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万見
- PDB-2pnq: Crystal structure of pyruvate dehydrogenase phosphatase 1 (PDP1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pnq
タイトルCrystal structure of pyruvate dehydrogenase phosphatase 1 (PDP1)
要素[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]]-phosphatase 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / pyruvate dehydrogenase phosphatase 1 / catalytic subunit / PDP1c
機能・相同性
機能・相同性情報


[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)]-phosphatase / positive regulation of pyruvate dehydrogenase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)]-phosphatase activity / peptidyl-threonine dephosphorylation / protein serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of catalytic activity / protein dephosphorylation / ミトコンドリアマトリックス ...[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)]-phosphatase / positive regulation of pyruvate dehydrogenase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)]-phosphatase activity / peptidyl-threonine dephosphorylation / protein serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of catalytic activity / protein dephosphorylation / ミトコンドリアマトリックス / calcium ion binding / protein-containing complex binding / magnesium ion binding / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[Pyruvate dehydrogenase [acetyl-transferring]]-phosphatase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Vassylyev, D.G. / Symersky, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of pyruvate dehydrogenase phosphatase 1 and its functional implications.
著者: Vassylyev, D.G. / Symersky, J.
履歴
登録2007年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]]-phosphatase 1
B: [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]]-phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,4626
ポリマ－105,3642
非ポリマー974
水8,629479
1
A: [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]]-phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7313
ポリマ－52,6821
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]]-phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7313
ポリマ－52,6821
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.318, 72.220, 96.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The bilogical assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]]-phosphatase 1 / PDP 1 / Pyruvate dehydrogenase phosphatase / catalytic subunit 1 / PDPC 1 / Protein phosphatase 2C


分子量: 52682.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pdp1, Ppm2c / プラスミド: pPDP1c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: O88483, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)]-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.150221 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.79657 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: Protein solution: protein 10mg/ml, 50 mM Tris pH 8.0, 5 mM MgCl2, 50 mM KCl, 0.1 mM EDTA Precipitant solution: 30% ethylene glycol, 0.1 M MES pH 6.0, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月10日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→30 Å / Num. all: 64759 / Num. obs: 64759 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 40.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.81→1.87 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 64759 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 52.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: Original modeling

解像度: 1.81→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The diffraction images were affected by the severe ice rings whose removal resulted in a loss of ~12% of the measured reflections from the refinement. the perfect merohedral twinning was ...詳細: The diffraction images were affected by the severe ice rings whose removal resulted in a loss of ~12% of the measured reflections from the refinement. the perfect merohedral twinning was detected in the crystals with the twinning operator {h,-k,-l}. the refinement statistics presented for this entry corresponds to the refinement carried out using the twinning option of the cns program. for the deposition the diffraction data were detwinned using the cns program. therefore, the refinement statistics calculated based on the detwinned data might be slightly different from those obtained during the "twinned" refinement included in this entry.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3150 -Random
Rwork0.215 ---
all0.218 64759 --
obs0.218 64759 80 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6082 0 4 479 6565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 226 -
Rwork0.328 --
obs-4486 52.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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