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- PDB-1ynw: Crystal Structure of Vitamin D Receptor and 9-cis Retinoic Acid R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ynw
タイトルCrystal Structure of Vitamin D Receptor and 9-cis Retinoic Acid Receptor DNA-Binding Domains Bound to a DR3 Response Element
要素
  • 5'-d(*TP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*A)-3'
  • 5'-d(*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*A)-3'
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
  • Vitamin D3 Receptor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / VDR / RXR / Nuclear Receptor (核内受容体) / Protein-DNA Complex (デオキシリボ核酸) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / positive regulation of transporter activity / bile acid nuclear receptor activity / response to bile acid / retinoic acid-responsive element binding / Vitamin D (calciferol) metabolism / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake ...regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / positive regulation of transporter activity / bile acid nuclear receptor activity / response to bile acid / retinoic acid-responsive element binding / Vitamin D (calciferol) metabolism / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / phosphate ion transmembrane transport / apoptotic process involved in mammary gland involution / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / Carnitine metabolism / anatomical structure development / positive regulation of keratinocyte differentiation / ion binding / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / retinoic acid binding / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / vitamin D receptor signaling pathway / bile acid signaling pathway / intestinal absorption / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / nuclear steroid receptor activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / mammary gland branching involved in pregnancy / positive regulation of cholesterol efflux / decidualization / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of keratinocyte proliferation / retinoic acid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / response to retinoic acid / Recycling of bile acids and salts / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / 授乳 / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / skeletal system development / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / cell morphogenesis / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / intracellular calcium ion homeostasis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / calcium ion transport / Circadian Clock / sequence-specific double-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / 細胞分化 / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Retinoid X receptor/HNF4 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Retinoid X receptor/HNF4 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Vitamin D3 receptor / Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Shaffer, P.L. / Gewirth, D.T.
引用ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural analysis of RXR-VDR interactions on DR3 DNA
著者: Shaffer, P.L. / Gewirth, D.T.
履歴
登録2005年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年10月26日Group: Structure summary
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-d(*TP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*A)-3'
D: 5'-d(*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*A)-3'
A: Vitamin D3 Receptor
B: Retinoic acid receptor RXR-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7108
ポリマ－35,4484
非ポリマー2624
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.104, 57.049, 73.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.31, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 5'-d(*TP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*A)-3'


分子量: 5564.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DR3 Response Element
#2: DNA鎖 5'-d(*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*A)-3'


分子量: 5457.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DR3 Response Element
#3: タンパク質 Vitamin D3 Receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor


分子量: 12784.103 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA-binding Domain (Residues 16-125) / Mutation: P61A,F62A,H75A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDR, NR1I1 / プラスミド: pET11a-VDR(RPKLS) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11473
#4: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / 9-cis Retinoic Acid Receptor / Retinoid X receptor alpha


分子量: 11642.225 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA-binding Domain (Residues 130-228) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / プラスミド: pGEX-RXR(SANE) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19793
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, ammonium citrate, Tris, glycerol, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2ammonium citrate11
3Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン11
4glycerolグリセリン11
5DTT11
6PEG 800012
7ammonium citrate12
8glycerolグリセリン12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.1808 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 18127 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1844 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KB4 and 1DSZ

1kb4

1dsz


解像度: 3→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 800311.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 823 5 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs-8849 87.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.7974 Å2 / ksol: 0.287038 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 97.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.69 Å20 Å2-18.54 Å2
2--24.55 Å20 Å2
3----3.86 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.63 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1335 731 4 0 2070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.652.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 75 6 %
Rwork0.431 1179 -
obs--66.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PARAM_ZN

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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