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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g6j | ||||||
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タイトル | C3b in complex with a C3b specific Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Complement / C3b / Fab / Antibody:Antigen / Age-related macular degeneration (黄斑変性症) / Cleavage on pair of basic residues / Complement alternate pathway / Complement pathway / Disease mutation / Glycoprotein (糖タンパク質) / Immune response (免疫応答) / Inflammatory response (炎症) / Innate immunity (自然免疫系) / Phosphoprotein / Secreted (分泌) / Thioester bond (チオエステル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway ...oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of phagocytosis, engulfment / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of glucose transmembrane transport / 補体依存性細胞傷害 / complement activation, alternative pathway / 補体 / neuron remodeling / endopeptidase inhibitor activity / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / complement activation, classical pathway / Peptide ligand-binding receptors / fatty acid metabolic process / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / azurophil granule lumen / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / 免疫応答 / 炎症 / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wiesmann, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: Structural and Functional Analysis of a C3b-specific Antibody That Selectively Inhibits the Alternative Pathway of Complement 著者: Katschke, K.J. / Stawicki, S. / Yin, J. / Steffek, M. / Xi, H. / Sturgeon, L. / Hass, P.E. / Loyet, K.M. / Deforge, L. / Wu, Y. / van Lookeren Campagne, M. / Wiesmann, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3g6j.cif.gz | 768.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3g6j.ent.gz | 620.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3g6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/3g6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/3g6j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2icfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71322.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024 #2: タンパク質 | 分子量: 104073.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024 #3: 抗体 | 分子量: 23345.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #4: 抗体 | 分子量: 23793.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #5: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: Crystals of the C3b:S77 complex were obtained within a week at 19\xB0 C from 4 ml hanging drops, consisting of a 1:1 ratio of protein solution (10 mg/ml protein in 50 mM NaCl, 25 mM TRIS pH 7. ...詳細: Crystals of the C3b:S77 complex were obtained within a week at 19\xB0 C from 4 ml hanging drops, consisting of a 1:1 ratio of protein solution (10 mg/ml protein in 50 mM NaCl, 25 mM TRIS pH 7.8) to mother liquor (10% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 100 mM Na-HEPES, pH 7.0), suspended over mother liquor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月8日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→50 Å / Num. all: 101495 / Num. obs: 101590 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.0135 |
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 10108 / Rsym value: 0.667 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2ICF 解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 49.527 / SU ML: 0.401 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.518 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.199 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.162 Å / Total num. of bins used: 25
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -47.5365 Å / Origin y: 19.9956 Å / Origin z: -34.7955 Å
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精密化 TLSグループ |
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