S264Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32911
#41: タンパク質 eIF2 gamma


分子量: 57942.699 Da / 分子数: 1 / Mutation: U31:A39 double mutation / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32481
#42: タンパク質 eIF2 beta


分子量: 31631.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P09064

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 h

#35: タンパク質・ペプチド eL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CX86

-
非ポリマー , 3種, 85分子

#43: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#44: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#45: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1Partial yeast 48S preinitiation complexCOMPLEX0
2Ribosome small subunitリボソームRIBOSOME1
3Eukaryotic initiation factor 1真核生物の翻訳開始因子1
4Eukaryotic initiation factor 1A1
5Eukaryotic initiation factor 2真核生物の翻訳開始因子1
6Initiator transfer RNA1
7Messenger RNA伝令RNA1
分子量値: 1.2 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
pH: 6.5
詳細: 20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
試料濃度: 0.17 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil R2/2 400 mesh copper grids with 4-5 nm thin carbon on top
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / Temp: 120 K / 湿度: 100 %
詳細: Blot for 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I)
手法: Blot for 2.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2013年10月28日
詳細: Complete dataset was collected in 5 non-consecutive days
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 78000 X / 倍率（補正後）: 104478 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ資料ホルダタイプ: GATAN LIQUID NITROGEN
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1791
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0077 2014/05/16 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk
解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1REFMACモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3EMAN2３次元再構成
4RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29698 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.34 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.34 Å
詳細: The local resolution for chains k and l (lower-case chain IDs) is worse than the rest of the map. Therefore, these chains were docked as a rigid body into an 8 Angstrom-resolution low-pass ...詳細: The local resolution for chains k and l (lower-case chain IDs) is worse than the rest of the map. Therefore, these chains were docked as a rigid body into an 8 Angstrom-resolution low-pass filtered map and then edited to remove clashes. The quality of this portion of the model is to be considered lower than the rest of the model.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: R-factor, FSC / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--flexible
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
13U5B

3u5b
PDB 未公開エントリ

23U5B1
23U5C

3u5c
PDB 未公開エントリ

3U5C2
33V11

3v11

3V113
精密化詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数43840 39828 92 0 83760

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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