PDB-2wrt: The 2.4 Angstrom structure of the Fasciola hepatica mu class GST,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wrt

タイトル

The 2.4 Angstrom structure of the Fasciola hepatica mu class GST, GST26

要素

GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

PARASITE (寄生) / TREMATODE

機能・相同性

機能・相同性情報

グルタチオン-S-トランスフェラーゼ /

glutathione transferase activity /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

FASCIOLA HEPATICA (かんてつ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Line, K. / Isupov, M.N. / LaCourse, E.J. / Brophy, P.M. / Littlechild, J.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The 2.5 Angstrom Structure of a Mu Class Gst from Fasciola Hepatica
著者: Line, K. / Isupov, M.N. / Lacourse, E.J. / Brophy, P.M. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2009年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年3月11日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wrt.cif.gz	543.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wrt.ent.gz	451.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wrt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/2wrt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/2wrt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fheS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2gu6-2 1gta-d 1gtb-d 1u87-d 1m9a-d 1fhe-d 4qi2-1 2fm9-d 1ua5-d 3crt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (10)

登録構造単位

A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

D: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

E: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

F: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

G: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

H: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

I: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

J: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

K: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

L: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

ヘテロ分子

305 kDa, 12 ポリマー
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1

A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

D: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

F: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

H: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 2 ポリマー
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5

I: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

J: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 2 ポリマー
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6

K: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

L: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.310, 92.501, 166.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	A	A	9 - 26	9 - 26
2	1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	B	B	9 - 26	9 - 26
3	1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	D	D	9 - 26	9 - 26
4	1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	F	F	9 - 26	9 - 26
5	1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	G	G	9 - 26	9 - 26
6	1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	H	H	9 - 26	9 - 26
7	1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	I	I	9 - 26	9 - 26
8	1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	J	J	9 - 26	9 - 26
1	2	1	GLU	GLU	GLY	GLY	A	A	30 - 34	30 - 34
2	2	1	GLU	GLU	GLY	GLY	B	B	30 - 34	30 - 34
3	2	1	GLU	GLU	GLY	GLY	D	D	30 - 34	30 - 34
4	2	1	GLU	GLU	GLY	GLY	F	F	30 - 34	30 - 34
5	2	1	GLU	GLU	GLY	GLY	G	G	30 - 34	30 - 34
6	2	1	GLU	GLU	GLY	GLY	H	H	30 - 34	30 - 34
7	2	1	GLU	GLU	GLY	GLY	I	I	30 - 34	30 - 34
8	2	1	GLU	GLU	GLY	GLY	J	J	30 - 34	30 - 34
1	3	1	GLY	GLY	ASP	ASP	A	A	49 - 60	49 - 60
2	3	1	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	49 - 60	49 - 60
3	3	1	GLY	GLY	ASP	ASP	D	D	49 - 60	49 - 60
4	3	1	GLY	GLY	ASP	ASP	F	F	49 - 60	49 - 60
5	3	1	GLY	GLY	ASP	ASP	G	G	49 - 60	49 - 60
6	3	1	GLY	GLY	ASP	ASP	H	H	49 - 60	49 - 60
7	3	1	GLY	GLY	ASP	ASP	I	I	49 - 60	49 - 60
8	3	1	GLY	GLY	ASP	ASP	J	J	49 - 60	49 - 60
1	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	A	A	65 - 90	65 - 90
2	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	65 - 90	65 - 90
3	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	D	D	65 - 90	65 - 90
4	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	F	F	65 - 90	65 - 90
5	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	G	G	65 - 90	65 - 90
6	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	H	H	65 - 90	65 - 90
7	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	I	I	65 - 90	65 - 90
8	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	J	J	65 - 90	65 - 90
1	5	1	ILE	ILE	PHE	PHE	A	A	92 - 106	92 - 106
2	5	1	ILE	ILE	PHE	PHE	B	B	92 - 106	92 - 106
3	5	1	ILE	ILE	PHE	PHE	D	D	92 - 106	92 - 106
4	5	1	ILE	ILE	PHE	PHE	F	F	92 - 106	92 - 106
5	5	1	ILE	ILE	PHE	PHE	G	G	92 - 106	92 - 106
6	5	1	ILE	ILE	PHE	PHE	H	H	92 - 106	92 - 106
7	5	1	ILE	ILE	PHE	PHE	I	I	92 - 106	92 - 106
8	5	1	ILE	ILE	PHE	PHE	J	J	92 - 106	92 - 106
1	6	1	MET	MET	CYS	CYS	A	A	132 - 161	132 - 161
2	6	1	MET	MET	CYS	CYS	B	B	132 - 161	132 - 161
3	6	1	MET	MET	CYS	CYS	D	D	132 - 161	132 - 161
4	6	1	MET	MET	CYS	CYS	F	F	132 - 161	132 - 161
5	6	1	MET	MET	CYS	CYS	G	G	132 - 161	132 - 161
6	6	1	MET	MET	CYS	CYS	H	H	132 - 161	132 - 161
7	6	1	MET	MET	CYS	CYS	I	I	132 - 161	132 - 161
8	6	1	MET	MET	CYS	CYS	J	J	132 - 161	132 - 161
1	1	2	TRP	TRP	TRP	TRP	B	B	201 - 206	201 - 206
2	1	2	TRP	TRP	TRP	TRP	D	D	201 - 206	201 - 206
3	1	2	TRP	TRP	TRP	TRP	E	E	201 - 206	201 - 206
4	1	2	TRP	TRP	TRP	TRP	F	F	201 - 206	201 - 206
5	1	2	TRP	TRP	TRP	TRP	G	G	201 - 206	201 - 206
6	1	2	TRP	TRP	TRP	TRP	H	H	201 - 206	201 - 206
7	1	2	TRP	TRP	TRP	TRP	I	I	201 - 206	201 - 206
8	1	2	TRP	TRP	TRP	TRP	J	J	201 - 206	201 - 206

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS-MU 26 KDA ISOZYME 51 / GLUTATHIONE TRANSFERASE / FH51 分子量: 25349.316 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) FASCIOLA HEPATICA (かんてつ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P30112, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.54 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: MDL1 CONDITION NUMBER 18 (0.2 M NA ACETATE, 0.1 M NA CACODYALTE, PH 6.5, 30% W/V PEG 8000)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→46.2 Å / Num. obs: 109322 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 48.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0088	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FHE

1fhe

解像度: 2.4→166.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 10.811 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.652 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28102	5463	5 %	RANDOM
R_work	0.20544	-	-	-
obs	0.20926	103778	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.636 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.77 Å²	0 Å²	-1.36 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→166.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21264	0	12	1261	22537

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	21884
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.235	1.978	29507
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.33	5	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.863	23.522	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.873	15	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.31	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	16626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.657	4	12996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.951	6	20843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.989	8	8888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.615	10	8658
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	837	tight positional	0.03	0.05
1	2	B	837	tight positional	0.04	0.05
1	3	D	837	tight positional	0.03	0.05
1	4	F	837	tight positional	0.03	0.05
1	5	G	837	tight positional	0.04	0.05
1	6	H	837	tight positional	0.04	0.05
1	7	I	837	tight positional	0.04	0.05
1	8	J	837	tight positional	0.03	0.05
2	1	B	57	tight positional	0.02	0.05
2	2	D	57	tight positional	0.02	0.05
2	3	E	57	tight positional	0.02	0.05
2	4	F	57	tight positional	0.03	0.05
2	5	G	57	tight positional	0.03	0.05
2	6	H	57	tight positional	0.03	0.05
2	7	I	57	tight positional	0.03	0.05
2	8	J	57	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	837	tight thermal	0.09	0.5
1	2	B	837	tight thermal	0.12	0.5
1	3	D	837	tight thermal	0.12	0.5
1	4	F	837	tight thermal	0.09	0.5
1	5	G	837	tight thermal	0.13	0.5
1	6	H	837	tight thermal	0.11	0.5
1	7	I	837	tight thermal	0.09	0.5
1	8	J	837	tight thermal	0.08	0.5
2	1	B	57	tight thermal	0.09	0.5
2	2	D	57	tight thermal	0.15	0.5
2	3	E	57	tight thermal	0.08	0.5
2	4	F	57	tight thermal	0.1	0.5
2	5	G	57	tight thermal	0.15	0.5
2	6	H	57	tight thermal	0.09	0.5
2	7	I	57	tight thermal	0.09	0.5
2	8	J	57	tight thermal	0.08	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	412	-
R_work	0.249	7669	-
obs	-	-	99.79 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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