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- PDB-1u3e: DNA binding and cleavage by the HNH homing endonuclease I-HmuI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u3e
タイトルDNA binding and cleavage by the HNH homing endonuclease I-HmuI
要素
  • 36-MER
  • 5'-D(*CP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*C)-3'
  • 5'-D(P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*T)-3'
  • HNH homing endonuclease
キーワードDNA binding protein/DNA / HNH catalytic motif / Helix-turn-helix DNA binding domain / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / DNA binding protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Homing Intron 3 (I-Ppo) Encoded Endonuclease; Chain A - #20 / Intron encoded nuclease repeat / NUMOD4 / NUMOD4 motif / HNH endonuclease / Intron encoded nuclease repeat motif / Homing Intron 3 (I-Ppo) Encoded Endonuclease; Chain A / HNH nucleases / HNH nuclease / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...Homing Intron 3 (I-Ppo) Encoded Endonuclease; Chain A - #20 / Intron encoded nuclease repeat / NUMOD4 / NUMOD4 motif / HNH endonuclease / Intron encoded nuclease repeat motif / Homing Intron 3 (I-Ppo) Encoded Endonuclease; Chain A / HNH nucleases / HNH nuclease / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / STRONTIUM ION / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA endonuclease I-HmuI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage SPO1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Shen, B.W. / Landthaler, M. / Shub, D.A. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: DNA Binding and Cleavage by the HNH Homing Endonuclease I-HmuI.
著者: Shen, B.W. / Landthaler, M. / Shub, D.A. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2004年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 400COMPOUND The nick between Chain B and C was created by the enzyme

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 36-MER
B: 5'-D(*CP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*C)-3'
C: 5'-D(P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*T)-3'
M: HNH homing endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,87417
ポリマ－41,9124
非ポリマー96213
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.000, 108.300, 248.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-415-

SR

詳細one biological assembly per asymmetric unit

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#1: DNA鎖 36-MER


分子量: 11039.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*C)-3'


分子量: 6494.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*T)-3'


分子量: 4574.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 1分子 M

#4: タンパク質 HNH homing endonuclease


分子量: 19803.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage SPO1 (ファージ) / 属: SPO1-like viruses / 遺伝子: bacteriophage SP01 / プラスミド: pKYB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon+ / 参照: UniProt: P34081

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非ポリマー , 5種, 44分子

#5: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン / ストロンチウム


分子量: 87.620 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 298 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 8.75
詳細: PEG600, pH 8.75, Hanging drop vapor diffusion, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG60011
2H2O11
3PEG60012
4PEG60012

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.210.9796
シンクロトロンALS 5.0.121
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2003年12月10日toroidal focusing mirror
ADSC QUANTUM 2102CCD2003年12月10日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1single crystal Si(111), cylindrically bentSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal Si(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
211
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 13440 / Num. obs: 13360 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.9→2.96 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 717 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: pdb from SAD phase and DM with solvent flipping

解像度: 2.92→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2174 -random
Rwork0.216 ---
all0.22 13440 --
obs0.22 13360 10 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.855 Å20 Å20 Å2
2---14.829 Å20 Å2
3---7.974 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1393 1471 41 31 2936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.267
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-ID
2.92-3.020.4651590.428X-RAY DIFFRACTION
3.02-3.150.41281220.363X-RAY DIFFRACTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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