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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2epg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TTHA1785 | ||||||
要素 | Hypothetical protein TTHA1785仮説 | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Alpha-beta fold / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA ligase activity / 合成酵素; リン酸エステル結合を形成 / tRNA processing / GTP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Sekine, S. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of the RtcB-like protein from Thermus thermophilus 著者: Sekine, S. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2epg.cif.gz | 183.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2epg.ent.gz | 151 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2epg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/2epg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/2epg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54501.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA1785 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5SHE5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20mM Tris (pH 8.0), 150mM NaCl, 1mM DTT, 20% PEG 3350, 0.2M MgSO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97884, 0.97935, 0.9 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月7日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 56468 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 21.3 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique all: 5640 / Rsym value: 0.619 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→38.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1647752.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.4452 Å2 / ksol: 0.342049 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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