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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vaf | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Human Cardiac Calsequestrin | |||||||||
要素 | CALSEQUESTRIN-2 | |||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / CALCIUM (カルシウム) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / POLYMORPHISM / MUSCLE PROTEIN (骨格筋) / DISEASE MUTATION / SARCOPLASMIC RETICULUM (筋小胞体) / CRYSTAL STRUCTURE HUMAN CARDIAC CALSEQUESTRIN / METAL-BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium ion sequestering activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / regulation of cell communication by electrical coupling / sequestering of calcium ion / junctional sarcoplasmic reticulum membrane / Purkinje myocyte to ventricular cardiac muscle cell signaling / sarcoplasmic reticulum lumen / regulation of membrane repolarization / ion binding / cellular response to caffeine ...calcium ion sequestering activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / regulation of cell communication by electrical coupling / sequestering of calcium ion / junctional sarcoplasmic reticulum membrane / Purkinje myocyte to ventricular cardiac muscle cell signaling / sarcoplasmic reticulum lumen / regulation of membrane repolarization / ion binding / cellular response to caffeine / negative regulation of potassium ion transport / protein polymerization / detection of calcium ion / striated muscle contraction / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / Ion homeostasis / cardiac muscle contraction / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel complex / regulation of heart rate / 筋小胞体 / Stimuli-sensing channels / intracellular calcium ion homeostasis / Z disc / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim, E. / Youn, B. / Kemper, L. / Campbell, C. / Milting, H. / Varsanyi, M. / Kang, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Characterization of Human Cardiac Calsequestrin and its Deleterious Mutants. 著者: Kim, E. / Youn, B. / Kemper, L. / Campbell, C. / Milting, H. / Varsanyi, M. / Kang, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vaf.cif.gz | 84.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vaf.ent.gz | 63.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vaf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/2vaf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/2vaf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1sjiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43997.586 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: HEART心臓 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14958 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 8.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.55 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.07812 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07812 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 11522 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 4.56 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SJI 解像度: 3.8→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→15 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO |