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- PDB-2oqt: Structural Genomics, the crystal structure of a putative PTS IIA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oqt
タイトルStructural Genomics, the crystal structure of a putative PTS IIA domain from Streptococcus pyogenes M1 GAS
要素Hypothetical protein SPy0176仮説
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / APC29699 / putative PTS IIA domain / Streptococcus pyogenes M1 GAS / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性PTS EIIA type-2 domain / Phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 2 / PTS_EIIA type-2 domain profile. / Mannitol-specific EII; Chain A / Mannitol-specific EII; Chain A / Phosphotransferase/anion transporter / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PTS EIIA type-2 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Tan, K. / Wu, R. / Osipiuk, J. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a putative PTS IIA domain from Streptococcus pyogenes M1 GAS
著者: Tan, K. / Wu, R. / Osipiuk, J. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF ... BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE IS A MONOMER. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).
Remark 999 SEQUENCE AUTHORS STATE THAT THERE IS A MUTATION F7L FROM UNKNOWN SOURCE IN COMPARISON TO THE ... SEQUENCE AUTHORS STATE THAT THERE IS A MUTATION F7L FROM UNKNOWN SOURCE IN COMPARISON TO THE DATABASE SEQUENCE.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein SPy0176
B: Hypothetical protein SPy0176
C: Hypothetical protein SPy0176
D: Hypothetical protein SPy0176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2264
ポリマ－71,2264
非ポリマー00
水25214
1
A: Hypothetical protein SPy0176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8061
ポリマ－17,8061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hypothetical protein SPy0176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8061
ポリマ－17,8061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Hypothetical protein SPy0176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8061
ポリマ－17,8061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hypothetical protein SPy0176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8061
ポリマ－17,8061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
C: Hypothetical protein SPy0176
D: Hypothetical protein SPy0176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6132
ポリマ－35,6132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12760 Å2
手法PISA
6
A: Hypothetical protein SPy0176
B: Hypothetical protein SPy0176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6132
ポリマ－35,6132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.224, 112.781, 60.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein SPy0176 / 仮説


分子量: 17806.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
生物種: Streptococcus pyogenes化膿レンサ球菌 / 株: M1 GAS, SF370 / 遺伝子: SPy0176 / プラスミド: pMCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9A1N7
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 20% PEG3350, 0.2M Li2SO4, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924, 0.97938
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月11日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979241
20.979381
反射解像度: 2.4→35.85 Å / Num. all: 23714 / Num. obs: 23714 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 34.86
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique all: 912 / % possible all: 52.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.41→35.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 21.172 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.593 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25445 1196 5 %RANDOM
Rwork0.20787 ---
all0.21024 22509 --
obs0.21024 22509 90.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.214 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→35.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4679 0 0 14 4693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224763
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9271.9856502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8375617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.06325.543184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.36115813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0871518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2580.22428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.23262
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0251.53155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69624996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.26331800
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5614.51501
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.47 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 44 -
Rwork0.287 936 -
obs-980 50.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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