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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2uu9 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a Valine-ASL with cmo5U in position 34 bound to an mRNA with a GUG-codon in the A-site and paromomycin. | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / TRNA-BINDING / RRNA-BINDING / METAL-BINDING / ZINC-FINGER (ジンクフィンガー) / TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / COILED COIL (コイルドコイル) / PAROMOMYCIN (パロモマイシン) / TRNA (転移RNA) / ZINC (亜鉛) / MRNA (伝令RNA) / CMO5U / RNA-BINDING / MODIFIACTIONS / RIBOSOMAL PROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN (核タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Weixlbaumer, A. / Murphy, F.V. / Dziergowska, A. / Malkiewicz, A. / Vendeix, F.A.P. / Agris, P.F. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2007 タイトル: Mechanism for expanding the decoding capacity of transfer RNAs by modification of uridines. 著者: Weixlbaumer, A. / Murphy 4th., F.V. / Dziergowska, A. / Malkiewicz, A. / Vendeix, F.A. / Agris, P.F. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2uu9.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2uu9.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2uu9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/2uu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/2uu9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 AXY
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: CHAIN A (16S RNA) HAS E.COLI NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E.COLI STRUCTURE IN 2AVY. 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 1610.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 |
#23: RNA鎖 | 分子量: 5490.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 |
-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80371 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80372 |
#4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291 |
#8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: P0DOY9*PLUS |
#9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80374 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80376 |
#12: タンパク質 | 分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3 |
#13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80377 |
#14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: P0DOY6*PLUS |
#15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3 |
#17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: P0DOY7*PLUS |
#18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2 |
#20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380 |
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
-非ポリマー , 4種, 200分子
#24: 化合物 | ChemComp-PAR / | ||||
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#25: 化合物 | ChemComp-MG / #26: 化合物 | ChemComp-K / #27: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.993 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.993 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 244079 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1J5E 解像度: 3.1→29.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 15215244.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: DENSITY WHICH IS BELIEVED TO BE NONE SPECIFICALLY BOUND ASL WAS NOT MODELED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.8642 Å2 / ksol: 0.280411 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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