PDB-2yey: Crystal structure of the allosteric-defective chaperonin GroEL E4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yey

タイトル

Crystal structure of the allosteric-defective chaperonin GroEL E434K mutant

要素

60 KDA CHAPERONIN

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) /

CHAPERONIN /

COOPERATIVITY / TWINNING / LOW-RESOLUTION REFINEMENT

機能・相同性

機能・相同性情報

GroEL-GroES complex /

chaperonin ATPase /

virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding /

isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding /

フォールディング / response to heat ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.5 Å

データ登録者

Cabo-Bilbao, A. / Mechaly, A.E. / Agirre, J. / Spinelli, S. / Sot, B. / Muga, A. / Guerin, D.M.A.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the Temperature-Sensitive and Allosteric-Defective Chaperonin Groele461K.
著者: Cabo-Bilbao, A. / Spinelli, S. / Sot, B. / Agirre, J. / Mechaly, A.E. / Muga, A. / Guerin, D.M.A.

履歴

登録	2011年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2011年5月18日	ID: 3FBH
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references / Other ...Database references / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yey.cif.gz	2.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yey.ent.gz	2.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yey.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/2yey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/2yey	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2eu1C 1xckS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5opw-d 2ynj-d 5w0s-d 4hel-d 4wsc-d 1oel-1 6kfv-d 1xck-d 2nwc-d 3e76-d 4wgl-d 4v43-2 3c9v-d 1ss8-1 4v43-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (11)

登録構造単位

A: 60 KDA CHAPERONIN

B: 60 KDA CHAPERONIN

C: 60 KDA CHAPERONIN

D: 60 KDA CHAPERONIN

E: 60 KDA CHAPERONIN

F: 60 KDA CHAPERONIN

G: 60 KDA CHAPERONIN

H: 60 KDA CHAPERONIN

I: 60 KDA CHAPERONIN

J: 60 KDA CHAPERONIN

K: 60 KDA CHAPERONIN

L: 60 KDA CHAPERONIN

M: 60 KDA CHAPERONIN

N: 60 KDA CHAPERONIN

773 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.908, 171.908, 454.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	60 KDA CHAPERONIN / GROEL PROTEIN / PROTEIN CPN60 分子量: 55220.172 Da / 分子数: 14 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: POF39 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A6F5
配列の詳細	RESIDUE 1 IS AN INITIATOR METHIONINE AND IS REMOVED.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.5 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.5
反射	解像度: 4.5→20 Å / Num. obs: 87597 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 4.5→4.74 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XCK

1xck

解像度: 4.5→19.992 Å / σ(F): 0.93 / 位相誤差: 22.75 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	4012	2.4 %
R_work	0.1669	-	-
obs	0.1653	87551	96.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 99 Å² / k_sol: 0.316 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.2812 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.2812 Å²	0 Å²
3-	-	-	16.5623 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.5→19.992 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	53984	0	0	0	53984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.029	57208
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.298	73416
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.014	20524
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.111	8932
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	9618

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.5021-4.5788	0.2802	192	0.2362	8259	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5788-4.661	0.279	198	0.2308	8412	X-RAY DIFFRACTION	95
4.661-4.7495	0.2892	199	0.2198	8232	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7495-4.8451	0.3098	191	0.2146	8298	X-RAY DIFFRACTION	95
4.8451-4.9489	0.2618	210	0.2144	8343	X-RAY DIFFRACTION	95
4.9489-5.0622	0.2494	197	0.2069	8527	X-RAY DIFFRACTION	95
5.0622-5.1866	0.2759	207	0.2145	8202	X-RAY DIFFRACTION	95
5.1866-5.3243	0.2875	197	0.2101	8345	X-RAY DIFFRACTION	95
5.3243-5.4779	0.3093	192	0.2077	8318	X-RAY DIFFRACTION	95
5.4779-5.6508	0.2887	186	0.2086	8331	X-RAY DIFFRACTION	95
5.6508-5.8479	0.2867	176	0.1981	8393	X-RAY DIFFRACTION	95
5.8479-6.0757	0.3191	180	0.1962	8298	X-RAY DIFFRACTION	95
6.0757-6.3438	0.2779	191	0.1905	8309	X-RAY DIFFRACTION	94
6.3438-6.6665	0.2635	199	0.1737	8260	X-RAY DIFFRACTION	94
6.6665-7.0668	0.208	198	0.1514	8299	X-RAY DIFFRACTION	94
7.0668-7.5846	0.171	207	0.1343	8210	X-RAY DIFFRACTION	94
7.5846-8.2979	0.1927	177	0.1121	8269	X-RAY DIFFRACTION	94
8.2979-9.3882	0.1392	221	0.0859	8195	X-RAY DIFFRACTION	93
9.3882-11.4462	0.1782	187	0.0906	8241	X-RAY DIFFRACTION	93
11.4462-19.9919	0.3505	195	0.1708	8025	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3455	-0.1599	-0.1202	0.0572	0.2847	0.8417	-0.0152	-0.0368	-0.097	-0.0616	-0.1391	0.1391	0.272	0.0089	0.0594	0.9744	-0.1431	0.0413	0.8018	-0.0421	1.0112	-17.432	-33.1811	-35.0454
2	0.7964	-0.0696	0.3841	0.4181	-0.3866	0.5052	-0.4535	-0.1636	-0.5613	-0.5233	0.1483	-0.231	-0.2343	0.0606	0.1439	1.2829	-0.0441	0.3592	0.8308	0.0583	1.5941	-21.9994	-62.1402	-22.2359
3	0.1955	0.2255	-0.0266	0.6661	-0.1958	0.1005	0.225	0.2104	-0.0258	0.0188	-0.0712	-0.2592	-0.2565	-0.0482	-0.0462	1.0572	-0.0237	0.4134	0.7585	-0.1167	1.3325	-18.5045	-63.0443	-51.3527
4	0.0996	0.0767	-0.1004	0.0143	0.0068	0.0081	0.307	0.0267	-0.4174	-0.1691	0.2593	0.0609	0.0875	-0.041	-0.0278	0.9921	0.1465	0.2349	0.8222	-0.2485	1.1916	-15.7202	-69.7859	-52.3384
5	0.434	0.313	-0.1614	0.039	0.089	0.0062	-0.1874	-0.1601	-0.5966	0.1794	-0.3303	0.3358	-0.0045	0.0748	0.3281	1.2144	0.061	0.0154	0.7505	-0.1766	1.3979	-12.7106	-54.1237	-28.1756
6	0.1401	0.0391	0.1258	0.6303	0.3213	0.2267	-0.1825	-0.136	0.0057	0.4876	-0.1817	0.0261	-0.3313	0.0058	0.1006	1.1247	-0.1911	0.0901	0.6782	0.0068	0.4529	-22.6027	-38.5063	-10.4247
7	0.0311	-0.1247	-0.0525	0.4661	0.2286	0.3703	-0.0869	0.1637	-0.3985	0.0979	-0.0975	0.2921	-0.1186	-0.0093	-0.0046	1.3475	0.0575	-0.0598	0.793	0.153	1.3343	-10.9359	-35.942	-35.4276
8	0.7635	0.0969	0.2106	0.0146	0.039	0.0872	-0.4384	0.0767	0.4805	0.1111	-0.0327	0.1523	-0.3056	-0.106	0.2841	0.6764	-0.1149	-0.0327	0.485	0.0502	1.3266	-44.4137	-27.0361	-37.432
9	0.2113	-0.2059	-0.033	0.2794	-0.0319	0.3594	-0.0174	0.0228	-0.0606	0.3236	-0.5066	-0.1197	0.4045	-0.1027	0.2103	1.1251	-0.1928	0.0368	0.706	-0.1152	1.2381	-56.263	-34.2071	-43.8393
10	0.7724	0.42	-0.3296	1.1092	-0.1393	0.1246	-0.0237	-0.1284	-0.5392	-0.6706	-0.0416	-0.9049	-0.1535	-0.1341	0.2109	1.2568	0.0097	-0.0288	0.8404	0.1424	1.2728	-49.8848	-34.7589	-22.5565
11	0.8886	0.0405	0.0496	0.014	-0.0629	0.6232	0.1992	0.0931	0.2239	0.0321	-0.0387	-0.0285	0.3034	-0.1286	-0.0976	1.0465	-0.1771	-0.0462	0.9366	-0.0522	1.0513	-57.2871	-63.4357	-47.946
12	0.1811	-0.1989	-0.0522	0.4248	0.2641	0.0628	-0.1474	-0.0012	0.1272	0.0698	0.1312	-0.2571	0.1102	-0.0372	0.0504	0.9805	-0.2318	0.0062	0.8593	-0.0802	0.7843	-63.2031	-54.9084	-32.0451
13	0.9803	0.2938	0.7731	2.537	-0.5124	3.5038	-0.0263	-0.2822	0.1585	-0.5075	-0.5368	-0.0363	0.2614	0.5128	0.207	1.2163	-0.0882	0.0867	1.1353	-0.1615	0.95	-57.2589	-29.6075	-21.8995
14	0.7755	-0.3534	0.0393	0.5488	0.4434	0.844	-0.2133	0.0608	-0.0712	0.031	-0.1951	0.555	0.1173	-0.1762	0.2291	0.7583	-0.2657	0.1541	0.8928	-0.1624	0.8905	-61.447	-34.7034	-26.7801
15	3.3512	-1.6024	1.6499	2.1563	-0.8283	2.0616	-0.4752	0.1838	0.5269	0.1609	-0.2812	-0.1825	0.1133	-0.2696	0.4985	0.886	-0.2851	0.0772	0.9796	-0.1782	0.7356	-63.5319	-17.7009	-53.0177
16	0.4505	0.0139	-0.229	0.4575	-0.0436	0.1416	0.2535	0.1757	-0.3639	-0.2785	-0.1988	0.0987	-0.0006	-0.2732	-0.0244	1.4741	-0.1783	-0.2375	1.1837	-0.142	1.0347	-70.2272	-16.7398	-73.0727
17	0.2	0.5378	-0.1636	1.1361	-0.236	0.6118	-0.1365	0.3178	-0.0197	-0.0525	-0.0318	0.2275	0.0778	-0.6442	0.0771	0.6699	-0.2121	0.0151	1.0655	-0.3259	1.0909	-82.9594	-22.9312	-58.5946
18	0.5293	0.2112	0.2505	0.1348	0.252	0.7704	-0.4461	0.071	0.3234	-0.1491	-0.3065	-0.2041	-0.0583	0.1506	0.3423	1.4517	-0.1798	0.008	1.4082	0.0997	1.7114	-78.1379	-44.8445	-79.174
19	0.7409	0.034	-0.6667	0.5192	0.3405	1.3679	-0.5292	0.0877	-0.0772	-0.0665	-0.3269	-0.1446	0.5255	0.2006	0.6205	1.5048	-0.2181	0.2863	1.6216	0.4742	1.722	-65.84	-48.3876	-73.1993
20	0.9867	0.4092	-0.5514	0.5026	-0.0348	1.2122	-0.0082	-0.2291	-0.1552	0.4334	-0.3432	-0.2838	-0.1541	0.139	0.2926	1.6013	-0.1171	0.2919	1.0425	0.1801	1.0135	-75.3309	-61.3501	-70.9264
21	1.7764	-0.6889	-0.3614	1.2152	-0.1996	1.2018	0.1358	-0.1344	0.1925	-0.3606	-0.3434	-0.2364	0.2363	-0.363	0.0212	1.1791	-0.2224	0.1027	0.8524	-0.0287	0.7919	-84.0797	-54.6936	-76.6858
22	-0.2467	0.1688	0.2408	0.3421	-0.1056	1.0571	0.0343	-0.1657	0.3061	0.0095	-0.1924	0.3137	0.0729	-0.1632	0.1559	0.4985	-0.0938	0.0424	0.6651	-0.2891	0.7581	-87.5983	-24.0297	-62.8025
23	0.022	0.1328	-0.3296	0.3612	-0.0855	0.238	-0.0518	-0.0591	-0.1217	-0.1898	-0.1289	0.059	-0.1283	-0.3805	0.1234	0.8601	-0.0166	-0.0979	1.0403	-0.2036	0.7796	-65.2553	-9.3453	-98.9377
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66	0.1103	0.3224	-0.181	0.8795	-0.4562	0.207	0.4493	0.0135	-0.1923	0.3721	-0.2226	0.318	0.0019	-0.2189	-0.1903	1.3277	0.4351	-0.4664	0.7088	-0.2158	1.2251	-57.3438	71.3855	-69.7275
67	2.4003	1.5929	-1.1946	1.8888	-1.0567	1.2809	0.5079	0.4661	-0.6345	0.1801	0.0496	-0.2696	0.1395	-0.0187	-0.1846	1.3618	0.4862	-0.2555	1.2769	-0.5244	1.5831	-58.3664	70.0026	-80.9374
68	0.2736	0.0156	0.2323	1.0759	0.2595	0.3002	-0.1635	0.227	0.2276	-0.0287	0.0186	0.3726	-0.2478	-0.0189	0.2087	1.1618	0.2318	-0.0849	1.1059	-0.1607	1.0939	-65.8809	44.8963	-85.6419
69	0.3057	-0.0359	0.131	0.3482	-0.1309	0.4009	0.1266	0.0232	-0.1853	0.0501	-0.0875	-0.4404	-0.4541	-0.225	0.0635	0.751	0.1861	-0.2137	0.786	-0.1297	0.8439	-60.7709	33.3321	-90.2251
70	0.0868	-0.1967	-0.2783	0.606	0.1941	0.3678	0.1413	0.0212	0.1611	-0.142	-0.0837	0.0863	-0.2971	0.018	0.0005	0.9235	0.0065	-0.1165	0.9232	-0.2003	1.0607	-78.2282	23.2846	-51.7875
71	0.756	0.0761	-0.565	0.0477	0.0668	1.6246	0.5585	-0.119	-0.3899	0.4211	-0.2827	-0.2116	-1.1741	0.0106	-0.0187	1.6712	0.0433	-0.3148	1.2637	-0.1096	1.5396	-71.1603	50.8986	-38.7338
72	-0.1907	-0.0896	0.086	0.7778	0.0429	0.33	-0.8207	0.2543	0.5522	-0.0405	0.2853	0.1459	0.1816	-0.2614	0.1112	0.45	0.3814	-0.3242	0.7076	-0.4286	1.0809	-87.3772	28.3872	-51.7712
73	0.4937	-0.3916	0.2018	0.7036	-0.1982	0.2919	0.2303	-0.095	0.2218	-0.0924	0.0013	-0.0518	0.3148	0.0122	-0.0571	0.8996	-0.0031	-0.0802	0.8626	-0.2311	0.9296	-58.5772	6.5198	-26.607
74	0.961	-0.3245	0.0456	0.1929	0.2753	0.8845	-0.3817	-0.1198	-0.1257	-0.1302	0.2283	-0.0059	-0.3946	0.0729	0.0858	1.2766	0.1167	-0.1392	1.1722	-0.1316	1.1741	-69.0382	24.9495	-8.2628
75	0.7675	-0.1122	0.2499	0.5215	0.0093	0.4617	0.2396	-0.1838	0.2561	0.1345	-0.082	0.0191	0.0188	-0.3019	0.0026	0.78	-0.0418	0.1053	0.8722	-0.1908	0.7486	-73.6437	-4.1673	-19.4453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:133)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 134:179)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 180:296)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 297:338)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 339:458)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 459:493)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 494:525)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 2:30)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 31:88)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 89:133)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 134:352)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 353:433)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 434:458)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 459:525)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESSEQ 2:27)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESSEQ 28:64)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESSEQ 65:156)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESSEQ 157:246)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND (RESSEQ 247:281)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN C AND (RESSEQ 282:312)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN C AND (RESSEQ 313:354)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN C AND (RESSEQ 355:525)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESSEQ 2:216)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN D AND (RESSEQ 217:338)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN D AND (RESSEQ 339:525)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN E AND (RESSEQ 2:179)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN E AND (RESSEQ 180:267)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN E AND (RESSEQ 268:354)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN E AND (RESSEQ 355:493)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN E AND (RESSEQ 494:525)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN F AND (RESSEQ 2:88)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN F AND (RESSEQ 89:179)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN F AND (RESSEQ 180:338)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN F AND (RESSEQ 339:433)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN F AND (RESSEQ 434:525)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN G AND (RESSEQ 2:64)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN G AND (RESSEQ 65:216)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN G AND (RESSEQ 217:352)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN G AND (RESSEQ 353:433)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN G AND (RESSEQ 434:525)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN H AND (RESSEQ 2:134)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN H AND (RESSEQ 135:338)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN H AND (RESSEQ 339:493)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN H AND (RESSEQ 494:525)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN I AND (RESSEQ 2:179)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN I AND (RESSEQ 180:458)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN I AND (RESSEQ 459:525)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN J AND (RESSEQ 2:88)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN J AND (RESSEQ 89:133)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN J AND (RESSEQ 134:316)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN J AND (RESSEQ 317:385)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN J AND (RESSEQ 386:433)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN J AND (RESSEQ 434:525)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN K AND (RESSEQ 2:64)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN K AND (RESSEQ 65:112)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	CHAIN K AND (RESSEQ 113:338)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	CHAIN K AND (RESSEQ 339:433)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	CHAIN K AND (RESSEQ 434:493)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	CHAIN K AND (RESSEQ 494:525)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	CHAIN L AND (RESSEQ 2:88)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	CHAIN L AND (RESSEQ 89:133)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	CHAIN L AND (RESSEQ 134:216)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	CHAIN L AND (RESSEQ 217:246)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	CHAIN L AND (RESSEQ 247:282)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	CHAIN L AND (RESSEQ 283:313)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	CHAIN L AND (RESSEQ 314:352)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	CHAIN L AND (RESSEQ 353:385)
68	X-RAY DIFFRACTION	68	CHAIN L AND (RESSEQ 386:433)
69	X-RAY DIFFRACTION	69	CHAIN L AND (RESSEQ 434:525)
70	X-RAY DIFFRACTION	70	CHAIN M AND (RESSEQ 2:179)
71	X-RAY DIFFRACTION	71	CHAIN M AND (RESSEQ 180:338)
72	X-RAY DIFFRACTION	72	CHAIN M AND (RESSEQ 339:525)
73	X-RAY DIFFRACTION	73	CHAIN N AND (RESSEQ 2:88)
74	X-RAY DIFFRACTION	74	CHAIN N AND (RESSEQ 89:408)
75	X-RAY DIFFRACTION	75	CHAIN N AND (RESSEQ 409:525)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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