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- PDB-1tez: COMPLEX BETWEEN DNA AND THE DNA PHOTOLYASE FROM ANACYSTIS NIDULANS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tez
タイトルCOMPLEX BETWEEN DNA AND THE DNA PHOTOLYASE FROM ANACYSTIS NIDULANS
要素
  • 5'-D(*AP*TP*CP*GP*GP*CP*T*(TCP)P*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(P*CP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
  • 5'-D(P*GP*CP*CP*GP*A)-3'
  • Deoxyribodipyrimidine photolyase
キーワードLYASE/DNA / PHOTOLYASE (フォトリアーゼ) / DNA REPAIR (DNA修復) / LIGHT-DRIVEN ELECTRON TRANSFER / LYASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


フォトリアーゼ / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / nucleotide binding / DNA修復 / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA photolyase class 1, 8-HDF type / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal ...DNA photolyase class 1, 8-HDF type / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / フラビンアデニンジヌクレオチド / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Chem-HDF / 5'-METHYLTHYMIDINE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / フォトリアーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Essen, L.-O. / Carell, T. / Mees, A. / Klar, T.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a photolyase bound to a CPD-like DNA lesion after in situ repair
著者: Mees, A. / Klar, T. / Gnau, P. / Hennecke, U. / Eker, A.P.M. / Carell, T. / Essen, L.-O.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of DNA Photolyase from Anacystis
著者: Tamada, T. / Kitadokoro, K. / Higuchi, Y. / Inaka, K. / Yasui, A. / De Ruiter, P.E. / Eker, A.P. / Miki, K.
履歴
登録2004年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / ndb_struct_na_base_pair_step ...database_PDB_caveat / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count ..._ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: 5'-D(*AP*TP*CP*GP*GP*CP*T*(TCP)P*CP*GP*C)-3'
J: 5'-D(P*CP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
K: 5'-D(*AP*TP*CP*GP*GP*CP*T*(TCP)P*CP*GP*C)-3'
L: 5'-D(P*CP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
M: 5'-D(*TP*CP*GP*C)-3'
N: 5'-D(P*GP*CP*CP*GP*A)-3'
O: 5'-D(*TP*CP*GP*C)-3'
P: 5'-D(P*GP*CP*CP*GP*A)-3'
A: Deoxyribodipyrimidine photolyase
B: Deoxyribodipyrimidine photolyase
C: Deoxyribodipyrimidine photolyase
D: Deoxyribodipyrimidine photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,43530
ポリマ－231,25912
非ポリマー7,17618
水29,0761614
1
I: 5'-D(*AP*TP*CP*GP*GP*CP*T*(TCP)P*CP*GP*C)-3'
J: 5'-D(P*CP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
A: Deoxyribodipyrimidine photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,92310
ポリマ－59,4833
非ポリマー2,4397
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: 5'-D(*AP*TP*CP*GP*GP*CP*T*(TCP)P*CP*GP*C)-3'
L: 5'-D(P*CP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
B: Deoxyribodipyrimidine photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,92310
ポリマ－59,4833
非ポリマー2,4397
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: 5'-D(*TP*CP*GP*C)-3'
N: 5'-D(P*GP*CP*CP*GP*A)-3'
C: Deoxyribodipyrimidine photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2955
ポリマ－56,1463
非ポリマー1,1492
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
O: 5'-D(*TP*CP*GP*C)-3'
P: 5'-D(P*GP*CP*CP*GP*A)-3'
D: Deoxyribodipyrimidine photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2955
ポリマ－56,1463
非ポリマー1,1492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.815, 88.505, 161.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9812, -0.1669, -0.0968), (-0.173, 0.9832, 0.0584), (0.0854, 0.0741, -0.9936)168.70441, 12.1157, 69.5988
2given(-0.9802, 0.174, -0.0945), (0.1673, 0.9831, 0.0748), (0.1059, 0.0575, -0.9927)168.664, -2.3893, 83.7414
3given(-0.9802, -0.1704, -0.1005), (0.1768, -0.9826, -0.0577), (-0.0889, -0.0744, 0.9933)81.9103, -0.9482, 11.4041
4given(1, 0.0032, -0.0054), (0.0032, -1, 0.0008), (-0.0053, -0.0008, -1)87.1324, 11.2315, 81.0413

-
要素

-
DNA鎖 , 4種, 8分子 IKJLMONP

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*CP*GP*GP*CP*T*(TCP)P*CP*GP*C)-3'


分子量: 3259.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Formacetal linkage replaces phosphate linkage between T7 and T8 of chains I and K
#2: DNA鎖 5'-D(P*CP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*A)-3'


分子量: 2749.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*GP*C)-3'


分子量: 1166.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 5'-D(P*GP*CP*CP*GP*A)-3'


分子量: 1505.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#5: タンパク質
Deoxyribodipyrimidine photolyase / E.C.4.1.99.3 / DNA photolyase / Photoreactivating enzyme


分子量: 53474.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SYNTHETIC DNA OLIGONUCLEOTIDES ENGINEERED AS COUNTERSTRAND
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 6301 / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: PHR / プラスミド: PET3A / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05327, フォトリアーゼ

-
非ポリマー , 7種, 1632分子

#6: 化合物 ChemComp-TCP / 5'-METHYLTHYMIDINE / 5′-O-メチルチミジン


タイプ: DNA linking / 分子量: 256.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O5
#7: 化合物
ChemComp-C / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP / シチジル酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 323.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#8: 化合物 ChemComp-G / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP / グアニル酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#11: 化合物
ChemComp-HDF / 8-HYDROXY-10-(D-RIBO-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL)-5-DEAZAISOALLOXAZINE


分子量: 363.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3O7
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細COMPOUND THE CYCLOBUTANE RING OF THE CPD-DAMAGE I7-I8 AND K7-K8 WAS FOUND TO BE CLEAVED
非ポリマーの詳細HETEROGEN DESOXYTHYMIDINE NUCLEOSIDE WITH FORMACETAL LINKAGE AT 5'-HYDROXYL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, magnesium chloride, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2MgCl211
3Tris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン11
4PEG 400012
5MgCl212
6Tris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9796 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 218105 / Num. obs: 218105 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 81.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QNF

1qnf


解像度: 1.8→29.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high rms absF: 2423887.54 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 7425 3.4 %SHELLS
Rwork0.205 ---
obs0.2051 218104 96.1 %-
all-218104 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.7551 Å2 / ksol: 0.37764 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7 Å20 Å2-0.35 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3----5.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15106 1012 474 1614 18206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 1188 3.8 %
Rwork0.285 29841 -
obs--82.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMDNA-RNA_NEW.TOP
X-RAY DIFFRACTION4COFACS.PARAMCOFACS.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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