+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ft1 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Bacteriophage HK97 Head II | |||||||||
要素 | major capsid protein | |||||||||
キーワード | VIRUS (ウイルス) / Bacteriophage (ファージ) / HK97 / capsid protein (カプシド) / mature capsid / icosahedral VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral procapsid maturation / T=7 icosahedral viral capsid / カプシド / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage HK97 (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Gan, L. / Speir, J.A. / Conway, J.F. / Lander, G. / Cheng, N. / Firek, B.A. / Hendrix, R.W. / Duda, R.L. / Liljas, L. / Johnson, J.E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2006 タイトル: Capsid conformational sampling in HK97 maturation visualized by X-ray crystallography and cryo-EM. 著者: Lu Gan / Jeffrey A Speir / James F Conway / Gabriel Lander / Naiqian Cheng / Brian A Firek / Roger W Hendrix / Robert L Duda / Lars Liljas / John E Johnson / 要旨: Maturation of the bacteriophage HK97 capsid from a precursor (Prohead II) to the mature state (Head II) involves a 60 A radial expansion. The mature particle is formed by 420 copies of the major ...Maturation of the bacteriophage HK97 capsid from a precursor (Prohead II) to the mature state (Head II) involves a 60 A radial expansion. The mature particle is formed by 420 copies of the major capsid protein organized on a T = 7 laevo lattice with each subunit covalently crosslinked to two neighbors. Well-characterized pH 4 expansion intermediates make HK97 valuable for investigating quaternary structural dynamics. Here, we use X-ray crystallography and cryo-EM to demonstrate that in the final transition in maturation (requiring neutral pH), pentons in Expansion Intermediate IV (EI-IV) reversibly sample 14 A translations and 6 degrees rotations relative to a fixed hexon lattice. The limit of this trajectory corresponds to the Head II conformation that is secured at this extent only by the formation of the final class of covalent crosslinks. Mutants that cannot crosslink or EI-IV particles that have been rendered incapable of forming the final crosslink remain in the EI-IV state. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ft1.cif.gz | 339.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2ft1.ent.gz | 284.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ft1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/2ft1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/2ft1 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| x 60|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| x 5|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 |
| x 30|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|