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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kmn | ||||||
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タイトル | Solution structure of peptide deformylase complexed with actinonin | ||||||
要素 | Peptide deformylaseペプチドデホルミラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE/ANTIBIOTIC / Peptide Deformylase (ペプチドデホルミラーゼ) / Actinonin / Hydrolase (加水分解酵素) / Iron (鉄) / Metal-binding / Protein biosynthesis (タンパク質生合成) / HYDROLASE-ANTIBIOTIC COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 co-translational protein modification / ペプチドデホルミラーゼ / peptide deformylase activity / ferrous iron binding / ribosome binding / hydrolase activity / 翻訳 (生物学) / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | McElroy, C.A. / Amero, C.D. / Byerly, D.W. / Foster, M.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution Structure of Peptide Deformylase complexed with Actinonin 著者: McElroy, C.A. / Amero, C.D. / Byerly, D.W. / Foster, M.P. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: Ligand-induced changes in the structure and dynamics of Escherichia coli peptide deformylase. 著者: Amero, C.D. / Byerly, D.W. / McElroy, C.A. / Simmons, A. / Foster, M.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2kmn.cif.gz | 938.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2kmn.ent.gz | 812.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2kmn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/2kmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/2kmn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16661.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: def, fms, b3287, JW3248 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6K3, ペプチドデホルミラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-BB2 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Solution Structure of Peptide Deformylase complexed with Actinonin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.6-1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein-1, 1.2 mM ACTINONIN-2, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 10 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 310 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |